开战仅仅半个小时之后，十八芝一方就已经基本丧失了作战的意志。尽管只有大约四分之一的船只失去了继续作战的能力，但刘香和李魁奇认为继续打下去已经没有实际意义，便下令开始撤退。
不过他们所在的旗舰已经被海汉这边辨识出来，想要脱离战场却是没那么容易了。“威信号”和“威风号”分别盯准了一个目标，开足了马力追着不放。而这个时代能够靠航速摆脱海汉蒸汽战舰追击的风帆船并不存在，因此刘香和李魁奇很快就发现他们的计划远远跟不上战场变化，打不过也就罢了，现在连逃都已经逃不出去了。
刘香所乘坐的船只在被打断了两根桅杆之后率先被截住，不过船上的人显然并不打算束手就擒，依然试图使用土炮、弓箭、鸟铳等武器对靠近的“威信号”进行抵抗。不过在两发葡萄弹横扫甲板之后，船上还存活的人都选择了投降，毕竟眼睁睁看着自己的同伴被横飞的葡萄弹撕成碎片，那种冲击力足以让人失去继续战斗的勇气。
随后登船的水兵在船舱中找到了面色苍白的刘香，这家伙倒是没有受什么伤，只是惊吓加上绝望，使得情绪有些不稳定而已。
另一名出战的十八芝首领李魁奇的运气显然要差了一截，追上的去“威风号”用舰首的48磅大炮对准其尾部轰了一记，原本目标是摧毁其尾舵以让其失去航行能力，但这一炮却直接打穿了船艉，轰进了船舱，把李魁奇轰成了一团血肉碎末。随后登船搜捕的水兵，也只能从尸体碎片上找到的腰牌来证实这个倒霉鬼的身份了。
两艘带队的旗舰被擒，剩下的船只也就再无作战的心思，纷纷四散逃命。而王汤姆心里惦记着澎湖的正事，也没有放手让麾下的部队去继续追击逃散的海盗船。
下午五点，郑芝龙已经接到了阻击失败的战报。这个消息其实并没有出乎他的预料，但让他有些失望的是刘香和李魁奇二人非但没能有效地阻止敌军舰队的进军，反而连自己都没能逃得出来。这样一来，除去战死的郑芝虎，叛逃的何斌、郭怀一，十八芝已经少了五个首领，就算能保住这个团体，今后大概也只能更名为“十三芝”了。
而随着敌军舰队的靠近，留给十八芝撤离澎湖的时间也已经进入到倒计时状态了。然而从刘香、李魁奇率部出击，到战败的消息传回来，这段时间里登船离开马公港的人员数目也仅仅只有几千人，距离撤离全部人员的目标还有着比较大的差距。
“传我的命令，原本安排留守岛上的队伍，立刻登船出港，拦截敌军！”郑芝龙无奈之下，只能是把压箱底的敢死队也搬出来用了。
按照事前的计划，十八芝会留下一支两千人规模的武装在岛上跟敌人进行周旋，为大部队的出逃争取更多的时间。这两千人中有一半是郑芝龙的私军，另一半则是由抽签出来的几家一起凑人头。这支部队既然要留下来跟敌人战到底，自然就得要做好战死的准备了。但为了能够挡住来势汹汹的敌军船队，郑芝龙现在也只能提前动用这支力量了。
在这支部队出发之前，郑芝龙让人摆出银箱，给每一名参战人员都发了五两白银，如果能够活着回来，还能拿到等值的另一半奖励。不过收到银子的海盗们大多都没有任何轻松的表情，因为他们也知道这一去之后还能好手好脚活着回来的机会已经不大了。
第二支阻击船队在马公港以西十海里处迎上了联军舰队。与第一支很快覆灭的阻击船队有所不同的是，这支船队几乎已经出动了十八芝现有的全部战船，而指挥这支船队的也是郑芝龙的族人郑芝莞，战斗意志远比被强迫上阵作战的第一支船队要坚定得多。
在海汉战船的炮火打击之下，这支船队没有再次一击即溃，而是顶着炮火冲上来，以十艘或更多艘战船齐攻一个目标的战法进行作战。
不得不说这样的战法虽然代价惨重，但的确还是有一定的效果。开战不久便有一艘“探险级”战船“梭子蟹号”因为未能及时转向，被五艘海盗船直接贴了上来。尽管船上利用葡萄弹迅速清空了其中一艘船的甲板，但另外几艘海盗船仍然成功地实现了接舷战。
大呼小叫的海盗们挥舞着钢刀和鱼叉，踩着船舷跳向“梭子蟹号”的甲板。不过在排枪的迎接之下，也只有十之三四的海盗能够成功地跨过两舷之间的距离，其他的倒霉鬼基本都中枪栽进了海里。
让海盗们感到很郁闷的是，即便成功登上了敌军战船的甲板，短兵相接之下他们也仍然没能取得什么优势。这些身着靛蓝色短衫，皮肤黝黑的海汉水兵居然统统都配备了一种前端配着闪亮矛尖的火铳，稍有战斗空隙便是至少两到三轮的排枪，然后便以手里如同短矛一般的火铳接战。虽然个别武勇突出的海盗也能凭借手里的武器伤到对方，但往往都会立刻招致三四把短矛的夹攻。而这玩意儿的威力也丝毫不亚于火铳，被捅上一记往往马上就倒地不起了。
海汉海军目前所使用的火枪其实与安南民团是一样的型号，都是短管大口径燧发枪配备一尺二寸的刺刀。这种短管火枪的设计初衷就是为了适用于比较狭窄的作战空间，并通过大口径发射霰弹来覆盖近距离区域，在海上接舷战这种状况下非常适用，一个班的水兵一轮齐射，火力几乎就可以覆盖一侧的船舷了。
海盗们虽然接连不断地跳帮到“梭子蟹号”上，但所取得的战果十分有限，甲板上横七竖八倒下的躯体，倒是有超过八成都是十八芝的人。
而留给海盗们发挥的时间也并不长，仅仅片刻之后，另外两艘担任护卫舰的“探索级”战船便迅速靠拢“梭子蟹号”，近十门火炮在不到二十米的距离上对这几艘海盗船进行了轰击。
而另外几艘试图要尝试拦截“威严级”主力舰的海盗船下场则更为凄惨，因为“威严级”战船的火炮甲板布置是上层小口径，下层大口径，船舷比海盗船高出一大截，双方战船靠近之后，下层火炮甲板正好就对着海盗船的甲板，一发炮弹过去就如同风卷残云一般，将船板连同海盗一起撕成碎片，硬生生在海盗船上撕出一道横贯船身的大口子。
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