现在大蛇丸只想带着万蛇去根部主基地，把里面的根部和团藏全喂了万蛇，正好把以前欠万蛇的账一笔勾销，不过大蛇丸毕竟也是一代BOSS级人物，很快把愤怒压下去。
问题的关键是杀光眼前的跟踪忍者根本没用，他们既然是跟着团藏的人来的，那么必然还有同伴，一部分继续跟踪根部忍者，一部分分出来跟着他这个被团藏卖了的队友。
等过一段时间，没见到这些人回去，连没脑子的宇智波也应该知道他大蛇丸有问题，更别说向来以高智商立足木叶的奈良一族，木叶村接下来应该会对他进行严密的调查
如果跟踪者是暗部的话，那还有机会糊弄过去，大蛇丸很了解老师的心态，年龄越大越追求稳定，为了稳定很多事情他可以忍下来，可是现在跟踪者是猪鹿蝶和宇智波，那麻烦就大了，这些家族和大蛇丸一起摆上火影办公桌的话，用脚想都知道猿飞日斩肯定得处理他大蛇丸，到时候他不跑都不行。
大蛇丸杀完人又把他们安葬给万蛇，这才回去木叶忍军驻地，开始联系村中的暗子，让他们把实验室该关的关，该带走的带走，从现在开始，做好逃亡的准备。
这也是大蛇丸暂时不找团藏麻烦的原因，和团藏合作多年，大蛇丸知道团藏的根部分基地遍布忍界各地，除了几个特殊的地方，哪里都有团藏的人，逃亡的路上大蛇丸还得指望根部给他提供消息和资金。
因为大蛇丸也知道，团藏不可能把他往死里坑，老团还指着大蛇丸给他换胳膊呢，团藏的右臂在第二次忍界战争中受伤，现在都不能自由活动，木遁实验的其中一个目的就是，给团藏的右臂找到治疗办法，初代火影神奇的自愈能力他俩可是眼馋很久了。
所以后面大蛇丸和团藏还有合作的日子，有些实验用品也只有团藏能提供给大蛇丸，大蛇丸也不好直接报复团藏，最多是后面多报点实验资金让团藏报销。
把手下安排出去后，大蛇丸就在川之国等着部下的消息，不出大蛇丸所料，猪鹿蝶和宇智波很快就发现跟踪他的族人消失了，奈良鹿久判断这些人已经被杀，立刻将事情报给三代火影，木叶展开了对大蛇丸的调查，部分实验基地已经暴露。
根部也给大蛇丸传来不妙的消息，同时说愿意为大蛇丸的逃跑提供掩护，大蛇丸只能是骂上几句，收拾好东西跑路，为忍界提供了大蛇丸叛逃的头条新闻。
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