马世奇，字君常，号素修，江苏无锡人。祖父马濂，嘉靖庚戌（公元1550年）进士，曾任桂林知府；父亲马希尹，万历壬子（公元1612年）贡生，任职太仓儒学。马世奇自幼聪明出众，与其弟孝廉马世名一同刻苦学习，被誉为“平原二龙”。他十八岁时成为秀才，三次考试均名列前茅，时人称他为“小三元”。此后，他每次考试均获得冠军，他与马世名在家中设立名为“澹宁居”的书房，共同研习同门录、尚书义等经典，并加以分类编排。因此，丁未（公元1607年）、庚戌（公元1610年）之后，天下学子争相模仿他们的学习方法，将“澹宁居”作为备考的重要参考。天启元年（公元1621年）辛酉，马世奇以恩贡身份参加廷试。甲子年（公元1624年）中举人，辛未年（公元1631年）中进士，又改任庶吉士。壬申（公元1632年）四月五日，朝廷在午门赐百官麦饼宴；重阳节，又在皇极门赐糕。这些都是久已废弃的皇家礼仪，官员们纷纷赋诗十篇，以纪念这一盛事。癸酉（公元1633年），马世奇被任命为翰林院编修。崇祯皇帝勤于政事，每三天上一次早朝，凌晨四鼓就离开后宫上朝。朝中大臣大多迟到，唯有马世奇总是最早到达。每当宫门未开、辅臣未到时，灯火昏暗中与他相对而坐的，只有刘理顺（谥号文正）。
戊寅（公元1638年），崇祯皇帝思念二祖列宗，考虑到本支子孙繁衍众多，且朝廷连年用兵，百姓生活困苦，于是命令词臣分别前往各地藩王府，传达天子体恤百姓的心意。马世奇负责山东、湖广、江西等地，行程二万里，传达诏书给二十位藩王。己卯（公元1639年），马世奇主考江西乡试，录取刘渤等一百三十三人。刘渤素有“江西侨肸”之称，且在丁卯（公元1627年）被倪倪文璐（谥号文正）拟定为第一名。不久，马世奇遭遇父丧，于壬午（公元1642年）十月北上奔丧。当时战事日益紧张，他在淮阴停留。癸未（公元1643年）抵达京城，升任左春坊左中允。周延儒（宜兴人）再次被召回朝廷时，马世奇正在家中，为他饯行时极力陈诉东南地区民力已极度匮乏，应当尽快减免拖欠赋税，让百姓得以安居。因此，周延儒入朝后奏请朝廷，得到批准。等到马世奇入京时，周延儒已离任。不久，周延儒又被逮捕，赐令自尽。他的门生故吏，那些自称曾在他幕府中受益的人，担心受到牵连，纷纷躲避。唯有马世奇料理他的后事，毫不退缩。他还主持了武科会试，录取二百名士子。他提出策略说：“如今想保全自身和家庭的人，正处于像船只与深渊一起沉没的境地，却还在悠闲地欣赏锦缆和帆樯；房屋即将与火灾一起化为灰烬，却还在安逸地规划鸟革翚飞的建筑。难道天下大乱时，还有能够保全国家？国家大乱时，还能够保全家庭？家庭大乱时，还能够保全自身吗？”他又说：“如果有万人在这里，筛选之后必定有一千人可用，但将这一千人混杂在万人之中，就会有万人逃跑而一千人胆怯；如果有千人在这里，筛选之后必定有一百人可用，但将这一百人混杂在千人之中，就会有千人胆怯而一百人无胆。这就是兵力过多带来的弊端。再说，每年向边疆输送军饷，太祖、成祖时没有先例，是从弘治、正德年间开始（明孝宗、明武宗），但数额不过四十多万两，到了万历年间增加了十倍，如今又增加了五倍。赋税正额不够，就从加派赋税和裁撤人员中提取。墩军引导敌人，驿站兵丁跟随贼寇，一半是因为裁撤人员被逼迫，饥民加入叛乱，一半是因为横征暴敛而冒险。这就是军饷过多带来的弊端。”
他还认为，士兵多容易出现冒领军饷，军饷多又导致虚报兵额。冒领军饷的，有瘦弱的隶役冒充冲锋陷阵的士兵，有胥吏占领军功簿上的位置，还有家奴假冒奇军之名，这些都是领取军饷的士兵。冒充兵士的星卜等闲杂人员之人饱食军饷，把守津要之地的官员冒领朝廷奖励的击败敌军的赏赐，这些都是军饷的去处。他还说：“敌方的情况对我们来说就像浓雾一样模糊不清，而我们的状况对敌方来说就像火炬一样清晰可见。这就像谋略被对方识破，阵型被对方看穿一样。人们难以了解敌方的内心，只知道用兵，却不知道如何破解敌方的计策。两军交战时，间谍能在其中发挥巨大作用，可以利用敌方间谍误导敌方，如马服君利用秦国间谍、岳武穆利用金国间谍；可以利用敌方间谍为我方服务，如李允则利用契丹间谍。用兵没有比使用间谍更巧妙的，间谍没有比使用反间更巧妙的。古人善于用语言安慰间谍，用美食款待间谍，以辅助我军神出鬼没的战略，而现在却只把查问奸细当作功劳，不懂得利用奸细制定战略。这种策略很有道理。后来，给事中章正宸上疏弹劾内阁大臣王应熊，皇帝将要治罪，幸亏马世奇据理力争，最后皇帝仅将王应熊削职为平民。
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