五万明军抵达并会师于昌都，以及青海明军抵达孙波如也就是后世的玉树地区。
自此，朵干都司数十万平方公里土地被大明收复。
王三善并未等待青海军的到来，便起五万大军朝着拉萨进军。因为他要赶在藏巴汗反应过来之前，直接神兵天降，出现在他的面前。
随后的三个月时间里，明军遇水搭桥，逢山开路，其中的艰险自然是无法与外人道也。即便是有熟悉路况的向导在军前引路，光行军的路上，明军就丢了三百余士兵的性命，牲畜更是不计其数。
天启十四年（1634年）正月，四万多明军抵达了乌斯藏的工布，也就是后世的林芝地区。
月底，青海明军两万骑兵终于抵达此地，六万多明军正式合体。这股明军以钦差王三善为主，顾肇迹为辅，开始了明军在藏区的征伐战。
此时，明军进入乌斯藏的消息才被人传回日喀则的藏巴汗处。
随后，明军沿着雅鲁藏布江沿岸攻下了藏巴汗的一个又一个宗城。
于四月，抵达拉萨城。此时，藏巴汗的三万大军已经在此集结。
养精蓄锐已久的藏巴汗大军，对劳师远征的明军发动了猛烈的进攻。
令藏巴汗丹津旺布没想到的是，明军居然带来了两万骑着蒙古马的骑兵，加上火器犀利的明步兵根本就不是藏巴汗军能够抵抗的，刚一交手，藏巴汗军便被打的溃不成军。
藏巴汗丹津旺布被打得大败，直接一路败退回了日喀则。
明军也没有惯着他，两万骑军跟着丹津旺布的屁股后面一路追杀到了日喀则，并将日喀则团团包围。
丧城失地的丹津旺布此时才后悔没有积极和盟友们配合，如今敌人兵临城下，取胜的希望已经微乎其微。只不过他预料不到的是，作为他的盟友，白利土司顿月多尔济自己都不知道，明军的突然来犯，又如何谈得上给他报警呢？
为了能苟延残喘，丹津旺布向扎什伦布寺的法台崔吉坚赞等高僧求告，希望他们从中斡旋，使明军罢兵。
崔吉坚赞本着不忍生灵涂炭的慈悲心亲赴明军大营进行调解。顾肇迹虽对崔吉坚赞极为尊重，同意讲和，但提出，藏巴汗必须交出政权和军队，明廷可以给他保留一个庄园让他安度晚年。至于划疆而治之类的条件，明廷根本不予考虑。
开什么玩笑，明军劳师远征，历经千辛万苦好不容易就要彻底铲除你了，还会和你划疆而治？想屁吃呢！
毕竟也是一方之雄，面对这样苛刻的条件，藏巴汗丹津旺布愤而再战。双方在日喀则城下激战数场，藏巴汗军仍然连连失利。没有了强硬的本钱，藏巴汗只得答应了顾肇迹的条件，宣布无条件投降。
天启十四年（1634年）六月末，藏巴汗丹津旺布交出都城日喀则以及茶叶、酥油、糌粑、金银珠宝一千余驮，在顾肇迹面前认罪，噶玛政权灭亡。从彭措南杰称“第悉藏巴”到丹津旺布亡国，其国祚仅持续了两代，十六年。
自此，乌斯藏回归中原王朝怀抱。
八月，大明钦差大臣王三善在拉萨布达拉宫，广场上，宣读了大明皇帝的圣旨。
正式确立了格鲁派（黄教）为朝廷唯一承认的正宗藏传佛教教派。
敕封阿旺罗桑嘉措为藏传佛教格鲁派大活佛，为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。
敕封罗桑曲结为“班禅”。
两人共同成为为藏区最高宗教领袖。
明朝的这一举措，对时局的影响极其深远。两位活佛的确立，得到了内外蒙古部落的极度认可，使得蒙古人首次在内心中将朱由校尊称为“天启汗”，也更加认可了大明王朝的统治，蒙古人的忠诚度直线上升。
除此之外，明廷废除了乌斯藏都司和朵干都司的世俗政权，宣布在拉萨成立西藏自治领。首任总督为镇远侯顾肇迹，正式开启了汉人政权统治西藏的历史。
在占领日喀则地区之后，明军并未停下脚步，直到天启十六年（1636年）六月，明军占领阿里地区，这才使得西藏二百多万土地全部归入了自治领的管辖之下。
随后，明廷正式开启了在自治领的统治。
首先，将金沙河以东的康区划归了四川省。两省以金沙江为界。随后，以唐古拉山脉为界，以北的划归青海，以南的归属西藏。最后，将原有的十三个万户府，变更为十三个府，并分别任命了各级官员。
在解决了领土问题以及建设地方官府之后，自治领衙门在西藏确立了无上的威望，毕竟七万驻军可不是吃素的。
为了在佛教信徒心目中种下大明王朝为尊的目的，得到朱由校密信的顾肇迹开始在自治领进行了改革。
首先，自然是废除了数千来年的农奴制度，解放了自治领的生产力，此举一出，获得了自治领无数农奴的热烈欢迎，也极大的加强了中央在自治领的声威。
其次，对土地进行了有限改革。
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