崇祯二年（公元1629年），毛文龙驻守皮岛以牵制敌军。三月，袁崇焕奏请朝廷在宁远设立东江饷司，令东江军自觉华岛转运粮饷，禁止登莱商船进入皮岛市场。自此以后，皮岛所需的京城军饷，都必须经过关宁经略查验后，从朝鲜贡道送往宁远，不允许经过皮岛，商贾贸易中断，岛上陷入严重饥荒，士兵们只能以野菜充饥。
起初，毛文龙声称自己麾下有十几万兵马。朝廷为了据实筹措军饷，派兵科给事中王梦尹、翰林编修姜曰广曾前往皮岛实地核查，确认有十万之众，但登莱道官员王廷试重新核减，定额为二万八千人。毛文龙对此非常不满，多次上奏请求增加军饷，并抱怨宁远转运粮饷不便，但袁崇焕并未理会。毛文龙甚至请求亲自前往旅顺商议此事。
六月，袁崇焕致信毛文龙说，知道毛文龙岛上军粮短缺，已发饷银十万两至双岛，约毛文龙会面共商消灭敌军之策。毛文龙对儿子毛承禄说：“之前他奏请削减军粮，现在又发粮，此事蹊跷。”毛承禄认为：“他在担任抚臣时就有议和之议，现在又说要消灭敌军，恐怕另有图谋，不如不去。”毛文龙思考良久，说：“自古以来战、守、和三种策略并无定规，有机会就可以施行，且他与袁崇焕都是为朝廷效力，不必相互猜疑。”于是毛文龙带了二十名部将、一百名家丁和三千兵马前往双岛，拜见袁崇焕。袁崇焕对毛文龙极为热情，称辽东海外的安宁全赖毛文龙与自己共同努力。毛文龙则表示自己在海外多年，每天思虑如何抗虏，唯一忧虑的就是粮饷匮乏，如果袁崇焕能解决这个问题，使自己部下不愁军粮，再指点传授灭敌方略，定能抗敌成功。
次日，袁崇焕犒赏毛文龙的部队，每人发放银一两、米一石、布三匹。不久，毛文龙设宴回敬，席间忽然传来消息，称有万余清军将渡河东进。袁崇焕派人紧急救援，只留下数百人，又与毛文龙好生交谈了一番。第三天，袁崇焕登上皮岛，再次大举犒赏毛文龙的军队，并告诉毛文龙：“他与毛文龙以旅顺为界，东行使用毛文龙的印信，西行使用自己的印信。”毛文龙答应了这一提议。随后又传来消息，称河西有敌情，袁崇焕沉思片刻，请求借用毛文龙的军队前去救援。毛文龙命令马上前去营救。
第四天，袁崇焕命令军士设下埋伏，毛文龙并未察觉，跟随袁崇焕进入包围圈。毛文龙的部下想要进去，却被袁兵阻止，毛文龙的随从也被包围。袁崇焕对众军士说：“你们在海外劳苦多年，每人仅得五斗粮食，全家分食，令人心酸。你们受我一拜，今后不必担忧无粮，只需为朝廷出力。”说完，袁崇焕向将士们行礼答谢，并且泪流满面。
袁崇焕随后对毛文龙说：“我节制四镇，严加海禁，担心登津成为心腹之患。东江军粮由宁远转运更为便利，你为何非要解银到登津自行购买粮食，白白浪费国家钱粮，毫无实效，留着东江有何用？”毛文龙反驳道：“您说得不对，我以九十个义兵夺取镇江，未耗费朝廷一斗米一寸铁，收抚辽沈逃民九十余万，聚集各岛为掎角之势，通过正当途径取得朝鲜粮饷，以信义征收商贾税收，发展农业、铸造兵器，斩敌将、复城池，六七年来，只接受了朝廷一百五十万两银、九十余万石米，怎么能说我无功虚领呢？”袁崇焕说：“与你谈了三天，才知道你狼子野心，满口谎言。不杀你，这片土地日后还能属于朝廷吗？”毛文龙说：“督师您只有朝廷赐予的节制权力，怎么能擅自杀我？”袁崇焕回答说：“今日并非我个人的意思，而是皇上的旨意。”在场的左右官员听闻此言脸色大变，但毛文龙依旧镇定自若，说：“既然是圣上的旨意，我就不再辩解。”于是他面向西方叩拜，说：“我久负朝廷恩情，死不足惜。”袁崇焕命令旗牌官张国柄持剑将毛文龙斩杀。毛文龙部将伏尸痛哭，袁崇焕说：“我只杀毛文龙一人，其他人继续任职如故。”他命令收敛毛文龙的遗体，随后上奏列举毛文龙的十二项罪状，并自我弹劾。崇祯皇帝认为毛文龙骄横跋扈，命袁崇焕安心任事，并对他加以嘉奖。
当时敌情平静，袁崇焕率军返回，士兵们听到毛文龙被杀的消息，都痛哭流涕。袁崇焕假装祭奠毛文龙，说：“昨日杀你是朝廷的法度，今日祭奠是我的情谊。”随后流泪，将士们也跟着哭泣。袁崇焕担心军心动摇，召集毛文龙部下说：“你们被主帅克扣军粮很久了，现在有十万两银子犒赏，每人领三两。”众人情绪才稳定下来。袁崇焕将毛文龙的部队分为四部分，毛承禄与徐敷奏分别领军，东江将领刘兴祚与陈继盛也各领一部，然后返回宁远。
译者注：1.袁崇焕擅自诛杀毛文龙一事，是当时具有重大历史影响的事件。毛文龙时任登莱巡抚、东江总兵，是辽东前线一支独立作战的军事力量，对后金构成了一定的牵制作用，尤其在朝鲜半岛的皮岛上建立了基地，对后金后方构成了一定威胁。而袁崇焕作为蓟辽督师，主张强化军纪、整饬边防，对毛文龙的骄纵不法、不服调遣有所不满。于是，他便在袁崇焕在崇祯二年利用皇帝授予的尚方宝剑，以十二条罪状处置毛文龙，将其斩首。这一行为在当时和后世引发了极大的争议。
从即时影响看，毛文龙死后，东江镇军事力量失去了统一指挥，对后金的牵制作用减弱，使得后金可以更加专注于对明朝的进攻，尤其是后来的几次大规模南下侵袭，没有了后方的困扰。而袁崇焕擅杀毛文龙，引起了朝野震动，加剧了朝廷内部的党争，尤其是触动了皇帝对袁崇焕权威扩张的警惕，也引发了对袁崇焕是否越权、滥杀的质疑。
从长远影响看，毛文龙之死导致明朝在辽东半岛的军事布局发生变动，对整体边防体系造成影响，削弱了明朝在辽东地区的军事威慑力。自此以后，崇祯帝对袁崇焕的信任度不断降低，尤其在得知后金绕过山海关直逼北京城下（己巳之变）时，对袁崇焕为何未能阻挡后金的疑问升级，怀疑他与毛文龙之死有关联，甚至怀疑袁崇焕有通敌之嫌。袁崇焕后来因涉嫌勾结后金而被捕下狱，最终被判处凌迟，很大程度上与他擅自处置毛文龙的行为有关，该事件成为袁崇焕悲剧命运的重要转折点。
每读至此，实在令人扼腕叹息。
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