朱由检接到孙传庭的奏折后，很快召开了阁部会议。
第一是调兵的问题。
第二是筹钱筹粮的问题。
第二是三支水师的指挥问题。
孙承宗典型的重陆轻海重内轻外，他始终无法理解，朱由检为什么对一个荒芜偏僻的孤岛，报有如此之高的兴趣。
他说道:"东江军牵制着建州的大后方，离福建两三千里，长途奔袭，不熟悉海况，给养困难。"
毕自肃说的还是钱粮不支的问题，辽东的巨额军费，灾荒带来的税赋流失，使得年年出现财政赤字，调动东江军和登莱军南下攻打东番岛，至少需要一百七十万两银子，二十万石粮食。
朱由检说道:"东南是国家财赋的大头，解决了郑芝龙的问题，每年至少可以带七百万两至九百万两的收入，这是一件一本万利的事。"
杨嗣昌问:"那么由谁来统一指挥三支水师呢？"
不论是荷兰舰队，还是西班牙舰队，都是当时世界上最强悍的海上军事力量，以明朝水师的实力，不论是海上遭遇战，还是登岛作战，都明显不敌对手。明朝唯一能倚仗的就是主场优势，围而不打，以逸待劳，靠源源不断的补给供应拖垮对手。
在东蕃岛北部，西班牙殖民者修筑了鸡笼城和淡水城，共有兵力二千人，大型战舰五艘，武装商船三十艘，船上装有远程火炮，射程七百米。
在东蕃岛西南部，荷兰殖民者修筑了大员城和赤嵌城，大型战舰九艘，武装商船四十艘，总兵力三千五百人，武器装备比西班牙更先进。
朱由检道:"整个战役由袁可立协同孙传庭统一指挥，从东江镇抽调五千精锐，一百只战船，由毛文龙带领，从登莱镇抽调一万精锐，由袁可立带领，与福建水师提督余咨皋在澎湖会合之后，封锁东藩海峡，实施为期三个月至半年的联合军事演习，一面练兵，一面围困东藩岛，逼迫荷兰人、西班牙人要么选择出战，要么选择投降。
兵部、户部、工部协同，筹集军械、船支、军费、粮食，确保后勤供应。"
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