20世纪60年代，东西方两大阵营形成对峙状态，而在爪哇国政治的生活中主要有三种政治势力:总统苏加诺和爪哇军方以及爪哇共产党 。
总统苏加诺一直站在第三世界反对帝国主义和殖民主义的前列，倡导"新兴力量"的团结合作，发起并领导不结盟运动，还三次访问龙国。
苏加诺依赖的政治力量是爪哇共产党，他曾说:"我是共产党人的朋友，因为共产党人是革命者。"当时的爪哇共是中、苏以外拥有300万党员的大党，群众基础雄厚。
苏加诺甚至考虑到去世后，把国家权力移交到共产党的手中。
苏加诺的政治倾向引起了军方内部如陆军参谋长雅尼，和国防长纳苏蒂安等一些亲美高级将领的不满。
亲美将领们成立了"将领委员会"，在1965年9月21日的一次会议上还秘密组成新的内阁，策划1965年10月5日建军节时发动推翻总统的政变然而总统卫队长翁东中校抢先行动了。
9月30日夜22时，7辆卡车装满身穿总统卫队服的武装士兵从哈林空军基地出发，次日凌晨到达雅加达，然后分赴7名陆军将军的寓所进行搜捕。
结果陆军参谋长雅尼中将、潘贾伊坦中将和哈约诺少将被打死，苏普拉普托少将、帕尔曼少将和苏多佐准将被绑架到了哈林空军基地，后来遭到杀害只有纳苏蒂安将军一人翻墙逃匿 。
事前翁东曾派人两次去见当时掌握强大的陆军战略预备队兵权的苏哈托将军，向他汇报情况然而苏哈托一直按兵不动。
1965年10月1日上午，翁东发布全国公告，声称事件目的，是为保护苏加诺免受由中情局扶持的陆军将领控制。
下午苏哈托召开了参谋部会议，称翁东等人"发动政变，用暴力手段篡夺国家政权这些肯定是爪哇共产党策划的"会议决定由他统一指挥反击行动 。
第二天苏哈托拒绝了苏加诺关于政治解决危机的要求，并迫使苏加诺任命他为负责恢复治安和公共秩序的部长和陆军司令。
之后陆军很快攻占了哈林空军基地"9·30运动"均以失败告终
关于"9·30"政变的真相，苏加诺和苏哈托的支持者各执一词。
那么爪哇共与"翁东政变"到底有没有关系?据中情局报告，爪哇共领袖艾地曾在1965年8月28日的一次会议上明确表示:"现在的问题是，爪哇共应当坐等总统逝世、让自己遭受突然的打击呢，还是先发制人，挫败陆军的行动和攻击?我更倾向于先动手。"
中情局的结论是:"爪哇共产党在策划政变中起着中心的作用，……有确凿的证据证明，所有重大决定都是由爪哇共产党做的。"
不过在事变发生后，爪哇共总书记艾地指示党的各级组织:千万不要举行拥护"9·30 "运动的示威游行，声明那些是陆军内部事务，与爪哇共毫无关系，并表示完全支持苏加诺宣布的任何解决办法。
此后艾地被迫转入地下活动，但他却在意料之外，被贴身警卫中的一个陆军谍报处的特务出卖了而遭到杀害 。
时至今日，越来越多的解密资料显示，在这场屠杀背后，美丽国扮演了很不光彩的角色。
资料显示政变发生仅四天之后，美丽国当时驻爪哇大使马歇尔·格林就表示希望军方能够利用1965年9月30日六名将军被杀的机会，指控爪哇共产党阴谋夺权并控制爪哇 。
尽管格林并不确定爪哇共产党是否参与了事件，但他于1965年10月5日发给华盛顿的电报中，仍强调军队必须行动果敢:"不管是何背景……军队控制着局势，它拥有诸如报纸、电台、电视等重要的权力工具。
它还掌握了六名高级将领被杀的原因，如果军队想利用这一点的话就可以加以利用。
它已经开始这样做……除了爪哇共产党和他们的随从，穆斯林团体和其它人都站在军队一边……如果行动神速的话，军队现在具有击败爪哇共产党的大好时机……被害将军尸体的发现，使上述汹汹势头达到了高峰。总而言之，机不可失，时不再来 ……"
在1965年10月15日另一份要求转呈美丽国情报机构的电文中，格林强调需要进一步进行反共宣传:"在所有媒体通过不断重复的事实，将目前这场恐怖事件联系起来将绑架并杀害高级将领的手法同北越在南越村庄中杀害村长的事件联系起来 。"
两天后，美丽国助理国务卿邦迪在同袋鼠国外交代表团会见时一起讨论了爪哇局势和军队应采取的战略。
随后在北苏门答腊省发生了大规模反共流血事件。当地一个同军队有联系的穆斯林青年组织四处搜寻并屠杀共产党青年组织的领导人，他们还开始在棉兰和其它北苏门答腊城市袭击华人中的共产党人，大批华人遭到虐打，房屋、商店被焚烧。
在亚齐省，穆斯林狂热分子几乎袭击了当地所有的共产党人，一些亚齐暴徒甚至将人杀死后，将他们的头颅割下挂在道路两旁的柱子上 。
在清共过程中，军方还将目标对准了苏加诺的总统权力。
1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署所谓的"三一一命令"，把行政权力移交给苏哈托。
1967年3月12日，军方操纵的临时人民协商会议一致通过撤销对苏加诺总统的任命，剥夺其所有职权。
苏哈托也开始了他对爪哇长达30多年的铁腕统治
1965年那场屠杀将苏哈托带到了爪哇权力的巅峰，在当时的国际形势下亲美反共成了他对内实现爪哇民族的认同，对外提升国际地位的快速途径。而当时正值龙国大陆处在特殊时期。
爪哇军方将龙国大陆视为爪哇共产党的后盾，"9·30"事件因此被祸水东引到了华人身上。
其间爪哇军方曾诬称有9名大雅族(印尼高山原住民)耆老被华人所杀，挑拨大雅族对华人的仇视。
报仇心切的大雅人，在许多华人住所前放置盛有鸡血或狗血的红色土碗。
这就是大雅人复仇的记号 。
美丽国中央情报局曾把这段悲剧称为"20世纪最惨的集体谋杀"，具体罹难人数迄今没有确切数据。
据中情局后来的调查报告，截止1966年4月，大量华人被屠杀。具体数字已无法查证了。
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