1250年格罗斯泰斯斯特大主教参加了里昂大公议会，当时主持会议的是教皇英诺森四世，这位教皇同样不在罗马。
当时的神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世并不尊重教会，这可能和他的童年有关，他的父亲亨利六世因为感染疟疾忽然去世，还是个孩子的腓特烈二世和他的母亲在被托孤大臣赶出了皇宫。
她设法让自己的儿子加冕为西西里国王，并且舍弃了德国的王位，然后在丈夫死去一年后，他的母亲也去世了，她在去世前请求教皇英诺森三世对年轻的国王进行监护和教养。但实际上英诺森三世并没有那么做，年幼的皇帝几乎是在歧视和虐待中长大的，他虽然戴着王冠，其实却是个囚徒，没有人关心他，有时连吃饭都成问题。
他几乎和流浪儿无异，事实上在市井中他还能混口饱饭吃。他变得只相信自己、老于世故、见多识广，对马夫平等得交谈，却厌恶教廷派来教育他的教会人士，并且一直认为他们是教皇派来监视他的。到了15岁那年，教皇英诺森三世为他安排了婚事，娶比他大10岁的阿拉贡公主。
考虑到他15岁的年龄，即便大10岁，阿拉贡公主也仍然处于妙龄，在婚后不久就前往罗马，在复活节前夕，监护者与被监护人见了此生中唯一一次。
由于当时神圣罗马帝国皇帝奥托四世并不受教会控制，英诺森三世决定扶持腓特烈二世成为皇帝。不过在此前腓特烈需要签一份合约，即黄金训令，神圣罗马帝国与西西里王权分离，即成为神圣罗马帝国皇帝将放弃西西里王权，成为西西里国王，将放弃成为神圣罗马帝国皇帝，并且承诺进行第五次十字军东征，教皇满意得认为他控制住了15岁的腓特烈二世。
从教士到教皇是一个漫长的过程，通常被选举成教皇的人年纪都不小了，等英诺森三世一死，他的继任者是个优柔寡断的人，他使得腓特烈二世不仅成为德意志皇帝，而且还将西西里作为他的“根据地”，甚至于后来皇帝把教皇国给包围了起来。
1227年格里高利九世成为教皇，他立刻命令腓特烈二世立即率兵东征，腓特烈二世听命去了，却很快折返，说是他的军队遇到了瘟疫。格里高利九世并不相信，以处以绝罚为威胁，腓特烈二世只能再次出兵耶路撒冷。
这一次东征是历史上绝无仅有的，他尽量避免任何战场上的交锋，通过谈判兵不血刃得进入耶路撒冷，同时与耶路撒冷原国王的女儿结婚，自己成了新的国王。
格列高利九世谴责他与异教徒签订契约，并派兵攻打西西里，接着腓特烈二世就带着几乎没有战损的十字军回意大利击溃了教皇的军队，将教廷从罗马赶了出去。继任教皇们依旧觉得自己可以左右皇帝继承权，甚至煽动腓特烈二世的儿子反对他。
反正到了1250年他们还驻在里昂，并在法国国王的支持下于1244年召开了大公会议，会上对腓特烈二世处以绝罚，也就是开除教籍。
开除教籍意味着这个人不再受教会保护，任何人都可以攻击他、夺走他的财产，并且这是值得称道的。
这一切直到1250年腓特烈二世去世才结束，英诺森四世则在1251年回到意大利。
除了格洛克斯泰斯特大主教在会上陈述“牧灵”的问题，路易九世还曾在会上宣布又要进行新的十字军东征，不过这时“异教徒”已经不是他们的心腹大患了，因为蒙古人来了，在1241年他们已经入侵匈牙利，劫掠波兰，并且转战奥地利，欧洲已经陷入一片恐慌之中。
1241年时，因为蒙古大汗窝阔台去世，为了汗位继承问题1242年蒙古人撤军了。而路易九世也在英诺森四世的支持下发动了1249年发动了第七次十字军东征，登陆埃及，但在亚历山大港遭到惨败，本人亦被俘虏，被法国用重金将其赎回。
他后来被称为圣路易是因为他搬空了法国的国库，从东罗马帝国手中买了圣物荆棘王冠，陈放在巴黎圣母院里。虽然陆续经历了多次战火和法国大革命，它依旧流传于世。
腓力四世和卜尼法斯八世都很缺钱，不同的是腓力四世需要钱来扩张王室领地，镇压顽强抵抗的诸侯，而卜尼法斯八世则通过黄金购买罗马周边的土地，试图建立加塔尼王朝。
十字军东征时教士有一个特权，可以不用交税，而腓力四世则主张向教士征税，教皇就说这是违反团结和东征原则的。
腓力四世与纳瓦拉的胡安娜一起长大，在胡安娜11岁、腓力四世15岁时结婚，因为纳瓦拉是香槟的世袭领主，于是腓力四世通过这桩婚事获得了香槟的统治权。
卜尼法斯八世购买的土地也是有主人的，科隆纳家族的继承权因此受到侵害，更何况教皇买地的黄金是教会的公款，于是有科隆纳家族的年轻人抢劫了装载了黄金，印有教皇牧徽章的马车。
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