万历四十五年的春夏，沈惊鸿在“帝师”这个非正式但却至关重要的角色上，投入了越来越多的心血。前往端本宫授课，已成了他繁忙公务中雷打不动的安排。他深知，对皇太孙朱由校的启蒙，绝非简单的知识传授，更是一场关于思维方式与世界观的塑造。
沈惊鸿的教学内容开始逐渐深化，并巧妙地与治国理政的基本原理相结合。他不再仅仅展示奇巧的模型，而是引导朱由校思考其背后的“理”与“用”。
例如，他带来一幅精心绘制的《大明漕运水利概要图》，上面清晰地标注了主要河流、运河、水闸以及历年决口、淤塞的重点区段。
“殿下请看，”沈惊鸿指着地图，“漕运乃京师命脉，如同人体之血脉。若此处河道淤塞（指向山东段某处），则南粮无法北运，京师便会‘饥饿’；若此处堤坝溃决（指向淮扬某处），则良田化为泽国，百姓流离失所。格物之学，可助我们更清晰地了解山河形势，设计更坚固的堤坝，制造更高效的疏浚工具，从而确保漕运畅通，百姓安居。此非小技，实乃安邦定国之基。”
他又以“惊鸿一式”步枪为例，拆解其结构，讲解膛线、底火、定装弹药如何共同作用，使得射程和精度远超旧式火铳。“殿下，军械之利，关乎将士生死，社稷存亡。昔日我朝火器亦曾领先寰宇，若固步自封，遂被后来者居上。格物之学，贵在精益求精，不断创新。治国亦然，需知彼知己，与时俱进，方能立于不败之地。”
他甚至开始引入最简单的经济学概念。用不同颜色的豆子代表粮食、布匹、银钱，模拟简单的交易，解释为何“谷贱伤农，米贵伤民”，为何需要平衡赋税，为何通畅的商路能带来财富。他力求让朱由校明白，国家的强盛，建立在扎实的农业、先进的工技和活跃的商贸之上，而非仅仅依赖于道德文章。
朱由校对这些内容展现出了混合的兴趣。他对具体的机械、水利模型依旧最为热衷，能一动不动地研究半天。对于军事和地理，也表现出相当的好奇。而对于那些相对抽象的经世道理，虽然理解起来还有些困难，但在沈惊鸿深入浅出的讲解和生动比喻下，也能默默记在心里。沈惊鸿并不急于求成，他像一位耐心的园丁，只是不断地播种、浇水，期待这些思想的种子能在未来合适的时机生根发芽。
沈惊鸿对皇太孙的影响日益加深，自然引来了更多忌惮的目光。攻击他的奏疏开始变换角度，不再仅仅指责“格物”本身，而是上升到“窥探神器”、“影响储君”的高度。
“沈惊鸿借教导皇孙之机，妄议朝政，指摘山河，其心叵测！”
“皇孙年幼，正宜涵养德性，沈某却以奇器淫巧蛊惑之，长此以往，恐失人君之体！”
更有甚者，将朱由校偶尔在公开场合对某些器物表现出的浓厚兴趣，歪曲为“沈惊鸿诱导皇孙沉溺玩物，荒废学业”。
这些攻击阴险而致命，直指宫廷最敏感的神经。太子朱常洛承受的压力巨大。他一方面要维护沈惊鸿，肯定其教学的正面效果，另一方面又不得不更加谨慎，甚至偶尔需要沈惊鸿暂时减少去端本宫的频率，以避风头。
沈惊鸿对此心知肚明，他更加注意自己的言行，在端本宫内绝不议论具体朝臣和政策，只讲原理和事实。同时，他也通过徐光启等人，在士林中传播“皇孙聪颖，于实学颇有进益”的正面消息，以抵消负面舆论的影响。这是一场无声的较量，关乎未来皇权倾向的较量。
就在沈惊鸿忙于应对朝堂暗箭之时，来自东南海疆的紧急军报，再次以八百里加急的速度驰入京师——荷兰东印度公司的舰队，突袭并占领了澎湖！
军报详细描述了荷兰战舰的强大：其船体高大，侧炮数量众多，射程远，威力猛。驻守澎湖的明军水师旧式战船根本不是对手，一战即溃。荷兰人并在澎湖修筑工事，显然意图将此作为长期据点，控制东西洋贸易航线。
消息传来，朝野震惊。虽然东南海疆一直不靖，但被“红毛夷”如此公然占领战略要地，还是首次。澎湖位于台湾海峡要冲，失去澎湖，不仅贸易受阻，福建沿海也直接暴露在威胁之下。
朝堂之上，再次陷入争吵。主战者要求立即调集水师，驱逐荷夷；主抚者则认为荷兰船坚炮利，不宜硬碰，可尝试交涉；更有甚者，认为“海外孤岛，得失无关痛痒”，主张置之不理。
沈惊鸿得知消息后，心中猛地一沉。历史的惯性再次显现，荷兰人果然将触角伸向了台海。他立刻意识到，这是危机，也是契机——一个推动海军建设，验证“鲲鹏计划”成果的绝佳机会！
他连夜求见太子朱常洛，力陈利害：“殿下！澎湖乃我大明门户，岂容外夷盘踞？荷兰人此举，志不在区区一岛，而在控我海疆，断我商路！若让其得逞，则东南永无宁日，国库岁入亦将大损！此时绝非退缩之时，当果断以武力驱逐之！”
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