随着道馆排位赛的结束，生活仿佛又回到了往日里的平静。
有挑战者，小勇就驻守在道馆内，没有挑战者，他就待在后山，和自己的伙伴们待在一起，一边训练着实力还有所欠缺的伙伴们，一边和大钢蛇他们交流着，探索未来的道路。
随着密阿雷大会再次举办，小勇和西子小姐，查克洛以及多巴那一起在道馆休息室内观看了电视转播。
与此同时，东半球四大地区， 西半球的合众地区，这些地区的联盟大会也在先后举办。
这是小勇旅行之后的第三年，时间来到了第四个年头。
这一年，丰缘冠军大吾在镇压了“森之洋馆”的暴动后，终于卸下了守护者的重担，于是他将更多的精力和热情都放在了前往世界各地，进行探险和挖掘稀有石头的道路中。
丰缘联盟此刻更多的是在大吾所推荐的代理者，“水王子”米可利先生的带领下，有序的运作着。
但是作为华丽大会的创办者，协调训练家冠军的米可利先生同样无法将所有的精力都放在联盟的工作中。
因此，在一些有心人的商议下，丰源联盟在和大吾先生，米可利先生沟通后，做出了一个决定。
一只信使鸟朝着大陆的西北方向疾驰而去。。。
这一年，
关东地区的彩虹市，作为关东最大的游戏中心和娱乐城市，发生了大规模的神奇宝贝暴动事件。
与此同时，作为神奇宝贝世界最大的制造业巨头，尤其是作为神奇宝贝球的制造龙头，西尔佛公司位于金黄市的总部大楼同样发生了暴力事件！
最终，这起暴力冲突被近些年来天才之名响彻关都两地的超能力少女娜姿所平息！
联盟为表重视，将娜姿“代理馆主”的代理二字去掉，终于让她成为了金黄市金黄道馆的道馆主！
然而无人察觉。。。一个巨大的黑暗组织正在发生某种既定的变故，并且完成了过渡！
这一年。。。
大地之坂木镇守在常青市的常青道馆，拥有关东最强道馆之名！并且吸引了无数的挑战者！
而在距离常青市不远的一个乡村小镇中，这里有着享誉联盟的“大木研究所”，同样为学术界的精英们所向往。
在这个“象征启程的纯白之色”的小镇中，两位年满8岁的少年正在看着电视机中关于石英大会的转播。
少年眼中的向往早已隐藏不住。
这一年。。。
刚刚进化为皮卡丘，离开了自己的袋兽妈妈，它一路跌跌撞撞的走出了常青森林，来到了这座安逸的小镇。
最终住进了那座小镇中最大的庭院中。
这一年。。。
关东四天王相互之间进行了冠军挑战赛。。。
相持了十数天之久后，最终没有结果，导致“龙使者”渡将目光放在了隔壁的城都地区。
与此同时，关东联盟的道馆审核再度展开。
深灰市，一位热爱神奇宝贝的少年满脸坚毅的接过了属于自己的重担，成为了关东地区最年轻的道馆主，为了照顾自己的弟弟妹妹，而成为了独当一面的男子汉！
他希望能够像丰缘地区的那位“天才训练家”一样，成为强大的岩石系神奇宝贝训练家！
以磐石之力守护自己的家，守护兄弟姐妹们！
华蓝市。
乔伊小姐再一次宣布了华蓝道馆居于末尾，严峻的淘汰审核即将到来！
道馆查封的危机总算是勉强唤醒了刚刚开始沉迷在“水中芭蕾表演中的华蓝三姐妹”，也在一位少女的心中种下了外出旅行，变强后重振华蓝道馆的决心！
这一年。。。
神奇宝贝联盟终于完全进驻卡洛斯地区！
一位来自神奥地区神和镇的女性以强势的姿态打败了“钢之雁铠”！成为了卡洛斯地区的高层！并且在和志米先生，布拉塔诺博士协商后，最终促成了卡洛斯地区联盟的建立！
与此同时，神奇宝贝训练家协会突然被另一位女性训练家强势瓦解！
她来自“对战城塞”，是最高位的“女侯爵”！但是所展现出来的实力，却让同为“侯爵”的协会训练家无法抵抗。。。
一位，名叫朵拉塞娜！成为了卡洛斯四天王之一！
另一位，居然是卡洛斯地区着名的演员，卡露妮小姐！只是，她以“时机未到”为理由，暂时婉拒了神奇宝贝联盟的邀请。。。
时间即将进入新的一年。
这一天，小勇将磐石道馆郑重的托付给了查克洛！并请求西子小姐和多巴那再坚守一年，等待青草和阿亮完全能够独当一面的时候。
两人愉快的答应了。
石田家族位于卡洛斯地区的产业全部都交给了止边打理。
小勇的老爸老妈最终也选择回到丰缘去，陪伴在儿子身边。
为此，丰缘联盟特此将武斗镇岛屿周围的数个孤岛全部交给石田集团，并且给与巨大的福利政策。
于是，历时两年的时间，小勇再度坐上了返回丰缘地区的飞艇。
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