武少接任大理寺首席推官后，心中深知玄甲组织盘根错节，十年经营，其残余势力如同附骨之疽，遍布朝廷、军中、市井各个角落，若不彻底肃清，稍有松懈便可能死灰复燃，危及长安安宁与天下太平。因此，他刚处理完玄甲核心成员的审理，便立刻联合魏元忠、秦峰等人，制定了周密的清查计划，一场针对玄甲余孽的雷霆行动，就此展开。
清查的第一站，便是朝廷内部。根据玄甲的核心卷宗与被俘成员的供词，武少整理出一份详细的涉案官员名单，涉及吏部、兵部、礼部、户部等多个重要部门，上至正三品侍郎，下至九品小吏，共计五十余人。这份名单一经列出，便在朝堂上引起了不小的震动，不少官员暗自心惊，生怕自己被牵连其中。
清查过程远比想象中艰难。部分涉案官员背后有李唐宗室或武氏贵族撑腰，仗着靠山强硬，不仅拒不认罪，还试图干预清查工作。吏部侍郎张谦便是其中之一。他是裴寂的亲信，在玄甲政变中负责散布谣言、煽动百官，罪行严重。他的妻子是李唐宗室广陵王的女儿，仗着这层关系，张谦不仅拒绝配合调查，还让广陵王亲自出面，向武少施压。
“武少大人，张侍郎乃我李氏宗室姻亲，素来忠心耿耿，怎可能与玄甲逆党勾结？想必是有奸人诬陷，还请大人三思，不要轻信谗言，寒了宗室之心。”广陵王在大理寺门前拦下武少，语气带着威胁，周围还跟着几名宗室成员，神色不善。
武少神色平静，对着广陵王躬身行礼：“王爷，国法面前，人人平等，无论身份高低、背景深浅，只要涉案，便需接受调查。张侍郎是否清白，自有证据说话，若王爷执意干预司法，便是藐视国法，还请王爷三思。”
广陵王脸色一沉，怒道：“武少，你不过是个毛头小子，刚接任首席推官便如此嚣张，当真以为有天后撑腰便可为所欲为？”
“臣并非嚣张，只是秉持公正而已。”武少语气坚定，“若王爷不信，可随臣一同前往张侍郎府邸搜查，若查无实据，臣愿向王爷与张侍郎赔罪；若证据确凿，还请王爷不要阻拦。”
广陵王见武少态度坚决，又听闻要公开搜查，心中难免有些心虚，却仍硬着头皮答应：“好！我便随你一同前往，倒要看看你能找出什么证据！”
武少当即带领大理寺衙役与禁军士兵，前往张谦府邸。张谦得知消息，早已将部分密信与账本藏匿起来，自以为天衣无缝。然而，武少早已料到他会有此举动，提前让人暗中监视，摸清了他藏匿证据的地点。
进入府邸后，武少直奔书房，在书架后的暗格中，找到了一个紫檀木盒。打开木盒，里面果然存放着张谦与裴寂的往来密信，信中详细记录了两人策划散布谣言、煽动百官的计划，还有一本厚厚的贪污账本，记录着张谦利用职权为玄甲走私盐铁、收受贿赂的明细。
“张侍郎，这些证据，你还有何话可说？”武少将密信与账本放在张谦面前，目光锐利。
张谦脸色惨白，浑身颤抖，说不出一句话。广陵王看着眼前的证据，也哑口无言，只能愤愤地甩袖离去。最终，张谦被判处斩首之刑，其背后撑腰的广陵王也因干预司法、包庇罪臣，被武则天贬为庶民，流放黔州。
类似的阻力层出不穷。兵部郎中王策，负责为玄甲提供军事情报与兵器装备，罪行恶劣。他得知清查消息后，连夜将与玄甲的往来密信、兵器调配账本全部烧毁，以为这样就能销毁证据，逃脱罪责。
武少早有准备，提前派人监视王策的府邸。当晚，衙役便看到王策府中火光冲天，立刻回报。武少亲自带领人马赶到时，王策正指挥家丁将烧毁的灰烬倒入水井。“王策，你好大的胆子，竟敢销毁证据！”武少大喝一声，下令将王策拿下。
王策挣扎着喊道：“武少，你血口喷人！我只是烧毁一些无用的废纸，何来销毁证据之说？”
武少没有理会他的狡辩，让衙役将水井中的灰烬打捞上来，装入特制的容器中，送往柳清晏的实验室。柳清晏早已做好准备，取出特制的显影药水，小心翼翼地涂抹在灰烬残留的纸片上。这些药水能与纸张燃烧后残留的墨汁发生反应，让模糊的字迹重新显现。
经过一夜的努力，柳清晏成功从烧毁的灰烬中提取到了部分残留的字迹，与玄甲核心卷宗中的记录、被俘将领的供词相互印证，形成了完整的证据链，足以证明王策的罪行。最终，王策因罪行恶劣、态度顽抗，被判处凌迟处死。
除了朝廷官员，武少还联合秦峰，对军中的涉案人员展开清查。秦峰全力配合，在禁军与京畿驻军内部进行逐一排查，不放过任何一个疑点。军中的涉案人员大多是被玄甲策反的将领与士兵，他们有的为玄甲提供军事情报，有的在政变中意图发动内乱，严重威胁军中稳定。
清查过程中，一名禁军校尉试图煽动士兵哗变，阻止清查。秦峰当机立断，亲自带领亲卫营赶到，将其当场擒获。“你勾结玄甲逆党，意图谋反，证据确凿，还敢煽动士兵哗变，罪加一等！”秦峰手持虎头刀，眼神锐利，士兵们见状，纷纷放下兵器，不敢再轻举妄动。
在清查过程中，武少始终坚持“不放过一个坏人，不冤枉一个好人”的原则。对于那些被胁迫参与玄甲活动、罪行较轻、主动认罪的人，武少从轻发落，给予他们改过自新的机会；对于那些罪大恶极、顽固不化、试图反抗的核心成员，则严惩不贷，以儆效尤。
经过一个月的全面清查，玄甲的残余势力被彻底肃清。涉案的官员、将领、士兵与市井人员共计两百余人，全部被依法定罪，无一漏网。朝堂之上，奸佞被除，风气焕然一新，官员们各司其职，再也无人敢徇私枉法；军中之内，隐患被清，士气高涨，士兵们训练刻苦，成为守护长安的坚实屏障。
武则天在朝堂上公开表彰武少：“武少身为大理寺首席推官，公正执法，不畏强权，敢于碰硬，彻底肃清了玄甲余孽，为朝廷扫清了障碍，为百姓除去了祸害，功不可没！朕决定，赐武少绸缎千匹、黄金百两，加封为正三品银青光禄大夫！”
百官们纷纷向武少表示祝贺，称赞他是“狄公再世”，是朝廷的栋梁之臣。武少却并未骄傲自满，他深知，清算余孽只是第一步，想要实现天下太平、司法公正，还需要付出更多的努力。他躬身行礼：“谢天后恩典！此乃臣分内之事，今后，臣定当再接再厉，为朝廷效力，为百姓做主！”
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