孙承宗在十三山难民救援与辽东防御支点选择上均倾向袁崇焕的主张。
八月回朝后向明熹宗夸赞袁崇焕“英发贴实，绰有担当，自愿为大将”，并计划对其加以历练栽培。
明熹宗随即召还王在晋，委任孙承宗为督师主持辽事；
与此同时，山石兵备道阎鸣泰升任辽东巡抚，袁崇焕接任山石兵备道，兼管宁前兵备道事务。
天启二年九月，孙承宗抵达山海关任职，安排袁崇焕负责修建营房与安插辽民于关外诸城堡等事务。
袁崇焕任上“内拊军民，外饬边备，劳绩大着”，但也暴露了用法专断的问题。
同年冬，辽东巡抚阎鸣泰令他检阅新兵、核实虚伍情况。
袁崇焕在守备莫大功营中斩杀两名私雇顶替者，事后却未向上报告。
孙承宗得知后严厉质问，指出其“未杀不以请，既杀不以闻，其有无激变帖服不以告”，袁崇焕最终只能顿首谢罪。
天启三年二月二十七日，孙承宗率领文武官员出巡关外，十九日抵达宁远。
孙承宗虽认可宁远的战略重要性，却未明确表态将其作为防御支点；
接替阎鸣泰出任辽东巡抚的张凤翼主张守山海关，山海关总兵马世龙则主张守中后所。
恰逢茅元仪被孙承宗召至觉华岛负责防守，袁崇焕希望茅元仪能劝说孙承宗确定宁远为防御支点。
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