然而，畅通漕运的背后，是极其复杂的系统工程和强大的国家能力。清廷入关初期，运河淤塞，管理混乱，漕运几乎瘫痪。顺治亲政后，将恢复漕运视为要务，采取了一系列有效措施：
首先，设立漕运总督专管其事，并在济宁、临清、天津 等要地设重臣督催。其次，大力疏浚河道，特别是在山东 段，克服了地势起伏、水源不足的难题。再次，改革漕政，推行“官督民运，保质保量”之法，规定运丁待遇，减少克扣，提高效率。最后，沿运河部署绿营精锐，设立巡检司，严剿水匪河盗，保障航行安全。
“沿途可还安宁？”顺治关切地问。他深知，运河绵延数千里，任何一段出事，都会影响全局。
沈文奎自信回奏：“请皇上放心。沿线设河标 二十营，兵丁三万，分段巡逻。更有济宁、淮安 两大枢钮，驻有重兵。去岁虽有零星水匪、前明残兵骚扰，皆被迅速剿平。如今漕船往来，昼夜不绝，安然无恙。”
漕运的恢复，其意义远超经济层面。它像一条牢固的纽带，将经济重心与政治军事中心北京紧密连接起来。征收的税银、漕粮，可通过运河源源不断支援北方战事；而北京的政令、军队，也可借水道迅速南下。这对地处偏远、交通不便的南明永历政权形成了巨大的战略压力。
与此形成鲜明对比的是，南明控制区被分割成云南、贵州、两广、湖广、闽浙沿海（郑成功）几大块，相互联系困难。云南 与两广之间要绕道贵州 险峻山路，消息传递动辄数月；郑成功的厦门、金门基地与永历朝廷的联系更是依赖海路，风险极大且不易协同。
是年夏，顺治下诏，在恢复运河主通道的同时，也开始疏浚汉口 至岳阳 的长江 航道。这些举措，旨在加强对长江以北地区的控制，并为未来进军江淮做准备。
经济的复苏与交通的畅通，如同春雨润物，无声却有力地巩固着清廷的统治。当北京的粮仓日益充盈，市面日渐繁华时，南京 的永历朝廷却还在为贵州 山区的粮道时断时续而发愁。这种根本性的实力差距，并非一两场战役的胜负所能扭转。年轻的顺治皇帝，正用另一种方式，一步步地将战略主动权牢牢握在手中。
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