奴隶的身份转化问题，在这个时代几乎不可避免，马尼拉地区也同样有大量来自东非、西亚、南亚等地的奴隶人口。据总督府里查抄出来的档案记录，目前至少有超过两千八百名登记在册的奴隶生活在马尼拉湾周边地区，而实际数字肯定还在此之上，因为按照过去西班牙殖民政府对奴隶的管理制度，这些通过官方渠道进入本地市场贩售的奴隶，奴隶主都已向马尼拉当局缴纳过税金。而为了省下这笔钱，不少奴隶主也会设法偷偷走私人口入境，“黑户”的存在这里也是很普遍的现象。
在西班牙统治时期，奴隶脱籍得到自由身可以说是概率非常小的事件，一般来说他们都不得不以下等仆从或者苦力劳工的身份为主人服务到自己进坟墓的那一天，只有极少数的幸运儿能够得到上天的眷顾。
海汉接管这里之后，一部分奴隶的主人已经在战争中死去，这些奴隶也就得以自动脱离了奴籍，成为战后的首批自由民。当然这种自由也只是相对而言，在海汉管理之下的马尼拉地区，可不是谁都能想来就来想走就走。即便是自由民，也还是需要在海汉民政部门重新登记身份，今后想要获得海汉籍，就少不了得有官方收录的个人基本资料。
海汉官方对于人口贸易的态度一向比较暧昧，不公开支持但也不会明确反对，对于西班牙人引入到马尼拉地区的奴隶人口，海汉当然是照单全收。不过这数以千计的奴隶要分门别类，核对资料，重新登记造册，对邱元主管的民政部门来说也是一个挺麻烦的工作。
对于没有主动与海汉军进行武力对抗的本地人，包括西班牙移民在内，海汉原则上还是承认其财产所有权。而这些奴隶，按照现行的法律来说，也是私人财产的一部分。但本地民众大多对新统治者的管理措施抱有疑虑，再加上有语言文化的隔阂，对马尼拉地区的人口统计工作进行得十分缓慢。邱元也不得不先参照西班牙殖民者所留下的资料，来修订自己的施政措施。
按照邱元的构想，接手马尼拉地区的行政工作之后，有两项必须要抓紧时间进行的工作，一是完成对本地人口状况的调查和登记，二是尽快组织人手恢复社会生产。制造更多的就业机会，让民众不需要去考虑改朝换代对自己生活带来的负面影响，是邱元最主要的施政方针之一。
海汉在过去数年中使用或硬或软的手段从各国夺取了不少土地，也多次组织过战后的社会秩序恢复工作，自有一套比较成熟的操作方案。邱元带来的人手不多，便从本地临时选拔了一批汉人负责具体的民政事务，一边培训一边带着他们实习操作，虽然仍是有些磕磕绊绊，但总算是要胜过了军方的外行。
马尼拉本地的产业以商贸、粮食、香料为主，但西班牙人的农业科技水平与海汉相比差距极大，以前的殖民政府对农业开发又没有一个科学的长期规划，因此本地的农业仍然是很粗放的经营模式，农产品品种较为单一，也缺乏对其进行深加工的设施。但即便如此，农业仍是本地的重要支柱产业之一，根据西班牙人的统计资料，本地的农业人口约莫占了总人口的七成左右。
海汉农业部的高官们参考了后世这一地区的开发经验，准备在马尼拉附近的平原地区大量引种咖啡树、烟草、甘蔗、油棕等经济作物，并建立起农业深加工产业链，以提升本地农产品的经济价值。而由民政机构从本地通过调查统计清理出来这些背景比较干净的民众，包括那些已经拥有了自由身的奴隶，大多会在接下来的几年中被投入到农业开发中充当劳动力。
不过这个计划要见到真正的成效，至少也是两三年之后的事情，目前所能做的只是将城内外的闲散人员先组织起来，让他们恢复生产劳动，这样也有利于稳定本地的社会治安状况。
邱元的目的很明确，既然本地是农业人口所占的比重较大，那么只要让这部分人能有稳定的生计，本地的局面也就不容易生乱了。而为农业人口创造就业岗位，这正是海汉所擅长的统治技能之一。以马尼拉湾北部平原地区的自然条件，好好规划一下，养活百八十万人也不在话下。
恢复本地的商贸产业，对海汉来说就更是轻车熟路了，马尼拉本身就是一个傍海而建的贸易港，如果不是海汉在前几年横空出世，马尼拉此时也是南海的主要贸易中心之一，与荷兰人经营的巴达维亚应该相差无几。有这样得天独厚的自然条件，善于经营港口的海汉当然要设法将这里打造成一个类似于三亚的自由贸易港。这就意味着会有许多基建工程和工作岗位，同样也需要在本地征集大量劳动力。
在邱元抵达马尼拉几天之后，街头便开始出现了官府要在本地大量招募劳工的告示，内容用汉字与西班牙文双语写成，凡是想求一份工作的本地人，都可以在指定时间前往指定地点，登记个人资料后便能得到工作分配的机会了。即便是刚刚脱离奴籍的人员，也会得到一视同仁的待遇。
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