在骑士维克特利斩杀宙达时影堕将其救下，放进了黑暗永恒帝国，宙达一开始不服气，被揍了一顿之后就老实了，影堕将宙达的气息伪造成死亡，不然艾克斯的剧情过不下去。
艾克斯宇宙，15年前外太空一个紫色的圆球和一个红色的圆球碰撞，红色的圆球将紫色的圆球扔进了太阳里，红色的圆球被太阳的热量波及。地球上原本黑的夜晚出现了紫色的极光，众多的怪兽纷纷苏醒在各地大肆破坏，众人把这个现象名为太阳超级耀斑，为了对抗不断出现的怪兽和外星人世界各国建了一支特殊防卫部门，那就是「吉奥」，别名：所有防卫队中的T0存在。
一处空地内一群白大褂的工作人员在这里进行了实验，一名身穿黑红色制服左胸处有一个X图标的男子带着如同耳机的设备闭眼倾听，这位就是还有一个多小时就会与艾克斯融合的大空大地。
旁边走过来的一男一女，女生名叫琉依，男生名叫三日月守，三人开始了实验正是虚拟怪兽实体化实验，大地将虚拟哥莫拉卡片放进了终端里，虚拟哥莫拉蓝色的数据形态出现到达67%后重新变回了数据，琉依和三日月守在那唉声叹气的对大地说着。
大地拿着哥莫拉想起了自己的小时候，自己的父亲将哥莫拉托付给了自己，然后跑进研究所内寻找自己的母亲，但在自己父亲进去的不大会研究所就化成了一道数据消失了，大地无助的喊着爸爸，大地带上自己妈妈给的耳机听到了一些声音，正是外太空的红球和紫球对碰的画面，最后红球将紫球打进了太阳，红球化作成了一位巨人，巨人变成了一道数据消失了。
时间拉回现在，大地被不知道哪儿来的融合声唤醒，手中的哥莫拉人偶开始了震动，大地拿起了终端将哥莫拉人偶按了上去启动了怪兽辞海，怪兽辞海解析完毕给了六个大字，威胁、不安、警戒，大地又听到了谁在说融合。
一处小溪旁一群男女在这里，像是在野营，两女两男在小溪里玩耍，一名少女突然感觉小溪的水很烫，四人从小溪里跑了出来，小溪的水开始沸腾，两名少女抚摸着对方发烫的腿，红衣男子伸手触碰水被水烫的缩了回来。
远方闪烁着众多的闪电，吉奥总部内明日奈也就是艾克斯的女主在练功室内单挑着三名壮汉，明日奈江三名壮汉打倒在地后，被突如其来的二级警戒唤走，明日奈、隼人、阿渡来到了总部，通讯员千明、阿建告知了在S2-4区，神木队长让阿渡和隼人立刻行动，在空中追踪热源。
明日奈驾驶着车子呼喊着大地，明日奈有些不耐烦的说了一声：这种紧要关头，你在做什么啊。大地的声音响起：明日奈快刹车。明日奈连忙刹车车子前方炸出了一大片火花，明日奈打开车子看着面前的浓烟，大地跑了过来：明日奈，你没事吧。明日奈：叫我明日奈队员，刚刚那是什么啊。大地：哥莫拉刚刚告诉我说这里有异常。
大地刚说完就发生了震动，二人的上方的一处山丘熔铁怪兽迪玛迦钻了出来，隼人和阿渡驾驶着空战马斯凯迪射出了梵顿光子炮打在迪马迦的身上效果甚微。
迪玛加缓缓走到了S2-7梅泽市，城市中的市民纷纷在马路上奔跑着，迪马加撞碎了1栋大楼，走到了十字路口中间，迪玛加射出了火焰摧毁这城市，空战马斯凯迪被迪玛加的一发火焰命中，冷却风扇停止了运转，橘小百合让隼人和阿渡暂时撤离。
大地和明日奈跑在马路上，在倒塌的城市中穿梭大地发现哥莫拉人偶不见了，大地挣脱了明日奈抓着自己肩膀的手看到了废墟中躺着的哥莫拉人偶，大地跑了过去将哥莫拉人偶捡起。
大地转头时发现迪马加正盯着自己，大地的终端一直响着融合二字，迪玛加一发熔岩射线打向了大地，大地的终端变成了金色，终端前方出现一个X的标志，明日奈的面前出现了发光的巨人，这个巨人的胸口是一个X的彩色计时器，耳朵如同戴着耳机，被网上的众人称为耳机宝宝，正是艾克斯奥特曼。
大地的身影出现在了艾克斯的体内，大地睁开眼低头向下看时发现特别高，大地有强烈的恐高症，大地操控着艾克斯的身体缓缓蹲下，迪玛加来到了艾克斯的面前，艾克斯伸出左手挡在身前，迪玛加一口咬在了艾克斯的手上，艾克斯被打翻在一旁起身抱住迪玛加的脑袋，又被迪玛加打到一边，迪玛加一发熔岩射线打翻了艾克斯，艾克斯撞翻了一个大楼。
明日奈还在呼喊着大地，明日奈的喊声引起了迪玛加的注意，迪玛加一发熔岩射线打向了明日奈，大地操控着艾克斯的身体，硬生生挡住了那发熔岩射线，艾克斯趴在地上与明日奈对视，大地缓缓站起身，拿着艾克斯终端眼神变着坚定：虽然不明白，这到底是怎么回事，但我会尽力的。
艾克斯缓缓站起胸口的x计时器闪烁出了一抹黄光之后又变回了蓝色，艾克斯冲向了迪玛加一脚命中了迪玛迦的胸口，艾克斯抱住迪马加的脑袋，一拳命中了他背后的鳍，经过了一番肉搏，远处的人民再给艾克斯加油，艾克斯贝迪马加一尾巴打倒在地胸口的计时器闪烁红光，隼人和阿渡重启了冷却风扇，空战马斯凯迪再次射出了梵顿光子炮命中了迪玛加，艾克斯一发扎纳蒂姆光线将迪马加打回了火花人偶。
艾克斯解除了变身，变回了大地，大地捡起了地上的迪马加人偶，大地和艾克斯在那废话，明日奈在废墟中呼喊着大地，隼人和阿渡赶了过来，大地从远处跑了过来大喊着，大地向总部汇报了那名巨人名叫艾克斯。
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