三年之后，元朝朝廷再次起用刘伯温，任命他担任浙东元帅府的都事，此后还将他提拔为行省都事。刘基的“都事”官职是从七品，没有什么具体的职务，相当于如今省级机关的处级调研员。然而，刘基并不是一个会虚度年华的人。作为元帅府都事包括行省都事，他毕竟还得要面对实实在在的政务。很快，他就遇上了一个棘手的大问题——招安之事。
在招安山寇吴（成）七的过程中，刘基展现出了卓越的智慧和谋略。他对吴成落草为寇的原因进行了仔细分析，深知吴成为匪，实是事出有因，完全是因为地方上治理不力，一些“政策失误”所致。吴成本质上并非穷凶极恶之人，他对抗朝廷，也是出于无奈。只因力量悬殊，他也深恐最后自己所带领的那几百父老乡亲与自己都要走上不归路。
刘基明白，想要招安吴成，不能仅仅靠武力，更要晓之以理，动之以情。于是，他亲自前往吴成的山寨，与吴成面对面交谈。在交谈中，刘基言辞恳切，向吴成分析当前局势，指出继续为匪只会让自己和乡亲们陷入万劫不复之地，只有接受招安，才能过上安稳的日子。刘基还作出担保，承诺朝廷一定会善待他们。在刘基的真诚劝说下，吴成终于被打动，率众下山，重新成为了顺民。刘基也因在此次招安中立有大功，得到了朝廷的嘉奖，在两年之内官职连升四级，成了从五品。
然而，刘基的麻烦并没有结束。不久之后，他又遇上了老问题——关于招安方国珍的事情。在刘伯温主管的地方，方国珍是一个臭名昭着的叛乱势力头子。方国珍以贩盐起家，趁着元末大乱，率领着一帮人马，到处烧杀抢掠、割据一方。他心狠手辣，手段残忍，给当地百姓带来了沉重的灾难。而且，此人极其狡猾，是个黑白通吃的人精。他在占山为王的同时，利用手中的财富买通了元朝政府的各种关系，在朝廷和江湖之间混得左右逢源。
在元末，许多土匪武装虽然打着义军的旗帜，实则都在为自己留着后路，等于是又在想着让大元朝廷招安自己，自己还能做做朝廷命官，方国珍、张士诚就是两个典型人物。当时的元朝政府非常黑暗，许多朝廷官员都收受过方国珍的贿赂，因此他们都认为对于方国珍应该予以安抚和招安。手握重兵的左丞相帖木耳也认为，对待南方的起义，应该剿抚并用，如此既能瓦解义军，又能集中兵力对付少数几股真正坚决反元的义军。
但刘伯温却坚决不同意这种做法。在他眼中，方国珍这种匪徒，对朝廷是一大祸害，对地方上的老百姓来说，更是罪大恶极。方国珍的所作所为，严重破坏了社会的稳定和安宁，使得百姓生活在水深火热之中。他认为，像方国珍这样的人，完全就是社会的毒瘤，迟早都是必须割去的。早点除去，还能真正安抚一方民心，使得朝廷所辖之地逐渐一片一片地恢复安定，才能免于反复暴乱滋生。反过来，朝廷才有可能重树形象，重得人心。当然，有些话是不能明说的，所以，他只是坚持向上报告道：“对于像方国珍这样的首恶，必须要严剿，坚决镇压！否则，天下永无宁日！”
然而，方国珍得知朝廷有意招安他们后，便开始四处活动。他凭借着自己的财富和江湖势力，主动到各级官府去行贿，甚至还派人去给刘伯温送礼，劝说刘伯温高抬贵手放自己一马。方国珍的使者带着丰厚的礼物来到刘基家中，对刘基百般奉承，承诺只要刘基同意招安，就会给予他巨大的好处。但刘基不为所动，他义正言辞地拒绝了使者，并严厉斥责了方国珍的所作所为。刘基的意见一路报到了中央，他坚决要求朝廷对方国珍加以镇压。
然而，方国珍疏通关系的本事的确很大。随着刘伯温的镇压意见上报，他的贿赂也一路走到了中央，在京城四处送礼拉关系。那些收受贿赂的官员纷纷为方国珍说话，在朝廷上为他美言。最终，京城的高官做出了决定：招安方国珍，同时斥责刘伯温多事，坚决压制方国珍的意见会伤了朝廷的德行，破坏朝廷形象。这其中，与帖木耳所执行的战略思想不无关系，事实上真正能决定招安方国珍他们的，就是帖木耳。
这回，刘伯温算是失算了，并没有摸准命脉！于是，刘伯温被罢官了，而且还被羁管（软禁）到绍兴，不得离开此地，也不能做任何事情。从此，刘基的人生陷入了低谷，他的理想和抱负被现实无情地击碎，但他心中的那份信念，却依然在黑暗中闪烁着微弱的光芒，等待着再次绽放的那一天。
寒夜的绍兴城笼罩在浓稠如墨的夜色里，萧瑟秋风裹挟着细雨敲打着刘伯温幽居的宅院。被罢官羁管的他独坐案前，烛火在穿堂风中摇曳不定，映得满纸弹劾奏章上的朱批红得刺目。朝廷颠倒黑白的裁决如重锤般砸在心头，他猛然抓起案上茶盏，狠狠摔在青砖地上，瓷片迸裂的脆响惊飞了檐下栖鸟。
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