至正元年正月，大都皇城太和殿内，礼炮轰鸣，百官朝贺。元惠宗妥懽帖睦尔身着衮冕，端坐于龙椅之上，面容肃整，目光扫过阶下群臣，心中激荡着宏图大展的豪情。改元“至正”，取“荡涤旧污，与天下更始”之意，他誓要一扫伯颜专权留下的阴霾，重振大元王朝的荣光。
右丞相脱脱，身着紫罗袍，腰系玉带，立于百官之首，神色沉稳。这位曾协助惠宗扳倒伯颜的肱股之臣，心里清楚王朝积弊已深，此刻正摩拳擦掌，欲以一系列改革举措，挽回元朝的统治危机。
脱脱深知“治国需贤才”，力主恢复这一选拔制度。至正二年，科举制度正式重启，各地学子纷纷奔赴考场，压抑多年的儒学风尚再度兴起。
与此同时，又颁行《农桑辑要》，派遣官员前往各地指导农桑，鼓励百姓开垦荒地，减免受灾地区赋税，全力恢复农业生产。历经多年战乱与压迫，百姓终于得以喘息，田间地头重现耕织繁忙的景象。针对伯颜时期严苛的马禁、盐额制度，脱脱也大胆革新，开放马禁便利交通，削减盐额减轻百姓负担，商业贸易渐渐复苏，都城大都的集市上，再次呈现出商旅云集、货物流通的繁华景象。
脱脱严惩贪腐，提拔贤能，征召隐于山林的有识之士入朝为官，一时间朝堂之上风气为之一清。惠宗更是身体力行，推行儒治：开设经筵，邀请名儒为自己讲解经史子集；恢复太庙四时祭祀，亲赴郊野举行祭天大典，行亲耕礼以示对农桑的重视。这些举措不仅赢得了汉族儒生的拥戴，也让蒙古贵族看到了王朝革新的决心，至正初年的元朝，竟一度呈现出回光返照的清明局面。
然而，这份向好的势头并未持续太久。至正四年，脱脱因常年操劳政务，体弱多病，再加上萨满占卜言其流年不利，恐有灾祸缠身，便连续十七次上表请辞。惠宗虽不舍这位得力助手，但见其去意已决，只得应允。脱脱的离去，如同断了元朝的一根顶梁柱，改革的步伐骤然放缓。
此后五年间，惠宗先后任用阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只、贺惟一等人为相。这些大臣虽非奸佞之辈，却皆无脱脱那般的魄力与才干，改革举措难以持续推进，朝堂之上甚至出现了派系纷争的苗头。
即便如此，惠宗仍未丧失图治之心。他对地方官员的任用极为慎重，每一份任职奏折都亲自过目，反复考察官员的贤愚善恶。每当地方官陛辞赴任时，他总会谆谆告诫：“汝守令之职，如牧羊然。饥也，与之草；渴也，与之水。饥渴劳逸，无失其时，则羊蕃息矣。汝为我牧此民，无使之失所，而有饥渴之患，则为良牧守矣。”话语朴实，却满含对百姓的体恤与对官员的期许。
至正五年十月，惠宗派遣二十四名官员分赴各地巡视宣抚，命他们“布朕德意，询民疾苦，疏涤冤滞，蠲除烦苛。体察官吏贤否，明加黜陟”，试图通过这种方式整肃地方吏治，缓解民间矛盾。可他万万没有料到，这些奉使宣抚的官员中，除了苏天爵、王守诚等少数人真心实意为百姓办事、颇有政绩外，其余大多借着巡视之名，大肆搜刮民脂民膏，鱼肉乡里。
江西、福建一带，很快流传起尖锐的民谣：“九重丹语颁恩至，万两黄金奉使回”“奉使来时，惊天动地；奉使去时，乌天黑地。官吏都欢天喜地，百姓却啼天哭天”“官吏黑漆皮灯笼，奉使来时添一重”。这些民谣如同利刃，刺穿了元朝吏治的腐败本质，也让惠宗的一番苦心付诸东流。此时的元朝，腐败已深入骨髓，无可救药。
屋漏偏逢连夜雨，就在朝堂吏治腐败、改革停滞之际，罕见的天灾接踵而至。自至正四年起，中国进入灾害多发期，河北、山西、山东、河南等地受灾最为严重。黄河多次决口，滔滔洪水冲毁房屋、淹没农田，无数百姓流离失所；洪水过后，饥荒频仍，饿殍遍野，甚至出现了人相食的惨状；更可怕的是，瘟疫随之爆发，病菌在灾民中快速传播，大量人口死亡。
即便是都城大都，也未能幸免，街道之上，随处可见衣衫褴褛、面黄肌瘦的灾民，他们跪地乞讨，哭声震天，景象惨不忍睹。惠宗虽下令官府开仓赈济，甚至颁诏罪己，祈求上天宽恕，但面对如此严重的天灾，朝廷的赈济如同杯水车薪，根本无法缓解灾情。
天灾引发的连锁反应，让元朝的统治陷入更深的危机。河患导致漕运受阻、盐税锐减，中央政府财政收入大幅下跌，国库日渐空虚；社会动荡不安，小规模的农民起义在各地频繁爆发，百姓的反抗情绪日益高涨；而吏治腐败在灾荒时期变本加厉，官员们趁机克扣赈粮，中饱私囊。
至正八年，方国珍兄弟在浙东海上啸聚徒众，起兵反元。他们劫掠沿海州县，拦截漕运船只，对元廷赖以生存的海道漕运构成了严重威胁。元廷多次派兵镇压，却因军队腐败、战斗力低下，屡屡失利，最终不得不对其加以招抚，默认了他们的割据地位。
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