崇祯趁热打铁，让大臣们递奏折弹劾魏忠贤。一开始，大臣们还不敢太直白，只敢说魏忠贤“专权跋扈，应该收敛”，后来见崇祯态度坚决，胆子就大了起来，有人直接列举了魏忠贤的“十大罪状”，说他“谋害先帝、陷害忠良、贪污军饷、私通后金”，条条都是死罪。
魏忠贤这才慌了，他跑到崇祯面前，哭得一把鼻涕一把泪，想要求饶。可崇祯这次没再装了，他冷冷地看着魏忠贤，说：“你犯下的罪，罄竹难书，朕念你是先帝旧臣，不杀你，你自己去凤阳守皇陵吧。”
魏忠贤知道自己大势已去，可他还不死心，离开北京的时候，带了几百个亲信，几十车金银珠宝，一路上依旧摆着“九千岁”的架子。崇祯得知后，龙颜大怒，下旨让锦衣卫去追魏忠贤，要把他押回北京治罪。魏忠贤在半路上听到消息，知道自己逃不掉了，就在客栈里上吊自杀了。
《明史·宦官传》里记载：“崇祯元年二月，命戍凤阳，寻命逮治。忠贤行至阜城，闻之，与李朝钦偕缢死，诏磔其尸，悬首河间。”魏忠贤死后，崇祯下令把他的尸体剁成肉酱，脑袋挂在河间府的城楼上示众，阉党成员也被一网打尽——有的被处死，有的被流放，有的被革职，嚣张了多年的阉党终于垮台了。
十七岁的崇祯，用一场漂亮的“反杀”，除掉了魏忠贤这个毒瘤，让大臣们看到了他的决心和能力。朝堂上一片欢呼，大臣们纷纷说：“大明有救了，陛下是尧舜之君！”崇祯自己也很得意，觉得自己迈出了拯救大明的第一步。可他不知道，除掉魏忠贤只是开始，更大的麻烦还在后面等着他。
除掉魏忠贤后，崇祯把目光投向了辽东——后金的威胁一天不除，大明就一天不得安宁。可此时的辽东，明军已经被打得没了士气，将领们要么贪生怕死，要么互相拆台，没人能扛起抗金的大旗。
就在崇祯发愁的时候，有人向他推荐了袁崇焕。
袁崇焕是广东东莞人，万历四十七年（公元1619年）的进士，本来是个文官，可后金崛起后，他主动请缨去辽东打仗，成了一名“文官带兵”的将领。在辽东期间，他修筑了宁远城，还在天启六年（公元1626年）的宁远之战中，用红衣大炮打败了努尔哈赤，让后金军队第一次尝到了惨败的滋味，史称“宁远大捷”。
可后来，袁崇焕因为得罪了魏忠贤，被魏忠贤的党羽陷害，辞官回了老家。崇祯知道袁崇焕的本事，就下旨把他召回北京，亲自在平台召见他。
平台召对的时候，崇祯问袁崇焕：“袁爱卿，辽东的事，你有什么办法吗？多久能把后金打退，收复失地？”
袁崇焕当时信心满满，拍着胸脯说：“陛下放心，只要给臣足够的兵权、军饷和粮草，臣保证五年之内，收复辽东所有失地，把后金赶回老巢！”
崇祯一听，高兴得不行，当场就任命袁崇焕为兵部尚书兼蓟辽督师，把辽东的军政大权都交给了他，还赏赐了他尚方宝剑，说：“袁爱卿，朕把辽东交给你了，你可以便宜行事，要是有将领不听指挥，你可以先斩后奏！”
《明史·袁崇焕传》里记载：“崇祯元年四月，命以兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽、登莱、天津军务，所司敦促上道。七月，崇焕入都，帝召见平台，慰劳甚至，咨以方略。崇焕对曰：‘方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年，全辽可复。’帝曰：‘复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。’”
可袁崇焕的“五年平辽”，其实是个“画饼”。他心里清楚，以大明当时的实力，别说五年收复辽东，能守住现有的城池就不错了——明军战斗力差，军饷不足，士兵逃亡严重，而后金军队骁勇善战，还控制了辽东的大片土地。他之所以说“五年平辽”，一是想让崇祯放心，二是想拿到更多的资源。
袁崇焕到了辽东后，确实做了不少事：他整顿军纪，把那些贪生怕死的将领革职，提拔了祖大寿、赵率教等有能力的将领；他加固城池，补充武器，尤其是红衣大炮，让宁远、锦州等城池成了后金军队难以攻克的堡垒；他还安抚百姓，鼓励流民开垦荒地，解决军队的粮食问题。
一开始，效果还不错。崇祯二年（公元1629年），皇太极率军进攻锦州，袁崇焕派祖大寿率军支援，在锦州城外与后金军展开激战，最后打退了后金军，史称“宁锦大捷”。消息传到北京，崇祯很高兴，又赏赐了袁崇焕不少金银珠宝。
可皇太极是个聪明人，他知道袁崇焕不好对付，就改变了策略——不打辽东的坚城，而是绕过山海关，从蒙古草原南下，进攻北京。崇祯二年（公元1629年）十月，皇太极率领十万大军，绕过山海关，突破长城，直逼北京。
北京城里一片恐慌，崇祯也慌了，赶紧下令让袁崇焕率军回师救援。袁崇焕接到命令后，率军星夜兼程，赶到北京城外，在广渠门、左安门等地与后金军展开激战，总算把后金军挡在了城外。
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