4年后的秋天，南齐皇帝驾崩，元宏下诏称礼部伐丧，引兵而还。公元499年，孝文帝又一次遇下南征途中旧病复发，最终在返回洛阳的路上去世，享年33岁。
孝文帝去世后，仅仅过了25年，北魏边镇鲜卑军事集团就发动了反汉化的运动。
原来在北魏立国后沿着孤独形成以北的长城防线，建有6个军镇，这是六镇扼守平城出塞的要道，战略位置十分重要。
因此六镇设立以来，北魏王朝十分重视其防务，六镇军人立功嘉奖，将有升迁特权，吸引了不少子弟前往塞上建功立业，可以说是北魏六镇支撑着北魏王朝的赫赫武功。
北魏王朝能够在北方中国中杀出血路一统北方，六镇军人功不可没。但是自从孝文帝改革南迁洛阳后，形势就发生了变化。
北魏故都平城地位下降，作为屏障的六镇地位也大大下降。而且自从将北方的柔然打败后，北魏军事重心也由防御北方边境转向夺取江淮，征服南朝。
孝文帝改革后，由于地处偏远，孝文帝的汉化政策对六镇影响不大，而洛阳周围的汉化力度很强大，以至于逐渐分化成地落鲜卑和六镇鲜卑，留在北方的鲜卑居民被日益边缘化。
加上迁都和南征，导致国家财政紧张，对六镇的经济支持不断减少。六镇长官开始勒索士兵，而且许多发配的士犯也都发往了六镇去当兵，各种矛盾在这里错综复杂在一起，过去光荣的六镇将士逐渐变成了耻辱的代名词。
与此同时，文帝南迁后的北魏王朝日益腐朽，贪图享受，皇室内部争权夺利，官僚贵族贪污腐化。
终于在公元523年，柔然汗国趁机复兴率兵偷袭六镇，六镇本来就衰败无力，无力抵抗，损失惨重。在这个刺激下爆发了匈奴人破六韩伯斤领导的六镇大起义。
高欢就从这个时候看到了机会，同样在六镇起义的刺激下，尔朱荣趁乱崛起。以镇压六镇起义起家，掌控了北魏大权，最后导致北魏覆灭，便宜了高欢、宇文泰，东西魏分裂。
北魏灭亡后，孝文帝改革的措施过于剧烈和彻底，顾此失彼，而孝文帝之后的继任者也没能继续调整和完善改革措施，导致北魏政权走向衰弱。
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