地球的外太空，一个如同猿猴的生物注视着地球，吉奥这边一群工作人员和神木正太郎等作战成员还有格尔曼博士三人组在这里测试着哥莫拉实体化的实验，还研究出了一个能量盾可以抵挡暗黑雷暴能量。
神木正太郎询问大地做好觉悟了没，随后开始进行了实验三日月守将能量盾启动，大地已将哥莫拉人偶放入中心的凹槽上，随后开始照射实体化工术，东南西北四个方向的装置射出了红色的光芒照射着哥莫拉人偶，哥莫拉人偶缓缓的飘升到了半空，然后成功实体化。
哥莫拉成功实体化踩在地面上发出了吼声，大地跑了过来与哥莫拉互动，大地让哥莫拉坐下，哥莫拉乖乖的坐在了地上，明日奈也跑了过来，抚摸着哥莫拉的角，上方射出了众多的暗黑雷暴能量成功将能量盾的抵消次数整没了。
暗黑雷暴能量射中了仅剩几秒实体化的哥莫拉身上，哥莫拉被暗黑雷暴能量侵蚀进化成了EX哥莫拉，EX哥莫拉开始了大肆破坏，然后挖洞跑了，大地在地面上奔跑着融合成了艾克斯，艾克斯挡在了EX哥莫拉的面前，大帝想用自己的话唤醒哥莫拉的意识。
但这都是徒劳无功，然后M1号打了个响指将艾克斯关进了玻璃瓶内，大地想用终极赛罗卡片离开这里发现失败了，M1号介绍了自己诞生的原因，EX哥莫拉在城市中大肆破坏。
大地以为暗黑雷暴能量是M1号控制的，M1号：你们一旦发生不利于自己的事情，人类就会觉得别人怀揣恶意而做，这是你们一贯的做法，我才不会做那些。EX哥莫拉释放了超振动波炸毁了众多的建筑，千明敲着键盘说道：哥莫拉现在正往k-6地区。神木正太郎闭了闭眼语气生硬：没办法了，我下令消灭哥莫拉，阿渡用金古桥卡片，用金古桥破坏炮消灭哥莫拉。
阿渡闭上眼深呼吸了一下，明日奈停下了阿拉米斯，拿出了奥特手枪但迟迟不敢下手，阿渡将金古桥卡片插入：对不起了，哥莫拉。阿渡语气生硬的说道但可以听出语气中带着一丝哭腔。金古桥破坏炮将EX哥莫拉炸翻。
明日奈来到了不远处，打算唤醒哥莫拉，但被EX哥莫拉一巴掌拍飞，明日奈从地上爬起来，张开双手挡在哥莫拉的面前，用自己的话语打字唤醒哥莫拉，但EX哥莫拉一脚踩下，一阵飓风将明日奈吹翻在地。
明日奈强忍着疼痛，再次站了起来，明日奈用悲愤的话语打算唤醒哥莫拉，但她的话语感动了M1号，特别是那句“你和我们能和平共存”。
在EX哥莫拉要释放超振动波时m1号将试管打碎将艾克斯送出去，艾克斯立刻释放屏障，挡住了超振动波，大地拿出了艾克斯超越型的火花人偶，然后握住彩虹刀，进行了能量升级艾克斯超越型，艾克斯超越型将头上的彩虹刀拿了下来，然后艾克斯释放了超越艾克斯切割，将EX哥莫拉体内的暗黑雷暴能量驱逐了出去。
艾克斯超越型变回了常态艾克斯，哥莫拉看着被自己摧毁的建筑瞬间愣了，哥莫拉张开双手迎接着艾克斯的扎纳蒂姆光线，明日奈在地上流着眼泪，大地语气中带着哭腔，准备释放扎纳蒂姆光线，但哥莫拉的身上散发出了红色的能量，哥莫拉被变回了火花人偶。
明日奈捡起了哥莫拉人偶，艾克斯半跪在一旁，m1号的声音响起：是共存，还是毁灭，我会监视着你们的未来。
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