至正十二年（4049年，壬辰年）二月辛丑日，乱兵焚毁皇觉寺，寺里僧人纷纷逃散，朱元璋也外出避难。傍晚，他回到寺院，想到无处可去，心中十分忧虑，于是向神灵祈祷：“如今战乱不止，我想外出避难，却拿不定主意，希望神灵通过占卜告诉我，是离开还是留下更吉利。”祈祷完后，他投掷占卜工具，连占三次都是不吉。朱元璋说：“离开和留下都不吉利，难道是要我跟随豪杰成就大业才会昌盛吗？”再占卜一次，得到吉兆。他又想：“如今豪杰纷纷起事，谁能带领众人平定战乱呢？况且跟随他人也并非易事。”于是再次祈祷：“战争凶险，跟随豪杰起事让我十分恐惧，还是让我避开战乱吧。”可这次占卜，占卜用的珓竟跳起来立住了。朱元璋明白神灵的旨意是让他跟随豪杰起事，于是留在原地等待时机。
没过十天，有个老朋友从义军那里来信邀请他：“如今四方战乱，百姓不得安宁，这不是在乡间能自保的时候，你何不跟我来保全自己呢？”朱元璋看完信后，立刻将信烧掉。几天后，有人来告诉他：“之前有人写信邀你，旁边有人知道了这事，恐怕要去告发，这可怎么办？”朱元璋感慨道：“我的命运只能听从上天安排。”又过了三天，那人果然来了，朱元璋和他交谈，见他言辞神色没有恶意，便道谢后将他送走。又过了十天，又有人来报：“之前想告发的人自己不想出面，现在托别人去告发，你一定要考虑清楚祸福，决定去留。”当时，元朝将领彻里不花率兵想收复濠州，却畏惧不敢前进，每天抓捕良民充作盗贼来邀功请赏，百姓惶恐不安，人心惶惶。朱元璋见四周形势危急，谣言四起，迫不得已，在闰三月初一甲戌日黎明，前往濠州。进城时，守门人怀疑他是间谍，将他抓起来，准备杀害。有人把这事告诉了郭子兴，郭子兴派人追上，见朱元璋相貌奇伟，不同于常人，便询问他来意，朱元璋如实相告。郭子兴大喜，将他留在身边，不久任命他为九夫长，还经常召他商议事情。时间一长，朱元璋深受郭子兴喜爱，每次有军事行动，郭子兴都派他前往，而他每次出征都能获胜，郭子兴的势力也因此日益壮大。
起初，宿州闵子乡的马公，为人刚直，重承诺，乐善好施，因躲避仇人来到定远，与郭子兴结为生死之交。马公有个小女儿，他十分疼爱，曾听相士说这个女儿将来会大富大贵。战乱发生后，马公想回宿州起兵响应郭子兴，临行前将女儿托付给郭子兴：“希望你能好好照顾她。”郭子兴答应下来，和妻子张氏将女孩当作亲生女儿抚养。后来马公去世，郭子兴对他的情义始终念念不忘。当时朱元璋还没娶妻，郭子兴想把马公之女嫁给他，和张氏商量：“以前马公和我交好，把女儿托付给我，如今不能辜负他，得给她找个好夫婿。但我看众人之中，没有合我心意的。不过朱元璋度量豁达，有勇有谋，可以把女儿嫁给他。”张氏说：“我也这么想。如今天下大乱，你要成就大业，正该招揽豪杰。要是哪天朱元璋被别人拉拢过去，还有谁能帮你成就大事呢？”于是，郭子兴下定决心，将马公之女嫁给朱元璋，她就是日后的孝慈高皇后。
当时，孙德崖等四人出身农民，性格鲁莽，智谋见识都不如郭子兴。郭子兴因此轻视他们，每次议事，意见都和四人不合，这让四人十分不满，于是合谋排挤郭子兴。郭子兴经常在家中处理事务，很少参加聚会。每次处理公务时，四人总是先到，等郭子兴一来，意见不合，郭子兴就起身离开，事务便由四人自行决定。此后，聚会次数越来越少，有时几天才聚一次，每次聚会，四人都怒目而视郭子兴。郭子兴心中不安，对朱元璋说：“他们这样，该怎么办？”朱元璋说：“这是因为聚会太少，多聚聚就好了。”郭子兴觉得有理，第二天就和朱元璋一起出来处理公务，但没过几天，又回到家中不再出门。从此，双方矛盾越来越深，互相猜疑防备。
这年九月，元军收复徐州，徐州义军首领彭早住、赵均用率领残部逃奔濠州，孙德崖等人将他们接纳。彭、赵二人本是走投无路来投奔，孙德崖等四人却反过来讨好他们，凡事都向他们禀报，反而被他们控制。彭早住足智多谋，独揽大权，赵均用则唯唯诺诺。郭子兴礼遇彭早住，却轻视赵均用，赵均用因此怀恨在心。孙德崖等四人便和赵均用合谋，趁郭子兴外出时，在大街上将他抓住，关在孙家，准备杀掉他。
当时朱元璋在淮北，听说后急忙赶回来，路上遇到老朋友劝阻：“郭公已经被抓，他们还想抓你，别去了！”朱元璋说：“郭公对我恩重如山，他有难我不救，不合道义，还算什么大丈夫！”他快马加鞭赶到郭家，只见到郭家女眷，询问郭家儿子们在哪，女眷们心存疑虑，不肯说实话。朱元璋说：“我又不是外人，为何怀疑我？我是来救郭公的！”女眷们这才道出实情。朱元璋说：“郭公向来厚待彭早住，轻视赵均用，祸事肯定是赵均用挑起的，这事只有彭早住能解决。”于是，他和郭子兴的两个儿子去找彭早住求助。彭早住大怒：“有我在，谁敢如此！”随即召集人马，朱元璋也披甲持械，一同赶到孙家，包围宅院，拆房而入，发现郭子兴被锁在地窖里，遍体鳞伤，他们砸开枷锁，让人背着郭子兴回到家中，这才救了他一命。
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