“很好小智，我们再跑一圈！”
“呦西，冲啊！”
正如大家所见，小智他们现在还在武斗岛，去凯那市的船票订是订好了，但小智买错航班了，买成明天的船了，所以也是没事做，小刚就给小智制定了一个训练计划。
此时小刚领着小智小胜还有小瑶还有他们的宝可梦在沙滩上跑步，林凯和孩子们在不远处看他们训练。
“父亲，你说我们队里人收服的宝可梦真的正常吗？”在队伍后面，仙灵问了林凯一句，“小刚我寻思是岩石系道馆馆主吧，为啥收服了两只水系宝可梦还有一只虫系、钢系的宝可梦？”
“可能是因为小刚他想当培育家，所以就没那么多限制了？反正也没人规定专精某种属性的训练家不能抓其他的宝可梦。”小刚这看起来确实有些难绷，但严格来说他现在不是尼比道馆的训练家了，所以他想怎么样他们也管不着。
“对了，古拉法特他们，还有卡利斯先生，他们又去哪了？”
“不知道，我又管不了他们的日常活动。”
在前面，小智他们正好遇到了来武斗岛实地考察的小田卷博士，于是就跑上前去跟他打招呼。
“你就是小田卷博士吗？”林凯也上前去打招呼，“你好，在下林凯，目前正在和小智一起旅行。”
“哎呦，你就是林凯啊？！之前就听说过你了，小智也谈到过你，今天也终于是见到了！”小田卷博士也是客套了几句，然后目光就集中在孩子们身上了，“这些是你的宝可梦，培育的真不错啊！”
不知为何孩子们看到小田卷博士在看自己后，不禁感到身体发寒，就像大木博士当初说要他们配合他研究一样。只能说研究员间的共通性，还是挺一致的。
之后小田卷博士提议让小智他们跟他一起去观察一下野生宝可梦的生活环境，小智也是觉得这比光训练有意思，于是就同意了。
与此同时，武斗岛上正发生着一些不寻常的事情，一架红色的运输机降落在岛上一个无人的地方，又有一艘蓝色的潜艇在武斗岛附近的水域浮出水面。
一群身穿红色制服的人和穿蓝色制服的人分别从飞机上、潜艇中出来，似乎是想要寻找什么东西。
“那些人，看样子有点儿像火岩队的啊？”雷明顿他们正好路过，躲在树丛中看着火岩队的人搬下一个类似盾构机的机器。
“跟老板汇报下情况。”欧阳跟其他“人”说，火岩队是丰缘当地的不法组织，他们来到这里肯定是带有目的性的，所以还是通知一下林凯比较好。
“那些人是干什么的？跟之前的那个什么水舰队的长的好像啊。”而在海边散步的卡利斯看到水舰队的人正在潜入水底，一股不好的预感涌上心头，“得通知一下林先生才行。”
“嗯？雷明顿和卡利斯怎么都给我打电话了？”而林凯接到二人的电话时一头雾水的，他在分别接通二人的电话后，得知了发生的事情，“这一天天的，真是……孩子们，先跟我走一趟。”
与此同时，小智他们在一个山洞里发现了一个不是那么隐蔽的秘密基地，然后就被这个秘密基地的主人，一个小孩给赶出去了。
“怎么这样啊？动不动就赶人走。”
“好了小智，也是我们私自闯进去的，还是先走吧。”
“好吧，嗯，先生又跑哪去了？”小智发完牢骚后，发现林凯又不见了，“算了，先生可能是回去了，咱们还是继续去考察吧！”
在小智他们走了没多久，一直跟着他们的火箭队就趁虚而入，抢了那个小孩的秘密基地，还把他的土居忍士给抓了。
“奇怪了，火岩队和水舰队的人怎么跑这儿来了？”在和古拉法特他们汇合后，林凯他们一路跟随火岩队成员来到了刚才的那个山洞，而卡利斯则在追踪着水舰队并和林凯保持着联系。
火岩队领头的那个拿着一个仪器，在把房间里的火箭队三人组赶走后探查了一下，发现他们要找的东西在墙里面，就叫手下用机器开始挖洞。
“这么大阵仗，难道固拉多和盖欧卡搬到武斗岛住了？”林凯听卡利斯说水舰队成员正在通过一个海底隧道，貌似跟火岩队前进的方向一致。
于是他们就接着跟了进去。
“诶，那不是刚才的孩子吗？”小智他们在返回的路上又遇到了刚才赶他们出去的孩子，“你怎么一个人在这里哭？”
打听过后得知这孩子叫做和辉，以及火箭队抢了他的土居忍士和秘密基地的事情，他们决定打抱不平，帮他夺回自己的宝可梦。
“啊，我的秘密基地！”和辉进来一看发现自己的秘密基地里的家具都被破坏了，墙上还被开了一个大洞。
没办法啊，只能是进去一探究竟了。
在洞穴深处有着一个巨大的空间，而里面还有一个奇怪的建筑物，火岩队的人在里面探查着，林凯他们在外面看着他们到底要搞什么幺蛾子。
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