此时的自治领，大约有着三百万亩耕地。其中灭亡的藏巴汗家族占30．9％，贵族占29．6％，寺庙和上层僧侣占39．5％。
也就是说，人口仅占不到20%的上层人士占据了自治领100%的土地，而余下的80%均为农奴身份。
天启十七年（1637年）正月，为了明廷在自治领的统治能够稳固，政令能够得到有效的执行。总督顾肇迹召见了阿旺罗桑嘉措和罗桑曲结两位活佛，并向两人宣读了明廷的旨意。
两位活佛深明大义，自然无有不肯。
自治领土改正式开启。
首先，自治领将收缴自藏巴汗家族的九十多万亩耕地均无偿分给了所有的藏民，也就是原先的农奴，并给予了三年免税的优惠政策。
其次，按照寺庙规模大小，严格限制他们的庙产，废除并收回所有上层僧侣的私产，还产于民。
最后，按照贵族家族人口的多寡，同样严格限制了他们的耕地所有数量。
一番连削带打之下，有将近二百四十万亩耕地被自治领分配给了藏民手中。
当然，任何时期的改革都不可能一帆风顺，直至天启二十年（1640年）土改结束，数万贵族、僧侣不服王化，拒不执行中央指令，被自治领政府处以极刑。
至此，自治领彻底归心，成为大明王朝不可分割的一部分。
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