朝廷就命项忠为总督军务，与监督军务太监刘祥、总兵官都督刘玉率领京营以及陕西四镇的军队讨伐满俊。军队还未行，而巡抚陈价等先以三万军队前往讨伐，结果被打得大败。满俊军队借助缴获的官军器械铠甲，声势更加嚣张。
朝廷中商议要增兵，项忠考虑到京师的军队脆弱不能依靠，而且再派遣大将则扰乱军队的统一指挥，因而向朱见深报告说：“臣等调兵三万三千余人，足以灭贼。现在深秋野地寒冷，如果再调其他军队，恐怕来回需要时间，贼得以远逃。况且边兵不能久留，增兵不便。”大学士彭时、商辂表示赞同，京军也就没有派遣。
石城尚未攻下，天气十分寒冷，士兵非常疲乏，项忠担心叛贼突围逃走，乘河水结冰过河与河套敌寇汇合，就日夜准备进攻的器具，经历了大小三百多战。彭时、商辂深信项忠能够打败叛贼，如果项忠三万多正规军还打不败满俊的乌合之众，那就真的无语了，所以项忠采取了围而骚扰的战术，打了大半年，项忠终于消灭了叛贼。因为战功，升为右都御史，与林聪协同主管院事。
成化元年三月，荆襄流民首领刘通（号刘千斤）联合石龙（号石和尚）、刘长子等，在房县大木厂立黄旗聚众起义，称汉王，国号汉，年号德胜，攻略襄、邓，屡败官军。
朝廷派工部尚书白圭为提督湖广军务、抚宁伯朱永为总兵官，会合湖广总兵李震、河南巡抚王恕入山进讨。次年闰三月,刘通兵败被擒,死于京师。十月，刘长子、石龙被俘。起义失败，白圭在流民中推行强制附籍与发还原籍的政策，导致成化六年刘通余部李原（号李胡子）与小王洪、王彪为首的流民第二次起义。
李原称太平王，攻掠南漳、内乡、渭南一带，流民归附者近百万。 成化六年冬天，朝廷下诏书任项忠为总督军务，与湖广总兵官李震一同征讨李原，项忠上奏章请调永顺、保靖士兵。而先分兵守住各要害部位，到处竖立旗帜配备钲鼓，派人进山招降，流民返回家乡的有四十余万，王彪也被擒获。这时白圭任兵部尚书，他派锦衣百户吴辅助参将王信的军队，吴辅企图窃取战功，不希望叛贼瓦解，放出流言，白圭相信了，停止增调士兵。
项忠上疏争辩，并且弹劾吴辅的罪行，皇帝因此召吴辅回来，而且批准原调兵计划。加起来二十五万，分八路进逼，流民归来的又有几万。贼潜伏在山栅，伺机出来掠劫。项忠命令副使余洵、都指挥李振攻打，在竹山两军相遇，溪水上涨，乘贼渡河过了一半发起截击，擒获李原、小王洪等，贼被溺死很多。项忠将军队转移到竹山，捕捉余孽，又招来流民五十万，斩首六百四十，俘获八百多敌人，家眷人口三万余人。每户选一男丁，守卫湖广边境，其余的回归原籍分田耕种。项忠上疏陈述善后十件事，朝廷全都批准实行。
项忠采用驱杀稳定了荆襄流民，一律逼迫驱逐。如不走，就杀掉。流民中有自洪武年间就自外地迁来，已成为有户籍的当地居民，也在被遣返中。守边的流民乘船途中病死很多。给事中梁王景趁着朝廷因为星相变化广开言路之机，弹劾项忠胡乱杀人，白圭也说流民已经立业的，应随所在地落户籍，又驳斥项忠所报功的等次互相矛盾，朱见深认为荆襄流民是朝廷大患，项忠平定了就是功劳，升项忠为左都御史，荫庇儿子项绶为锦衣千户，对诸将按级别记录功劳。
成化八年，朝廷召项忠回来，与李宾协掌院事。过两年拜为刑部尚书，不久代替白圭为兵部尚书。?
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