崇祯帝急于求治，刘宗周却说先治心，崇祯帝要求才望之士，刘宗周却说操守第一；崇祯帝访问退敌弭寇之术，刘宗周却说仁义为本。故崇祯说他“愎拗偏迂”，又一次将他革了职。这一年刘宗周六十五岁，这是他第三次被革职。他在《与祁世培书》中说：“抱头南下，便无面目见江东父老啊。”
时间到了1644年5月，福王朱由崧在南京即位，史称“南明”。诏起复刘宗周左都御史原官。无语，无语了哇！这南明焉有不亡吗？
福王政权不仅于内政外交上没有任何作为，反而继承了崇祯朝的所有弊端：党争，苛敛，苟且偷安，等等。刘宗周实在是看不下去了，又一次挺身而出，上疏献计，一曰据形势以规进取，一曰重藩屏以资弹压，一曰慎爵赏以肃军情，一曰核旧官以立臣纪，一日三曰是常态，四曰、五曰才是正题。后然干脆又上疏请诛内外不职诸臣，于是他成为众矢之的，受到排挤。
刘宗周对崇祯亡国的原因进行了分析，认为“先帝无亡国之征，而政之弊有四：一曰治术坏于刑名，二曰人才消于党论，三曰武功丧于文法，四曰民命促于贿赂，所谓四亡征也。”他希望福王政权能改弦易辙，吸取教训，但这只是他一厢情愿。在愈演愈烈的党争中，他不得不辞职。有人说，这是真文人，有傲骨，有一腔热血，可大多人避他之不及，但他没有忘记尽一个孔孟之徒的责任，在出都门前，一根筋到底，最后上《再陈谢悃疏》，对福王进行最后忠告。他的忠告有五条：一曰修圣政，无以近娱忽远猷；二曰振玉纲，无以主恩伤臣纪；三曰明国是，无以邪锋危正气；四曰端治术，无以刑名先教化；五曰固邦本，无以外衅酿内忧。又是五曰奏。
刘宗周历经万历、天启、崇祯、弘光四朝，“通籍四十五年，在仕六年有半，实立朝者四年，大家看到了吧，历经四朝，实际在朝参政只是四年，夸夸其谈了四十五年。
按原来的历史走向，接下去就是悲壮了，弘光元年（1645年）五月，清兵攻破南京，弘光帝被俘遇害，潞王监国。六月十三日（7月6日），杭州失守，潞王降清。十五日（7月8日）午刻，刘宗周听到这一消息，时方进膳，推案恸哭说：“此予正命时也。”于是他决定效法伯夷叔齐，开始绝食。
当时江南士大夫纷纷降清，做了贰臣，玷污名教，背叛了平时所学之道。刘宗周要以自己的行动，成就自己的人格，为衰世作一表率。弘光元年（1645年）闰六月初八日（7月30日），刘宗周前后绝食而死。其子刘勺遵照他的遗命，曰：皇明蕺山长念台刘子之柩。
而现在的刘宗周，气势凶凶地在南京朝大骂《黎城周报》，
看看，这是什么话，明朝还没有亡呢，说南京朝专已党争，把个人荣辱高于国家，把个人私利建在民族之安危之上，罔顾百姓生死，启用卖国求荣之人当政，明年必亡！气死我了，气死我了！等有时机，非要去讨个说法。
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