却说北魏君主拓跋焘驰还平城，饮至告庙，下诏改元正平，所有降民五万余家，分置近畿，无非是表扬威武，夸示功绩的意思。北魏自拓跋嗣称盛，得拓跋焘相继，国势益隆，但推究由来，多出自崔浩功业。崔浩在魏主拓跋焘挥军南下以前，已经因为修史一事，得罪受诛。作者在此补全其前因后果，让读者更加明白。
当初在太延五年（439年）十二月时，北魏太武帝拓跋焘命崔浩以司徒监秘书事，中书侍郎高允、散骑侍郎张伟参着作事，续修国史。北魏太武帝拓跋焘叮嘱他们，写国史一定要根据实录。崔浩他们按照这个要求，采集了北魏国上代的资料，编写了一本关于北魏国的国史。据高允后来陈述，崔浩主要起到总裁大纲的作用，此外还与高允负责国史中《先帝记》和《今记》部分的编写。
崔浩除了修国史，更是因为信道教而厌恶佛教，在北魏太平真君五年(444年)正月，在崔浩的推动之下，北魏太武帝拓跋焘在三天之内连发两道禁佛诏令。规定从王公百官到庶民百姓，一律禁止私养沙门和巫师，逾期仍未申报的，不仅要将窝藏的沙门（僧人）或巫师处死，窝藏的主谋还要被满门抄斩。这是一道非常严厉的禁佛诏敕。
接着北魏君主拓跋焘又下了一道禁佛诏令，严禁僧侣或巫师进入平民百姓的住宅，责令他们规规矩矩地居住在庙宇里。因此，沙门僧尼们已经失去了基本的人身自由。
太平真君五年(444年)的九月，北魏太武帝拓跋焘又派人将高僧释玄高和释慧崇幽禁起来。高僧释玄高曾一度身居宫廷、调解当今皇帝与太子拓跋晃的矛盾，慧崇则是当时朝中尚书韩万德的皈依师父。两位高僧被囚禁不到半个月，就在平城去世了，尸体被草草地埋葬在城南的荒野当中。
魏主拓跋焘更大规模进行的毁佛运动，是在太平真君七年(446年)的三月。起因是因为胡盖吴谋反，导致关中骚乱。
北魏太武帝拓跋焘于是率领军队亲征，当他进入长安时，其马夫在寺院的麦田里放牧，魏主拓跋焘进寺看马的时候，发现寺内有僧人正在饮酒。他于是派人查验僧众的素房，发现里面有大量的兵器。
北魏太武帝拓跋焘见此情形，顿时勃然大怒，说这些兵器本非沙门所用，难道他们与盖吴通谋反吗？于是太武帝拓跋焘责令士兵清查全寺，又在寺内搜查到大量的酿酒用具，以及州县地方长官和富豪寄托或是隐匿的财物，数量竟然达到数万之多。并且发现在寺内的密室里面有男女淫乱的物证。
当然，这些只是表面上的原因，真正的原因是因为当时佛教的发展形成了强大的寺院经济，严重影响了北魏的经济结构和赋税收入。
寺院在占有大量土地的同时，还拥有大量的依附人口，称之为僧祗户。僧祗户每年需向寺院输谷六十斛，而寺院却有免役调租税的特权，埋下了朝廷和寺院间矛盾的伏笔。当僧众人数少，依附人口不多，僧众又能劝人为善、服从统治时，双方的矛盾还不突出。等到僧众的人数多了，又不能有效劝导民众，甚至包庇一些叛乱人员，严重影响朝廷税收和统治秩序时，双方的矛盾就变得很突出了。每当寺庙多一个僧徒，即意味着朝廷就少一个丁男的赋役。
当时跟随北魏太武帝拓跋焘身边的臣子崔浩，趁机建议拓跋焘立即禁佛。北魏太武帝拓跋焘于是下诏，诛杀长安城内的沙门，并且毁弃佛像。并令太子拓跋晃通令天下四方，一体推行毁佛措施。
北魏太武帝拓跋焘在诏敕书中说：佛教本是虚妄的，末世昏君乱主多被佛教所惑，以致不行政教，大乱礼仪，而鬼道（佛教）从西域传来，在华夏兴盛，蔑视王法，从此以后，国家代兴祸乱，而百姓多灾多难，王化之地亦为荒凉，乃至千里萧条，不见人迹，这一切都是由于崇拜佛教所导致。
并且北魏太武帝拓跋焘为此发誓，要除伪（佛教）定真，以复远古伏曦神农之治，荡除一切胡神，灭其踪迹。
北魏太武帝拓跋焘于是在诏书中说：自今以后，敢有事胡神及造形像泥人、铜人者，诛灭全族。“虽言胡神，问今朔人，共云无有，皆是前世汉人无赖子弟刘元真、吕伯强之使，接乞胡之诞言，用老庄之虚假，附而益之，皆非真实，至使王法废而不行，盖大奸之魅也。有非常之人，然后能行非常之事，非朕孰能去此历代之伪物？有司宣告征镇诸军、刺史，诸有佛图形象及胡经，尽皆击破焚烧，沙门无少长悉坑之。”
因此被屠杀的僧尼达有十数万之多。
这道毁佛诏令主要是由崔浩负责执行的。道士寇谦之虽然想弘扬本土道教，但是并没有因此排斥佛教。他看见崔浩和皇帝如此一起主张禁佛，并且用如此残酷的方式毁佛时，他也感到震惊害怕了。
寇谦之为了阻止这种残暴的禁佛方式，他劝崔浩说：“佛教本来教义是劝人行善，以化人心，本质是好的。僧人有好有歹，不代表是佛教的过错，如此残忍禁止，也非好事。”
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