另一位研究员补充道:“而且,你的模型引入了很多新的参数,这些参数如何从第一性原理或者现有数据库中确定?如果最终还是要靠拟合,那和我们现在的方法有什么区别?”
面对这些尖锐而具体的问题,张诚感到了真正的挑战。他的理论框架在数学上是自洽的,但在与具体生物物理现实的对接上,确实存在鸿沟。他无法立刻回答所有参数确定的问题,这需要更深入的、针对性的研究。
会议一度陷入僵局。陈静宜教授没有说话,只是静静观察着张诚的反应。
张诚深吸一口气,没有试图强行辩解理论的完美性,而是坦诚道:“各位老师提的问题非常关键,一针见血。我承认,目前这只是一个理论雏形,在具体参数化和计算实现上确实存在困难。但我仍然认为,这个方向可能值得尝试。它或许能提供一个不同于现有思路的视角,帮助我们理解哪些物理量是折叠过程中真正重要的‘序参量’。”
他话锋一转,提出了一个折中方案:“或许,我们可以不追求立刻构建一个完整的新模型,而是先用这个框架,重新审视你们已有的失败案例数据?看看能否从中找到一些被忽略的、但符合新理论预测的关联性或标度行为?这至少可以作为一种理论验证,或者提供新的分析思路。”
这个务实的提议,让会议室的气氛缓和了一些。陈教授终于开口:“张诚同学的这个建议可以考虑。科学研究本身就包含试错和探索。既然传统的路径走不通,尝试一个新的、哪怕不成熟的理论视角,也未尝不可。我们可以提供几个典型的失败案例数据集,由张同学尝试用他的新框架进行分析,看看能有什么发现。”
这相当于一个“试用期”任务。张诚知道,这是他用实际分析能力证明自己价值的关键机会。
接下来的几天,他全力投入到对那几个特定蛋白质折叠案例的数据分析中。他摒弃了构建完整模型的念头,专注于运用新理论框架的核心思想,去挖掘数据中可能存在的新模式。他将复杂的轨迹数据转换成各种物理量的时间序列,寻找可能的标度关系、关联函数和突变特征。
这是一个极其枯燥且需要高度耐心和数学直觉的过程。连续数日,他几乎不眠不休,与海量的数据搏斗。
终于,在分析第三个案例时,他有了惊人的发现。通过一种特定的数据变换和关联分析,他发现在折叠早期某个关键节点附近,肽链的某些特定运动模式与溶剂可及表面积的变化,呈现出一种高度非线性的协同行为,而这种行为,恰好可以用他理论框架中某个简化版本的方程进行很好的拟合,并且其拟合参数在不同的类似折叠案例中表现出令人惊讶的一致性!
他立刻将这一发现整理成报告,连同详细的数据分析图表,发给了陈静宜教授。
这一次,回复来得很快。陈教授直接打来了电话,声音中带着难以掩饰的激动:“张诚!你的分析结果……我们重复验证了,是正确的!我们之前完全忽略了这种协同效应!这很可能就是导致我们模型在预测该节点时总是失败的关键!你这个理论框架,至少在这个局部问题上,指出了一个我们从未意识到的物理机制!”
尽管距离解决整个蛋白质折叠难题还非常遥远,但张诚凭借其独特的理论视角和强大的数据分析能力,成功地为项目组指出了一个可能导致突破的具体方向,解决了一个困扰他们许久的局部理论疑点。
项目组决定立即沿着这个新发现深入探索,并邀请张诚继续深度参与后续的研究。在计划发表的、关于该特定折叠节点新物理机制发现的论文提纲中,张诚的名字被列入了作者名单。
【成功介入并解决“蛋白质折叠早期动力学建模”项目核心理论难点,任务进度(3/5)。阶段性贡献评定中……】
放下电话,张诚长长舒了一口气,感到一种混合着疲惫与兴奋的复杂情绪。生物物理领域的这次挑战,远比前两次更加艰难,但也让他收获了一种全新的、处理极端复杂系统问题的经验。
任务的进度条已过半,但他知道,剩下的挑战,或许会更加严峻。他的跨界之旅,才刚刚进入深水区。
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