北元主力既然遭到了毁灭性的打击，北元小朝廷也未能幸免。
大批皇室成员身陷囹圄，这些人员包括已故君主爱猷识理达腊的妻子、现任君主脱古思帖木儿的后妃及次子地保奴、公主等，成为阶下囚的各类达官贵人总共有二千九百九十九人。
值得一提的是，明军还在捕鱼儿海俘虏了北元吴王朵儿只。
朵儿只是成吉思汗同母弟哈赤温的后裔。他在世袭的封地上被俘，意味着成吉思汗亲自分封的哈赤温汗国遭到了毁灭性的打击。
只有脱古思帖木儿、太子天保奴以及少数随从趁乱逃出了包围圈。
明军出动精骑追击千余里，都督余通渊所部一直打到了克鲁沦河，因追之不及，方才撤了回来。战斗结束后，蓝玉为了以防万一，下令那些披挂着铠甲的俘虏兵卸甲。
各类铁甲、皮甲在地上堆成了一座座小山。
明军一一放火焚毁，而蒙古铁骑的威名也伴随着各种盔甲在熊熊的火焰之中灰飞烟灭。
但这绝不等于历史悠久的蒙古骑兵从此销声匿迹，这支被打散了的游牧军队能否东山再起有待后人。
明军放了这把冲天大火之后，遂班师。
战役结果
捕鱼儿海之战，蒙元损失十万人左右。而明军的损失却是微不足道，据说是“不费寸兵，以收其效。”
洪武五年和林之战中幸存下来的蒙元军队，主要有蛮子、哈剌章的军队及原属扩廓帖木儿的军队，这些军队全部参加了洪武二十一年的捕鱼儿海之战。
他们虽然在和林逃脱了灭亡的命运，却最终在捕鱼儿海未能幸免。
首先，蒙元小朝廷直属的蛮子及哈剌章二人的军队，他们一直承担着保卫蒙元小朝廷的任务，《明太祖实录》详细地记载了他们在捕鱼儿海与蒙元小朝廷一起覆灭的过程。
其次，还有扩廓贴木儿的军队。
扩廓贴木儿在和林之战之后跟随着爱猷识理达腊，转移到了“金山”，自然，扩廓贴木儿的军队也应该和爱猷识理达腊的军队会师在一起。
《明太祖实录》记载扩廓贴木儿“卒于哈剌那海之衙庭”，死亡时间是洪武八年八月。
其后，明军在洪武二十一年的捕鱼儿海之战中，俘虏了蒙元“詹事院同知脱因帖木儿”，脱因贴木儿就是扩廓贴木儿的弟弟。
而此战之后，各种史料再也没有关于原属扩廓贴木儿的军队的记载。
由此可知，包括脱因贴木儿在内的原属扩廓贴木儿的军队，已经在捕鱼儿海遭到了明军毁灭性的打击。
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