李治自从纳妃以后，就基本上不敢再见武才人了，写纸条也觉得不安全，只命春兰、秋菊凭着记忆传话给阿红、阿紫，然后武才人再反馈回来，这样互通信息，继续保持联系。
李泰见阿耶没有立即表态，担心阿耶立李治为太子，私下到武德殿对李治说：“你以前和李元昌友善，元昌已经犯了死罪，你难道一点也不担心？”
李治脸色一变，装出害怕的样子，事后立即传话给武才人问计，武才人反馈说：“四郎急躁必败，九郎冷静必胜！在大家面前装出忧愁的样子，大家不问不说，如果再三询问，你再说出四郎的话！”
于是李治在阿耶面前整日忧形于色、心事重重，李世民见儿子神色不对，屡次询问原因，李治开始摇头不答，最后不得已，将李泰的话和盘供出，李世民听后怃然不乐。
当天，李世民前往右领军府探视李承乾，当面责备他。
李承乾说：“儿贵为太子，还求什么呢？只是一直被李泰算计，不得已才与宫臣们商量自保的办法。结果那些不得志的人就教儿图谋不轨。如果阿耶立李泰为太子，那么就正好落进其圈套之中。”
李世民默然良久才说：“李泰立，承乾、李治都不存，李治立，李泰共承乾都可无恙了！”
翌日，李世民御两仪殿受朝，朝会结束后，留下长孙无忌、房玄龄、李积、褚遂良和晋王李治，说：“儿子们做出这样荒唐的事，朕觉得非常难过和无奈。”径直往御榻上倒去，长孙无忌急忙上前扶抱。
李世民又抽出佩刀要自刺，褚遂良赶紧夺过佩刀转交给李治。长孙无忌请问皇帝想立谁，李世民说：“朕想立晋王。”
长孙无忌兴奋地说：“臣谨奉诏；谁再有异议就斩掉谁！”
李世民回头对李治说：“还愣着干什么？阿舅答应立你了，赶快拜谢呀！”李治急忙拜谢长孙无忌。
李世民又说：“公等已经同意了，不知道外朝百官的意思怎么样？”
长孙无忌答：“晋王仁孝，天下属心很久了，请陛下召问百官，如果有不同的意见，就算臣辜负了陛下，罪该万死！”
李世民于是乘步辇前往太极殿，召集六品以上的文武官员，说：“李承乾悖逆，李泰也很凶险，都不可立。朕想选诸子为嗣，到底谁合适？请诸公明言。”
群臣都欢呼道：“晋王仁孝，应当立为太子！晋王仁孝，应当立为太子！”李世民很高兴，如释重负。当天，魏王李泰被引入肃章门，幽禁于北苑。
四月七日，李世民下诏立晋王李治为皇太子，并亲御承天门楼，宣布大赦天下，赐酺三日。
李治成为太子后，遇到疑问继续向武才人请教，继续按照武才人的建议行事，在东宫崇文馆刻苦读书学习，遇事敢于担当，经常有一些出人意外的表现令群臣称赞有加。
比如，李世民要李治经常出去游玩观光、骑马射箭，锻炼身体，不要老宅在宫里读书写字、谈经论道，以免身体发育不良。
李治回答：“游观习射不是儿的爱好，儿只爱好呆在阿耶的膝下，事奉阿耶！”李世民大喜，高兴得眼泪都流出来了，下令在寝殿侧边营建别院，让李治居住。
又如，李治为给哥哥李承乾、李泰增加待遇而上表，说：“承乾、李泰衣服不过随身，饮食不能适口，幽忧可愍，乞敕有司，优加供给！”体现了兄弟友爱之情。
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