可惜方腊没有陈硕贞的运气，此时，除了汹涌而上的官兵外，并没有凤凰飞至自己身旁，他好骑了凤凰离去。当时方腊，身陷众围，寡不敌众，被官兵一阵大刀，砍成了肉酱。
自此，方腊起义被灭，余众也陆续被征剿。
关于方腊的死，这是一种说法，似乎不甚有意思。
另一种说法来自《续资治通鉴》。
据说，宣和三年四月，王渊的裨将韩世忠，潜行至清溪溪谷，向一妇人问路，说要进峒去捉拿方腊。地方民众也恨方腊滥杀无辜，欺男霸女，为非作歹。那妇人便指给了韩世忠进峒的路径。
韩世忠带着手下三十余名兵卒，冲入峒中。
峒中，方腊正拥抱着一个妇女在取乐。
方腊见韩世忠杀至眼前，急推开了怀中拥抱着的美妇，跳将起来，和韩世忠格斗。
那韩世忠也是个有力气的人。年轻时，韩世忠于大江游泳，一个大蟒蛇要吃他，他愣是用两手掰住了大蟒蛇的上下唇，终是用计斩杀了大蟒蛇。
那方腊再猛也猛不过大蟒蛇嘛！
现在，韩世忠与方腊斗成一团。
角斗中，韩世忠猛然转身，待方腊来攻他时，伸出一臂，将方腊死死勒住。方腊被勒的差点噎过气去，韩世忠遂捆了方腊，押出峒去。
守候在峒口的是韩世忠的顶头上司辛兴宗。那辛兴宗见韩世忠逮了方腊，命部下将方腊接收，把逮了方腊的功劳记在自己头上。
这种说法也不甚有意思。
还有一种是民间的说法。
说方腊起兵前，其行踪被他曾经扛活的里正方有常获悉，方有常遂打算往县衙里去告发。不期想，方有常要告发方腊起义的消息被方腊知道了，方腊遂杀了方有常一家六口，只有方有常小儿子方庚因外出得免。
方庚听说大军征伐到此，为报家仇，遂带大军，突入帮源峒中，擒获了方腊。
上述说法都过于简单，最有意思的是施耐庵老先生在《水浒传》中的说法。
因为本书接下来将讲述水泊梁山招安后征剿方腊的情况，所以，本书取方腊乃是让花和尚鲁智深擒获了的说法。
那鲁智深乃宋江手下的步兵头领，遵照师父智真长老“逢夏而擒，遇腊而执，听潮而圆，见信而寂”的偈言，在追赶方腊残军的时候，追入山林迷了路。
此时，出现了一个老和尚，带着鲁智深在山里转来转去，最后转至一茅草屋外，安顿着鲁智深歇了。
那老和尚告诉鲁智深说：“这屋里已经给你准备好了一应食宿，你只管在这里待着，如果这两天看到树林中钻出一壮大汉子来，无需多说，只管打翻了抓住就是。”说毕，老和尚便自己离开了，只丢下鲁智深一人在山林中。
鲁智深目送老和尚离去，便进屋休息。
第二天，鲁智深起了床，躺在屋外草地上休息，果然见一壮大汉子从树林中钻将出来。鲁智深想起老和尚的叮嘱，也不搭话，只管提了禅杖，一杖将那汉子打倒在地，捆绑起来，再提溜起那人，仔细一看，被打倒捆绑之人，乃是方腊。?
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