一个月后，临近立秋，但大员岛的热浪与硝烟混杂，仍然令人窒息。
热兰遮城，这座尼德兰人苦心经营的棱堡，如同狂涛中的孤礁，被明军与郑芝龙部的联合大军围得水泄不通。
城墙上斑驳的弹痕与焦黑的灼烧印记，无声地诉说着连日来炮火的猛烈。
郑芝龙稳坐中军帐内，听着麾下头目汇报伤亡与缴获，脸上并无太多攻城的急切。
他久经战阵，深知对此类坚固堡垒，强攻乃下下之策，徒耗人命。
围困，才是最锋利的刀子，能慢慢割断守军最后的希望。
“告诉兄弟们，把壕沟再挖深一丈，栅栏再立一道！
所有炮位，给老子日夜不停地轰，不必吝啬火药，要让红毛番睡不成一个安稳觉！”
郑芝龙下令，随即又补充道，“再派几个嗓门大的，去城下喊话，告诉他们，粮食吃尽之日，就是屠城之时！
若肯早降，本副总兵保他们性命，许其携带私人财物登船离去！”
郑芝龙不仅要摧毁城墙，更要摧毁守军的意志。
他知道，尼德兰人远渡重洋而来，无非求财，未必真有死战的决心。
城内的景象，与城外的喧嚣形成鲜明对比。
热兰遮城堡垒内，气氛压抑得如同坟墓。
存粮一日少过一日，咸肉发臭，面包见底，干净的饮水也成了奢望。
伤兵挤满了原本就不宽敞的房间，哀嚎声与绝望的低语日夜不休。
炮弹不时落下，引发一阵阵惊恐的尖叫。
总督彼得·努易兹站在总督府的窗前，望着城外密密麻麻的明军营垒和那些如同毒蛇吐信般的炮口，原本挺拔的身姿已显佝偻，眼窝深陷。
他曾寄希望于来自巴达维亚的援军，但理智告诉他，在这遥远的东方，在明国展现出如此决绝的进攻姿态下，援军希望渺茫。
况且，东阿三公司贸易至上，在与大明的贸易里赚的盆满钵满，所以他们不会因为这个岛屿与大明全面开战。
“总督先生，我们的火药最多只能再维持三天……粮食，即使实行最严格的配给，也撑不过十天了。”
一名军官声音干涩地汇报，打破了房间内令人窒息的沉默。
另一名商站代表则更关心自己的财产：“努易兹先生，我们必须考虑现实！城堡陷落，我们所有人都将沦为奴隶，或者更糟！
郑（芝龙）承诺保证我们的生命和私人财产，这是目前唯一……不那么坏的选择。”
努易兹痛苦地闭上眼睛。
他现如今已经确定了，公司此时相当于默认了东番岛的归属。
他虽然肩负着东阿三公司的荣誉和利益，但眼下，他更要为城堡内数百名同胞的生命负责。
继续抵抗，除了让所有人陪葬，毫无意义。
或许，体面的结束这次战争才是最优选。
就在这时，“轰”的一声巨响，一枚炮弹幸运地（或者说极其不幸地）击中了城堡内的小教堂，十字架在火光与烟尘中轰然倒塌。
这一击，仿佛也击垮了努易兹心中最后的坚持。
次日清晨，一面白旗在热兰遮城最高的塔楼上，有气无力地升起。
经过短暂而紧张的谈判，条件达成：尼德兰人交出热兰遮城及所有公司财产（包括舰船、火炮、仓库物资），守军解除武装。
作为交换，郑芝龙保证所有尼德兰人员（包括士兵、职员及其家属）的人身安全，
并允许他们携带私人财物，由指定的两艘小型运输船，在明军监视下离开大员，前往巴达维亚。
当热兰遮城沉重的大门缓缓打开，形容枯槁、眼神黯淡的尼德兰守军依次走出，将武器堆放在指定地点时，城外爆发出明军震天的欢呼声。
郑芝龙部众更是迫不及待地涌入城堡，开始“清点”那些令人眼花缭乱的战利品。
郑芝龙与监军御史、沈志祥等人，在亲兵护卫下，策马进入这座象征着尼德兰人在大员统治核心的堡垒。
看着仓库里堆积如山的鹿皮、砂糖、硫磺，以及军火库里擦拭保养良好的各式火炮火枪，郑芝龙眼中闪过难以抑制的贪婪，
但他很快收敛，对监军御史笑道：“公公请看，此皆陛下洪福，将士用命所致！这些缴获，自当尽数登记造册，献于陛下！”
监军御史面无表情地点点头，心中却明镜似的，知道郑芝龙私下截留必然不少，但只要不太过分，朝廷此刻也需倚重此人。
捷报连同详细的战报、缴获清单，由八百里加急，飞速传向京城。
紫禁城内，当朱由检看到“热兰遮城克复，尼德兰人乞降远遁，大员全岛已定”的捷报时，饶是他心性沉稳，也忍不住抚掌大笑。
“好！李邦华、熊文灿、郑芝龙、沈志祥，俱是大功之臣！”
他立刻下达了一系列命令：重赏出征将士，尤其厚赏郑芝龙及其部下，以安其心；
擢升沈志祥为副总兵，令其暂领东番水师；
设立东番承宣布政使司，下置大员府（暂定，以热兰遮城所在区域为基础），选派干员赴任；
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