历史中多认为，忍术思想的根源来自中国殷周之际的姜太公吕望。是他首先提出了忍术概念，并写在了传世名著《六韬》之中。后来，孙武、张良、韩信等相继对忍术理论进行了完善。特别是孙武的《孙子兵法》倍受忍者阶级推崇此时忍术也基本形成了由权谋、形成、阴阳、技巧等几部分构成的雏形。随着忍术传到日本，忍者也就在日本出现并发展起来。
日本人则认为忍术的理论基础是由中国传来日]本的孙子兵法演化而来的，之后再加上修练道和山中的伏击战技巧发展而成的，就是所谓的“风、林、火、山”四字真言。在平安时代时武士阶级兴起之后大力吸取了山伏击战的兵法加以发展。到了源平时代，源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，到此为止，忍术跟武术才分开成不同的系统正式独立出来。
历史上大名鼎鼎的服部半藏正成就是中国人，他姓秦，秦氏家族是公元三世纪末四世纪初时从中国吴国（日本和服的传统称呼是“吴服”，正是取自秦氏家族出身的吴国）渡海定居日本的，之后就改了个日本姓服部。服部半藏投效德川家康，后来移居江户。传说中这位忍者最终悟出了忍的真谛，这是多少代忍者所不曾有过的，至今日本人提起他来还是交口称赞“鬼半藏”的传奇。
在早些时候，忍者本就是用于军队化战争的，到了后来，经历了德川幕府和平时代后，忍者便经常被大人物供养，用于他们的驱使，完成一些刺杀任务。因为忍着最突出的便是行动如风，神出鬼没，正是刺客的不二人选。
忍者的标准服装是一身深色的夜行服，上身有时还穿一个紧身背心，背心上有许多大大小小的口袋，用来装药（刀伤药、消炎止痛药以及毒药等）、小刀、绳子、链子、“手里剑”还有干粮等。
忍者通常在新月或阴天夜晚潜入敌方城楼与宅邸，如果总是全身黑色装束，轮廓反而会更显突出，因此，经常的基本装束颜色是深蓝。碰到月明星稀的夜晚，便换成灰色或是茶色装束。有时候外面是灰色，里面是茶色，万一遭遇敌方追击，可以在途中将装束反穿过来，利用颜色错觉逃脱险境。另外，深蓝色可以防治毒蛇、蚊子等虫子侵袭，这是用含有铁分的天然染料染成的布料。至于内裤，当然是日本传统的兜裆布（一条细长白布）。只是，忍者的束法同一般人不同，长度也比较长。他们将兜裆布从脖子缠到胯下，最后绑在腰际。如此，可以随时从脖子后抽出兜裆布，当做绷带或绳子应急。上衣里头有许多口袋，放一些不能淋湿的火丶药、缝衣针、救急药（包括安眠药、毒药）等；腰带里头则放一些日用杂物。手套与绑腿，通常藏着一些暗器。
忍服的装束都是以不显眼的方式存在的：例如把头巾当作腰带缠绕在腰间，并且把忍服作为不会引起人们怀疑的耕田农服穿着罢了。然而，一但接受到隐密的任务，就可以很快速和轻易的将自己伪装起来，这时腰带解下后就变成了蒙面的头巾，衣服内的口袋可以迅速携带出发所需的粮食，暗器，药物。
从此可以看来，忍者们平常的生活也处处充满了执行任务的准备。这点在武器和服装上都得到了体现。
在古代，为了蒙混国境关卡守关人员的审问，忍者在旅途中，有时是农夫打扮。因此，忍者暗器，有些是改造自农具、日常必需用品、园丁道具等。这些武器，大多是自己发明铸造，只有自己深知其用法，因而在旁人眼里看来，跟一般日用品没什么分别。这也是很多忍者武器失传的主要原因之一。
忍着在日本历史上最辉煌的时刻当属战国时代了。
忍术在日本战国时代盛行一时是因为其极强的实用性。忍术是古代日本忍者所掌握的整套完善的间谍情报技术体系，包括有：追踪、侦察、谍报、保镖、暗杀等多方面的内容。忍者技艺超人，擅长使用剑、钩等各种兵器与飞镖等暗器；他们能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响；在水中屏息可长达五分钟，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他们善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……这种种的超人技能是通过非人的磨练才能习得的。
忍术和其他武术流派强调体质训练不同，它尤其强调精神上的修炼，并将其整个的训练体系，建立在超乎想象的精神修炼基础上。因为忍者所执行的大多是一去不回的高风险性任务，独自一人在敌人的巢穴中完成任务要克服对死亡、孤独、黑暗乃至于饥饿、寒冷、伤病等诸多困难，所以拥有强大的精神力量，是忍术之所以无坚不摧的真正原因。
作为一名忍者家族的后代，一经降生就必须接受残酷的命运现实——或者成为忍者，或者死。忍者从很小的时候起，就被灌输以对主人绝对忠诚的思想：除了自己的主人，任何人命令都不会听哪怕是日本天皇也不行。通过从小开始这种精神洗脑而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂热，更加无所畏惧。不过忍者也不是像邪教徒一样的僵尸般的战士，它有着一套切实可行的强大精神力量的训练方法。这种技术才是忍术的秘中之秘，它就是东密的修行。东密和中国的藏密，印度的杂密一样，是佛教中密宗的一个支派，而且东密对于人体念力的开发，向来有着自己独特的传承，在密教界一直以显著快捷著称，忍者通过通过东密秘法的修习，锤炼自己的意志，精神变得无比纯粹和坚韧，体内的潜能将得到最大限度的开发。可以完全除去心灵的迷惑和恐惧，全神贯注的投入战斗。此外密宗认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人和一的境界，这和忍者追求的极限体术不谋而合。密宗视大日如来为万物之主，极力推崇传承、真言和密咒。
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