下面就结合具体的内丹功法，讲一讲张三丰的内丹理论。具体的功夫可以分成两大阶段：筑基炼己和性命双修。
前面讲过筑基的功夫，也讲过为什么要筑基。由于人从出生的那一刻起就开始受到后天的各种影响，使先天的身体、精气神受到了耗损，而这种耗损还会随着年龄的增加而越来越严重，直至死亡。追求长生或者长寿，首先要返回先天状态，否则就谈不上进一步，而补回耗损回到先天之体的过程就是筑基。
对于如何补回耗损的精气神，特别是年纪偏大的人，这一步就更为关键。张三丰有一首《后天筑基》诗：
气败血衰宜补接，明师亲授口中诀。
华池玉液逐时吞，桃坞琼浆随日吸。
绝虑忘思赤子心，归根复命仙人业。
丹田温暖返童颜，笑煞顽空头似雪。
本质上，张三丰的筑基功夫和前面讲过的基本一致，无非就是扫除杂念，寂灭情缘，从调息、呼吸、打坐、意守丹田到冲关、通脉，同样是百日的功夫。筑基是修行的前提，杂念越少，摒弃得越早，则得丹越早。
不过，张三丰明确地把筑基和儒家在伦理道德方面的践行联系了起来。在他看来，道家讲究积阴德，德行为先，阴功为本，二者如果划个等号，显然至少是一个好人才有资格筑基修道，所以张三丰认为儒家的仁义礼智信这些东西真的对修仙得道有帮助。
在《无根树》中，张三丰还有一套着名的“阴阳栽接法”，是这样讲的：
无根树，花正微，树老重新接嫩枝。
梅寄柳，桑接梨，传与修真作样儿。
自古神仙栽接法，人老原来有药医。
访名师，问方儿，下手速修犹太迟。
这可不是讲的园艺学的嫁接技术，而是借这种嫁接技术使人的身体能够返先天的思路。
炼己和筑基是没办法割裂划分的，丹法的东西前面讲过不少了，这里所说的炼己实质上是元神和元气相交的功夫，也可以说是坎、离或者说内药、外药相交的功夫，说法虽多，但实质是一致的。
为什么说是炼己呢？
十天干戊和己的五行为土，而戊土和己土又有阴阳之分，一个阳土一个阴土。戊土是阴里含真阳，己土则是阳里育真阴，二者一动一静，相合就是坎和离相合，也就是元神和元气相交，就是前面讲的铅、汞，所以丹法里叫炼己实际上就是炼内药。
肯定有道友会问，戊和己都是土，为什么不叫炼戊呢？用阴阳理论来解释，己是阴土，内含真阳，修炼就是为了强化那点真阳，把体内的阴性的、后天的杂质全部炼化掉，把耗损的精气神补回来，最终得到纯阳之体嘛。张三丰说：“炼己只是养元神”，就是修心、养性、炼神，最终返回先天。
前面还讲到过道家修炼中的顺逆问题，钟吕讲，陈抟更讲，顺着就是凡人几十年的生老病死，只有逆着才能长生、成仙。
筑基和炼己没有明确的界限，都是修炼的基础功夫，不过筑基偏命功，而炼己更偏重性功方面的修炼。在《玄要篇》中说“未炼还丹先炼性，未修大药且修心。心修自然丹信至，性清然后药材生。”
同样都是性命双修，南北二宗却不相同。北宗主张先性后命，南宗主张先命后性，这些在前面讲过。之所以不同，这和南方、北方的自然环境、水土、饮食等多方面的因素有关。
以前讲过“四象五行皆藉土，九宫八卦不离壬”，北方人重土，南方人重水。北宗，成员自然多是北方人，牙好胃好，吃嘛嘛香，大鱼大肉尽管来，就是吃的好，身体就好。北宗认识到长生不死的主体不是阴滓色身，而是真性本体，于是以坚韧的意志品质苦修炼性以达大道巅峰。
从修性入手进行修炼非常难，所以必须有类似苦行的修行才能炼出真性本体。经常有人会问，和尚都是要出家，守好多戒律的，那么道士要不要出家？能不能结婚？之所以有这种疑问，是因为有的道士需要出家持戒，而有的又不需要。别的不说，北方的全真道士是需要到宫观里出家的，是不能结婚的，也有很多的戒律要遵守。而南方的正一道，就可以结婚，可以在家修行，当然也有很多戒律要持的，并不是很多人想的不持戒。之所以有这种区别，也和先命后性和先性后命的区别有一定的关系。
炼己也是炼心，因为心是离火，离中是己土，是阴土宜静，所以要炼到心不动，离宫修订则气和，气和则身安，身安才能精满气盈，这就是道家的解释。也就是说，对于北宗来说，炼己就要炼心，就是要炼心中那一点阴土。
相对来说，南方人为主的南宗则首重命功，讲究持心，认为“饶君了悟真如性，未免抛身却入身”。张伯端不是说过嘛：“若要修成九转，先须炼己持心。”
张三丰也注重性命双修，那么他的性命双修属于哪一派呢？
他说：“死生了当非神气，性命功夫在汞铅。”
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