更始将领廖湛率18万赤眉大军攻打刘嘉。却在左冯翊的谷口县被刘嘉大败，廖湛本人被刘嘉手杀。之后因军队乏食，刘嘉也北上YY县就谷。刘秀便命邓禹招降刘嘉。刘嘉的妻兄、也是刘秀的表哥来歙此时正在刘嘉军中。听了大舅子的一番劝告，刘嘉最终决定投降。而半年多前曾与刘嘉一起杀败延岑的李宝因倨慢而被邓禹斩首。
秋天，贾复平定汝南郡的召陵、新息二县。但他留在颍川郡的部将杀了人。正值河内太守寇恂调任颍川，当即将其戮市示众。贾复大怒，率兵回颍川，并道“我与寇恂并列将帅，他现在敢杀我部将，藐我太甚。我当前去手刃此仇”寇恂知贾复挟怒前来，便不准备与其相见。这引发了外甥谷崇的不满“崇会带剑侍侧。就使有变，也足抵挡得住。舅舅何必怕他”寇恂摇头道“你不懂啊！当年蔺相如不畏秦王，独为廉颇屈志，此乃为国之先公后私”
寇恂命颍川郡各属县盛设酒肴，遇有贾复的军队入界，全体供给，且每个人供给两个人的饮食。寇恂出迎到半道上，假称有病而还。贾复正等着他来，没想到等来这个消息，更是怒上加怒，发兵欲追。但他的手下兵士个个都已喝的酩酊大醉，不复再行。贾复也只好放弃。
寇恂命外甥谷崇将此事原原本本的汇报给刘秀。刘秀便召贾复班师，同时征寇恂入朝。寇恂入朝进谒，忽见贾复已在御座之旁，急起相避。被刘秀拉住“今天下未定，两虎安得私斗？朕今日特为二卿和解”两人也能体察刘秀心意，于是言归于好，并坐甚欢。退出殿外，刘秀又命同车并出。
11月，刘秀封岑彭为征南大将军、王常为汉忠将军，率朱祜、贾复、耿弇、郭守、刘宏、刘嘉、耿植等人前去平定邓奉、董的叛乱。先攻打堵乡的董，结果邓奉发兵来救。朱祜兵败，被邓奉所擒。
11月，铜马、青犊、尤来等余贼共同推举了一个叫孙登的人为天子。只不过天子威风没享几天，孙登就被部将乐玄所杀，五万余人由乐玄带领着，向刘秀投降。
赤眉军，还有延岑暴乱三辅，郡县大姓各拥兵众，邓禹在YY县眼睁睁看着却毫无办法，正当他备受煎熬之时，洛阳的刘秀派人捎话来了“打这么久，你也累了。先回来休息一下，我派个人去替你打长安就是了”接着，刘秀又告诉邓禹“你先回洛阳。不过千万注意：不要在路上再跟赤眉军较量，他们现在已饿得不行了，长安不是他们久呆的地方，肯定要东撤。只要东撤，就等着他们好看的了”
刘秀派去顶替邓禹的将领，是冯异。刘秀亲自送冯异到hN县，叮嘱冯异道“三辅百姓，先遭王莽、更始之乱，现又逢赤眉、延岑之酷。生灵涂炭，无所依诉。朕派将军是去讨贼，并非要你略地屠城，只希望你能平定安集，救民水火。诸将非不健斗，但他们多好虏掠。只有你平日能御吏士，所以朕特委你重任，卿此行须除暴安良，勿负朕望”冯异顿首拜命。引军西进的一路上，宣布威德，民皆畏服，群盗多降。
11月，刘秀又派伏隆前去册封张步为东莱太守。所有县令(长)以下，伏隆都可以直接在当地任命。伏隆与刘秀新任命的青州牧、守、都尉一起向东出发。只是伏隆不会料到：此去竟会被张步所杀…
12月30日，刘秀下诏：所有被王莽所废的刘姓宗室列侯，全部复国。
12月，三辅地区******，人相食，城郭皆空，白骨蔽野。活下来的百姓们纷纷聚为营保，坚壁清野。赤眉军啃完了西瓜皮，不得不再次撤出长安，20余万人这次选择了东归。刘秀得到消息后，便命侯进驻守弘农郡xA县耿弇驻守弘农郡YY县并对他们说“赤眉军若东出，耿弇你就率兵北上，与侯进一起阻击；赤眉军若南出，侯进你就南下，与耿弇一起阻击”
而冯异的军队此时已开到了华阴县。在此地与赤眉军相持近两个月，交战数十回合，只有五千余赤眉军投降。
这时冯异总算明白了：不是邓禹无能，实在是对手太强悍了！
27年1月6日，刘秀任命冯异为征西大将军、杜茂为骠骑大将军。
被赤眉军连败的邓禹怎么也吞不下这口气。如就此班师回洛阳，不如直接撞墙死掉算了！于是乎，他决定暂时不班师，而是留下来和赤眉军再战一场！
老实说：玩了这么久，赤眉军累了，邓禹的军队也疲坏了。但邓禹又一千个不甘心，率领一帮疲兵硬去再去打赤眉。结果又是大败！这下子，他的脸面几乎都要丢完了。而且再这样打下去，不要说老脸丢了，小命能不能保都是个问题了…
看着赤眉军像锅里滚着的猪肉，邓禹饥饿得想吃，却又吃不下，只好干跳脚。这时，他只好拉下脸皮，向冯异求援来了。邓禹率邓弘等将领来到湖县，要求联合冯异，对赤眉军发动一场总攻。但冯异想都没想，当场就拒绝了“赤眉军不是好惹的。我跟他们拼了近两个月，才有五千余人来降我。他们队伍十分庞大，照我们这种打法，根本就搞不定他们。现在最好的办法就是诱降。实在不行再打。但打也绝对不是你这种打法。皇上已在东边布置了两支部队，只要赤眉军东撤，我们从西向东打，那边从东向西打，两面夹击，此乃万全之计”
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