此时的御坂美琴那边确实是遭遇到了前所未有的大危机。和林顿分开之后，她自然是继续跟着御坂妹妹，准备跟着她回研究所，找到这个克隆计划的幕后黑手。然而一直跟到晚上，御坂美琴才知道对方根本没有回研究所的打算。
御坂妹妹表示自己要去参加实验，至于是什么试验，这是秘密事项。这样一来跟着她好像也没什么用，毕竟御坂美琴要找的是幕后黑手，但是对方不准备回去。于是御坂美琴准备回去先用电脑查查资料，最好能找到什么目标，直接去找这个邪恶科学家本人。
之前御坂美琴就已经委托她的朋友初春饰利开始尝试破解御坂妹妹报出的那些密码了，经过一番努力，御坂美琴终于收到了破解后的信息。信息指向了一份文件，被称为“绝对能力者进化计划”的文件。
通过手持PDA，御坂美琴看到了这份计划的情况，然而稍微的读了一下，御坂美琴冷汗直流。这份计划远远的超出她的想象范围，原本以为对方制造自己的克隆人是为了替代自己或者别的什么奇怪的目的，然而事实情况是，这些克隆人御坂，都只是这份计划中的“实验动物”。
绝对能力者进化计划是一份针对现在学园都市中LEVEL5排名第一的叫做一方通行的人所以特别制定的计划，目的是为了让他突破LEVEL5的限制，成为绝对能力者LEVEL6，甚至突破人类的限制。
为了达到这个目的，人工智能树形图设计者计算的结果，需要在不同的场合击杀排名第三的LEVEL5，也就是她自己御坂美琴共计128次。然而这显然是不可能做到的，人被杀就会死，一次就没命了，当然不可能进行128次。
所以克隆人试验孕育而生，然而问题是制造出来的克隆人御坂妹妹并没有LEVEL5的水平，大部分都是LEVEL2-LEVEL3之间而已，所以经过树形图设计者再次计算，大概需要重复2万次才有可能完成这个试验。也就是说，目前的情况就是，学院制作了2万个御坂美琴的克隆人，然后准备把她们都交给这个叫做一方通行的人杀死，让对方进化。
看完这份资料，御坂美琴气得浑身发抖，大热天的全身冷汗手脚冰凉。这个世界还能不能好了，到底要怎么活着学院的高层才能才满意，眼泪不争气的流了下来。
“这是什么东西，怎么会有这种胡扯的计划。”御坂美琴一边说着，一边却开始担心刚刚分开不久的御坂妹妹了，虽然知道对方是克隆人，虽然才认识一天，但是御坂妹妹确实在御坂美琴的心中留下了一些痕迹，先不说对方到底是不是自己的妹妹，这计划本来要试验的对象是自己，因为不行才换成了克隆人，也就是说这些克隆人就是代替自己去死的，光是这点，御坂美琴就不能坐视不理，她绝对不是那样的人。
正好此时她往下拉的时候，看到了这次的试验，也就是9982号试验的报告，时间就是今天，晚上九点，地点的坐标也写在上面。御坂美琴看了看时间，现在刚过九点没多久，也就是说实验已经开始了。
“去……看看吧。”御坂美琴甚至还有些希望是自己搞错了，毕竟学园都市的表面看上去如此的美好，怎么可能会有这种黑暗的试验能够进行，真的没人管他们吗？但是无论如何，她必须去现场看看情况。
确实实验地点也不远，她稍微的拐过几个弯就来到了实验标注的地点坐标，是一个黑暗的小巷，没什么人来的地方。然而很明显小巷里没什么人，既没有看到御坂妹妹，也没有什么一方通行。
“果然是……”就在御坂美琴觉得自己是不是弄错信息，找到了一份假的实验报告的时候，突然看到了地上的一个东西。之前以为是有人随便扔的垃圾，但是仔细一看，这东西很眼熟。是的这就是御坂妹妹头上戴着的那个像是VR眼镜一般的东西，实际上是观测电磁的护目镜，因为御坂妹妹的能力不足，没办法像是她一般直接观测电波，于是靠着这个东西来辅助，而现在这个东西已经被打坏，破碎的撒在地上。
“怎么会……”御坂美琴直接心里一惊，很明显御坂妹妹来过这里，而看地上破碎的护目镜，难道说那个实验是……
“砰”的一声巨响，就在此时，旁边稍远一点的地方突然传来一声爆炸，而听到这个声音，御坂美琴马上紧张起来。也没考虑多久，御坂美琴直接朝着爆炸发生的地点冲了过去。
这里是一个好像火车中转站的地方，里面停放着不少的火车车厢，还有火车头，旁边还有一些卸下来的集装箱之类的。御坂美琴快速的在这些集装箱中穿梭，想要找到御坂妹妹，顺着不断传来的声响一路冲过去，很快的，她看到人了。
然而出现她前面的却是一副地狱般的场景，就在她刚到的时候，一个白发少年手里举着一个巨大的火车头，直接砸在了地上，火车头下方，一摊巨大的血液流出，而就在旁边，御坂美琴看到了一直脚，这是御坂妹妹的脚，她一眼就能认出来，好像活生生的被撕下来的一般，那很明显，之前看到的压在火车头下面的那个人影就是……
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