经过近两个月的艰苦行军和短暂休整，万历三十二年正月，沈惊鸿率领的三千神机营精锐抵达福建泉州。与早已在此集结的福建水师舰队汇合。
此时的沈惊鸿，经过一路风尘和军旅磨练，皮肤黝黑了些许，眉宇间的稚气进一步褪去，取而代之的是一种属于统帅的冷峻与果决。他并没有在泉州过多停留，在补充了淡水和部分新鲜蔬果后，便下令舰队扬帆起航，目标直指吕宋马尼拉！
航行途中，沈惊鸿丝毫没有放松。他利用这段时间，进一步磨合麾下陆军与水师的配合，组织士兵在颠簸的甲板上进行适应性射击训练，尤其是秘密装备了“惊鸿一式”步枪的特选射手，更是进行了高强度的实弹演练。他对各级军官反复强调战术纪律和火力协同，确保这支首次跨海作战的新式军队，能最大程度发挥其装备优势。
二月初，大明特遣舰队终于抵达吕宋外海。蔚蓝的海面上，帆樯如林，旌旗招展，庞大的舰队阵容，立刻引起了沿岸土人和西班牙哨戒船的注意，恐慌如同瘟疫般迅速蔓延向马尼拉。
沈惊鸿并没有急于发动进攻。他首先派出了精通西班牙语的随行翻译（由徐光启推荐的一位皈依天主教的士人担任）以及几名胆大心细的军官，乘坐小船前往马尼拉港，向西班牙吕宋总督迭戈·德·阿尔塞罗递交了大明皇帝的国书与太子朱常洛的谕令。
国书措辞极其强硬，严正谴责西班牙殖民当局的屠杀暴行，并提出最后通牒：
一、 立即交出策划和执行屠杀的主要元凶。
二、 赔偿大明遇难侨民及朝廷军费，总计白银五千万两（相当于大明全国五年的田赋收入总和）。
三、 在马尼拉立碑，以中文及西班牙文铭刻屠杀罪行及谢罪条款。
四、 保证今后在吕宋所有华人的生命财产安全及贸易自由。
限令十日之内答复，若逾期不覆或拒绝条款，天朝大军将自行讨取公道！
这份天文数字的赔款要求和强硬姿态，让西班牙总督阿尔塞罗又惊又怒。他自恃马尼拉城堡防御坚固，麾下有近两千名装备火绳枪和火炮的西班牙士兵以及数千名土着仆从军，根本不把这支远道而来的“中国舰队”放在眼里。他傲慢地拒绝了大明的大部分要求，只同意象征性地赔偿少量白银，并声称屠杀是“针对叛乱者的必要措施”。
收到西班牙人拒绝的回复，沈惊鸿毫不意外。他冷静地下达了作战命令。
次日清晨，马尼拉湾晴空万里。大明舰队排成战斗队形，缓缓逼近马尼拉城堡。西班牙守军紧张地注视着海面，火炮已经填装，火绳枪兵在城垛后严阵以待。
然而，大明舰队并没有像西班牙人预想的那样，进入城堡火炮的有效射程进行传统的对轰。在距离城堡尚有数里之遥，远远超出西班牙老式火炮射程的地方，舰队停了下来。
紧接着，让所有西班牙守军永生难忘的一幕发生了。数十艘明军小型战船，护卫着几艘大型福船，在海上列开阵势。随着一声令下，福船侧舷炮窗打开，露出了并非巨型重炮，而是一排排黑黝黝的、更为修长的炮管——那是经过改进、射程更远的大明舰炮。
“轰！轰！轰！”
震耳欲聋的炮声响起，但炮弹并非砸向坚固的城墙，而是划过优美的抛物线，精准地落在了马尼拉城堡外围的码头区、仓库区以及西班牙人的兵营附近！爆炸声接连不断，木制建筑被摧毁，燃起熊熊大火，浓烟滚滚而起！
这远超预料的射程和精度，让西班牙人目瞪口呆！他们的火炮，根本够不着明军的舰队！
炮火准备之后，更令人胆寒的一幕上演了。数百名神机营士兵，乘坐舢板，在舰炮的掩护下，迅速靠近至距离海岸约一里处，然后跳下船，在齐腰深的海水中，排成严整的战斗队形，稳步向滩头推进！
“他们疯了吗？在海水里列阵？”西班牙军官难以置信。
然而，当明军士兵在滩头站稳脚跟，举起手中那迥异于火绳枪的武器时，西班牙人的噩梦才刚刚开始。
滩头上的神机营士兵，迅速分成了三排。第一排蹲下，第二排站立，第三排准备。他们手中持有的，正是大明最新的雷霆铳。
西班牙总督阿尔塞罗在城堡上，透过望远镜看到明军士兵在没有任何火绳点燃的情况下，就直接举枪瞄准，心中涌起一股不祥的预感。
“放”随着明军基层军官一声令下。
“砰！砰！砰！砰！”
密集如爆豆般的枪声骤然响起！白色的硝烟瞬间弥漫了整个滩头！这射速，远超西班牙人熟悉的火绳枪！更要命的是，明明距离尚远，超出了火绳枪的有效射程，但城堡垛口后却接连传来西班牙士兵的惨叫声！铅弹竟然精准地射中了目标！
“这不可能！”阿尔塞罗失声惊呼。他亲眼看到，有士兵仅仅是将头稍微探出垛口观察，就被远处射来的子弹击中面门，倒地身亡！
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