再次被起用，以左副都御史巡抚辽东。这是马文升第三次赴辽东。要求朝廷给予火枪营，结果此火枪非彼火枪也，直到成化二十一年，马文升回京，进官都察院右都御史，总督漕运。淮、徐、和一带饥荒，马文升移调江南的十万石粮及五万两盐价银予以赈济。同年冬，入朝任兵部尚书。但方士出身的通政司左通政李孜省要推荐他人掌兵部，在宪宗面前做了手脚，于成化二十二年（1486年）将马文升调任南京兵部尚书。
马文升不应，跟章子俊去往南京任户部尚书一样，接旨不动身，正当朝中有人开始针对马文升参本时，宪宗病亡太子即位，这一切发生的谁也想不到。
如今马文升入朝任兵部尚书，又是都察院左都御史，当然是要整顿一番，出于对李孜省之流的厌恶，他提出：“巡城御史及兵马司、锦衣卫逐一搜访，但有扶鸾祷圣、驱雷唤雨、捉鬼耳报一切邪术人等，及无名之人，俱限一月内尽逐出京。旋即又奉命提督十二团营严核诸将，黜贪懦者三十余人，又请于团营内选马步锐卒二千人，遇警征调，且遵洪武、永乐年间之制，五日一操，以二日走阵下营，三日演武，朱佑樘允行。
正当马文升在京城“搞风搞雨”弄的焦头烂额时，弘治二年（1489）三月二十一日，章子俊带着内眷公上缨、玉儿、目前是都察院都事的妹夫马恕，家将章越、章勇、季佑带三百营兵充当护卫及监军赵牧南下，前往商洛，从宜昌座船到衡阳，再南下到达桂林。
这么多的人，每到一地就要联络各地朝廷驿站，所以章越、章勇各带一旗前出，作为前队探查道路及联系客栈打前头。三百护卫营兵的锱重有百辆马车，主要装载营兵的睡具、头盔、护甲、弹药等，还有干粮吃食及粮草，临时帐篷，虽然一路上有地方补给，可是大部份都是荒岭中行军，几日得不上补给，免不得风餐露宿。
这一次三百营兵的装备可谓是武装到牙齿，除了人手一人一火枪外还有五门六磅小炮，每人腰间挂着一把绣春刀和一把匕首，这把匕首可以装在火枪上的，都是精钢模具压制而成，开锋后非常轻便锋利，护甲就像是一件背心，前心大后背小，内衬双层厚布，头盔很像当年的美式M1头盔，全是一次成形冲压而成，这要归功于有了压板机及蒸汽机的加持，才能大批量制造不用榔头手工敲打。这些装具是在战时穿戴。
在服装上也摈弃了明朝笨重的鸳鸯战袍，采用了那个时代的50式军服，配上了一条牛皮腰带，可挂匕首、弹药包、急救包，行军时每人双肩包，内有一日的干粮罐头，预备弹药，个人物品等。
所以当这样一支队伍行军在明朝时，过往的人看着很是诧异，最看旗号全队只有一杆红色的大明日月旗，没有行牌，也没有开锣巡道，让人猜不透这是那一路兵将。
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