阳光暖暖地洒在帝丹小学的校园里，帝丹小学一年级 B 班的工藤夜一、灰原哀、柯南和少年侦探团的元太、光彦、步美，正兴致勃勃地讨论着即将前往某地区中心帮忙照料花坛的事情。毛利小五郎也在小兰的软磨硬泡下，答应一同前往，权当是给自己繁忙的侦探生活放个小假。
“听说那个地区中心的花坛可漂亮啦，有各种各样的花！”步美兴奋地说着，眼睛里闪烁着期待的光芒。
“是啊，说不定还能见到一些稀有的花卉品种呢。”光彦推了推眼镜，一脸期待。
“嘿嘿，我希望能多闻闻花香，说不定还能找到一些好吃的花蜜。”元太摸着圆滚滚的肚子，笑嘻嘻地说。
柯南和工藤夜一相视一笑，工藤夜一说：“那我们就好好去见识见识，顺便看看能不能学到一些园艺知识。”
灰原哀则微微挑眉，淡淡地说：“不过是去照料花坛，别太兴奋了。”但眼中也藏着一丝不易察觉的期待。
一行人来到地区中心，这里繁花似锦，五彩斑斓的花朵争奇斗艳，仿佛一片花的海洋。地区中心的职员山崎敏子热情地迎接了他们，她穿着一身朴素的工作服，脸上洋溢着亲切的笑容：“欢迎你们来帮忙呀，孩子们。这些花坛可多亏了你们的照顾呢。”
不远处，在附近经营咖啡屋的冈村咲也走了过来，她穿着时尚的连衣裙，头发高高束起，看起来精明能干：“哎呀，这么多小朋友来帮忙，真是辛苦你们啦。”
就在大家准备开始工作时，一个男人的身影出现在众人眼前。他就是曾被迫从这里搬离花店的奥田隆之介，他的脸上带着些许不满和愤懑。奥田一看到山崎敏子，脸色瞬间变得阴沉，忍不住开口道：“山崎，我这花店被迫搬走，你可脱不了干系！”
山崎敏子皱了皱眉，不甘示弱地回应：“这是地区规划的决定，你别在这里无理取闹！”两人你一言我一语，争吵越来越激烈，气氛也变得紧张起来。
毛利小五郎赶忙上前劝解：“好了好了，大家都别吵了。有什么事情好好说嘛。”在小五郎的劝解下，奥田和山崎才暂时停止了争吵，但彼此之间仍充满了敌意。
众人开始动手照料花坛，浇水、施肥、修剪枝叶，忙得不亦乐乎。在休息的时候，山崎敏子悄悄把冈村咲拉到一旁，低声说道：“冈村，我已经查到运营资金被挪用的事情了，你最好给我一个合理的解释，不然我可不会轻易放过你！”
冈村咲脸色一变，眼神中闪过一丝慌乱，但很快镇定下来，强装镇定地说：“你别胡说八道，我怎么会做这种事。”然而，看着山崎敏子坚定的眼神，冈村咲心中明白，她可能真的掌握了一些证据。一种不祥的预感涌上心头，她担心自己挪用资金的事情暴露，从此身败名裂，一个可怕的念头在她心中渐渐滋生。
夜幕降临，月光如水洒在大地上。地区中心一片宁静，只有偶尔传来的虫鸣声。晚上 8 时左右，冈村咲趁着夜色，从地区中心偷来一些砖块，小心翼翼地布置在自己咖啡屋的花园中。然后，她拿着事先准备好的沾有迷药的手帕，悄悄潜入山崎敏子的办公室。
山崎敏子正专注地整理着文件，丝毫没有察觉到危险的临近。冈村咲轻手轻脚地走到她身后，猛地用手帕捂住山崎敏子的口鼻。山崎敏子挣扎了几下，很快便失去了意识。冈村咲扛起山崎敏子的身体，来到咖啡屋三楼的窗户边，毫不犹豫地将她扔了下去。山崎敏子的头部重重地撞到了花园中的砖块上，鲜血瞬间染红了地面，当场身亡。
确认山崎敏子死亡后，冈村咲迅速把尸体和那块带血的砖头运回地区中心。她将尸体放在逃生口下方，又把山崎的鞋子放在三楼外侧的休息处，还故意留下奥田隆之介园艺靴的足迹，试图制造山崎是在这里坠楼的假象。做完这一切后，她匆匆赶回自己的咖啡屋，装作若无其事的样子。
过了一会儿，毛利小五郎一行人按照冈村咲之前的“诱导”，来到地区中心的逃生口附近。突然，元太尖叫起来：“啊！你们看，那里好像有个人！”众人急忙跑过去，发现了山崎敏子的尸体。毛利小五郎脸色一变，迅速说道：“大家不要靠近，保护好现场，我马上报警！”
警方很快赶到现场，目暮警官带领着警员们展开调查。经过初步勘查，警方发现地区中心逃生口三楼外侧休息处留下的山崎的鞋子和奥田的园艺靴足迹，再加上之前奥田和山崎发生过口角，于是初步判定奥田隆之介是嫌疑人，并将其逮捕。
奥田一脸焦急，大声喊冤：“我真的是被冤枉的！今晚我一直在配送花束，但是那个地址是假的，我一直在街上开着小卡车闲逛，根本没有机会杀人啊！”然而，警方目前掌握的证据都指向他，一时间，奥田百口莫辩。
柯南看着现场，心中充满了疑惑。他仔细地观察着每一个细节，发现山崎坠楼时鞋带是松开的，但尸体被发现时鞋带却是系好的。他心想：人在坠楼过程中鞋带不可能自己系好，这其中一定有问题。与此同时，他还在尸体旁边发现了一些只在夜晚才开放的月见草花瓣，可这种花并不在地区中心的花坛里。
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