周镳的倒台，如同推倒了第一块多米诺骨牌，引发了连锁反应。朱常沅的雷霆手段，极大地震慑了朝野，也使得靖安司的后续调查减少了阻力，得以更加深入和迅速地展开。
在朱常沅的明确授权和沐涵的直接指挥下，靖安司依据前期搜集的大量线索和证据，开始了大规模的深度清算。这场清算，不再局限于个别罪证确凿的通敌大案，而是扩展到对整个官僚体系中具有东林-复社背景、且对新政持抵触态度、或有潜在投降倾向的官员，进行系统性的清理。
清算的方式，也根据情节轻重，分为不同层次：
第一层次：严惩首恶，肃清核心。
对于像周镳、吴梦白这样证据确凿的通敌要犯，处理毫不留情。周镳在狱中经受不住审讯和压力，很快供认了部分罪行，并牵连出数名与他有类似倾向的官员。三法司会审后，朱常沅朱笔一挥，核准了对周镳的判决：“大逆不道，通敌叛国，罪不容诛！着即处斩，弃市三日，以儆效尤！家产尽没，妻妾子女流放三千里！” 吴梦白在常州被捕获后，也被迅速押解至武昌，经历了类似的审判程序后，被处以极刑。这两颗人头落地，彻底宣告了永历政权内部分“清流”势力试图脚踏两只船时代的终结。
第二层次：清洗骨干，瓦解阵营。
对于那些虽未查到直接通敌证据，但思想顽固，长期非议新政，在周镳等人周围形成政治小团伙，起到骨干作用的官员，朱常沅采取了坚决的清洗政策。都察院根据靖安司提供的材料，连续上本弹劾了十余名此类官员，罪名包括“结党营私”、“诽谤朝政”、“沮挠新政”、“尸位素餐”等。朱常沅一律准奏，或革职查办，或降级远调，或勒令致仕。一时间，礼部、翰林院、部分科道衙门为之一空，往日那种以清议自雄、抱团取暖的风气被彻底打散。
第三层次：甄别警示，促其转变。
对于数量更多、立场相对模糊、或只是受风气影响的一般东林-复社背景官员，朱常沅则采取了甄别和警示的策略。他通过都察院和吏部，对这批官员进行了一次大规模的“忠诚考核”。由沐涵的靖安司提供背景评估，吏部进行问话，重点考察其对《永历考成法》的态度、对北伐大业的看法、以及对周镳等人事件的立场。通过这次考核，一方面筛选出可能可用的官员，另一方面也对所有相关人员进行了严厉的敲打。朱常沅甚至亲自召见了一批人，当面训诫，要求他们“洗心革面，顺应潮流”，将精力投入到实务之中。
在这场席卷朝野的清算风暴中，朱常沅也并非一味蛮干。他深知，不能将整个士大夫阶层推向对立面。因此，在严厉打击东林-复社残余势力的同时，他大力提拔和表彰了一批务实肯干、支持新政的官员，无论其出身如何。例如，原户部主事严起恒（非东林背景），因在推行考成法、整顿财政中表现出色，被破格擢升为户部尚书；一位在偏远州县兴修水利卓有成效的知县被直接调入工部任职。这向所有官员传递了一个明确信号：朝廷看重的是“实干”而非“清谈”，是“忠诚”与“能力”而非“出身”与“背景”。
与此同时，针对钱谦益的处理，则更显政治智慧。朱常沅并未将其处死（毕竟其通敌的直接证据不如周镳确凿，且其在江南遗民中仍有不小影响），而是采取了“社会性死亡”的策略。朝廷将其劣行刊印成《钱谦益叛国劣迹录》，详细列举其先后依附阉党、降清、又暗中勾结洪承畴等事实，分发各地官学、书院，令其斯文扫地，身败名裂。对其家产的查抄，也极大地削弱了其经济基础和社会活动能力。这种处理，既严惩了首恶，又避免了过度刺激江南士林，分化了潜在对手。
经过这一场秋风扫落叶般的深度清算，永历朝廷的风气为之一变。空谈误国的习气受到沉重打击，务实肯干的精神得到倡导。潜在的投降主义倾向被有效遏制，朝廷的意志和政令得到了空前的统一。虽然不可避免地造成了一些人才流失和短期动荡，但从长远看，为即将到来的全面北伐，奠定了更为坚实和纯粹的政治基础。朱常沅的铁腕，在这一刻，展现出了其作为乱世雄主的必要冷酷和深远谋略。
大规模的清算行动，虽然有效地纯洁了队伍，统一了思想，但也必然引发了巨大的舆论反弹和一些潜在的负面效应。朱常沅和沐涵深知，仅仅依靠雷霆手段是远远不够的，必须同时掌握舆论的主导权，为清算行动提供充分的正当性理由，并引导朝野上下正确理解其必要性，才能最大限度地减少内耗，凝聚人心。
首当其冲的，便是来自被清算集团及其同情者的反扑。尽管公开的抵抗被压制，但暗地里的流言蜚语和非议却如同地下暗河，悄然涌动。一些被革职或边缘化的官员及其门生故旧，在私下场合散布言论，将朱常沅的清算比作“秦始皇焚书坑儒”、“魏忠贤迫害东林”，污蔑其“猜忌功臣”、“剪除异己”、“破坏朝廷宽仁之象”。这些言论虽然不敢公开传播，但在士林圈层中仍有一定市场，可能动摇一部分中间派官员的信念。
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