在钟表匠云集的齿轮镇，时间是一种可以被触摸、被称量、甚至被买卖的商品。镇中心矗立着一座巨大的钟楼，它的指针每走一步，全镇的钟表便同步发出一声咔哒，像无数颗心脏在同一瞬间收缩。住在镇东老橡树街的三层公寓里，有个叫西奥的七岁男孩，他有一双琥珀色的眼睛，总对母亲说，他能听见时间流淌的声音，像沙子滑过玻璃壁那样细碎而冰冷。
西奥的母亲玛格丽特是镇图书馆的管理员，每天埋首于泛黄的书页间，对儿子奇特的想象不以为意。父亲在三年前因一场锅炉爆炸事故离世，留给西奥的遗物，除了一张模糊不清的照片，就只有一只手掌大小的沙漏玩具。那沙漏被装在褪色的丝绒盒里，支架是黄铜的，两个玻璃球之间由一根细颈连接，里面盛着金色的细沙。沙子不是普通的石英，而是某种会发光的微粒，在暗处能泛出极淡的暖黄光晕，像凝固的蜜糖。
“这是你爸爸小时候最爱的玩具，”玛格丽特把沙漏递给西奥时，声音里带着克制的哽咽，“他说，翻转它，就能看见时间开花。”
西奥当时并未理解母亲的话。他把沙漏放在床头，每晚睡前都要翻转一次，看金沙簌簌坠落，在下方玻璃球里堆成小小的沙丘。那过程有种诡异的催眠效果，他总是在沙子落尽的瞬间沉入梦乡，梦里全是金色的、柔软的、没有边界的虚空。他从未做过噩梦，这在齿轮镇是罕见的。镇上的其他孩子常被噩梦困扰，家长们会给他们佩戴护身符，或在床头洒圣水。只有西奥，凭借这只沙漏，夜夜安睡。
变化开始于某个周三的傍晚。那天西奥在阁楼翻找父亲的旧物，发现一本牛皮封面的笔记，里面画满了各种机械草图，还有一行行看不懂的公式。最后一页写着：“沙漏第77次翻转后，底部会出现黑沙。那是被蛀空的时间，别让沙子全变黑。”字迹潦草，像是匆忙中写就，墨迹里还沾着几粒金沙，摸上去沙沙作响。
西奥没太放在心上。他当晚依旧翻转沙漏，看金沙流淌。可当最后一粒沙子落定，他忽然感到一阵轻微的眩晕，像有什么东西从后脑勺被抽了出去。他下意识摸了摸脑袋，却什么也没少。母亲喊他吃晚饭，他应了一声，下楼时却停在楼梯拐角，想不起自己刚才在阁楼上做了什么。那种遗忘很微妙，不是一片空白，而是像照片被水晕开，轮廓还在，细节却溶化了。
第二天上学，班主任温斯顿先生提问：“西奥，上周三下午的绘画课，你画了什么？”西奥张着嘴，楞在原地。他记得绘画课的存在，记得自己坐在靠窗的位置，记得颜料的气味，可画纸上的内容却像被橡皮擦抹过，只剩一团朦胧的色块。同学们开始窃笑，温斯顿先生皱着眉让他坐下。西奥感到脸上发烫，那种被遗忘的空虚感像虫子在脑子里爬。
晚上回家，他再次翻转沙漏。这次他仔细盯着沙子，发现其中混杂了几粒极细的黑点，像金沙里混进了墨汁。黑点在流动中逐渐聚集，当所有沙子落尽时，玻璃球底部出现了薄薄一层黑沙，薄得几乎看不见。西奥想起父亲笔记上的警告，心跳骤然加快。他不敢再翻转沙漏，将它塞进抽屉深处，用旧衣服层层包裹。
可沙漏似乎有自己的意志。第二天清晨，西奥睁开眼，发现沙漏竟端端正正摆在床头，金色的沙子全部回到了上方玻璃球，底部的黑沙消失不见。他惊恐地坐起，想喊母亲，却发不出声音。他感到喉咙里像塞了团棉花，吞咽时发出沙沙的摩擦音。更诡异的是，他发现自己忘了如何系鞋带。那本该是肌肉记忆的动作，此刻却像从未学过。他坐在床边，盯着鞋带发呆了十分钟，直到玛格丽特进来帮他穿好。
玛格丽特以为儿子只是赖床，笑着揉了揉他的头发。西奥却笑不出来。他意识到，沙漏底部的黑沙并非真的消失，而是渗进了他的身体里。那些黑沙是“被蛀空的时间”，它们钻进他的关节、血管、神经，将某些特定时段的记忆连同能力一并啃食。周三下午绘画课的记忆，连同系鞋带的动作，都是黑沙的杰作。
他试图向母亲解释，可话到嘴边却组织不出逻辑。他越是努力描述，语言就越混乱。玛格丽特担忧地看着他，最终决定带他去看医生。齿轮镇的医生名叫奥托，是个胖乎乎的中年人，他听西奥颠三倒四地描述后，开了张“过度疲劳，需多休息”的诊断书，还给了几颗维生素糖丸。西奥握着糖丸，感到指尖传来细微的刺痛，像有沙子在皮肤下流动。
从医院回来的当晚，西奥做了个梦。梦里他站在巨大的沙漏内部，头顶是倾泻而下的金沙，脚下是不断上涨的黑沙。黑沙触及他脚踝时，他感到双腿一软，跪倒在地。沙子继续上涌，淹没他的膝盖、腰部、胸口。他看见黑沙里浮出无数细小的牙齿，像蚂蚁的颚，在啃食他的身体。他惊醒时，天还未亮，房间里却传来沙沙声。他扭头，看见沙漏正在床头自动翻转，金色的沙子正从上方缓缓流下，而底部的黑沙已经积攒了米粒厚的一层。
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