其二则为全国军制、内外军队的进一步整编改革。经过这一次大整顿，大汉军队，正式形成以宿卫、禁军、边军、都司为主，乡兵、蕃兵为辅的全国军事体系。
宿卫系统，主要守备皇城、宫城，拱卫皇权，以大内军、控鹤军、奉宸营为主力，兵额五千，所有大汉军队都是其兵源。
禁军仍是大汉最主要的力量，是维护中央权威、保障国家稳定最强大的暴力机器。不过，此次整编，废除了此前一些仍显繁杂的军号、番号，更进一步地精简调整。
殿前、侍卫两司之外，新设巡检司，合称三衙，共同驻守两京及近畿，以及要害之所。殿前司下辖龙栖、小底、铁骑三军，侍卫司下辖龙捷、护圣、奉国三军，巡检司则以原兴捷、武节两军改编，从其名就可知，在维护治安方面，巡检司的责任要更大些，但在地位上，又要逊殿前、侍卫两司一筹。
使三衙互制的同时，也进一步加强了对将领在调兵权上的剥夺，通过枢密院制衡这三衙，并以更加详细且严厉的制度，用以约束。
并且，对于三禁司的指挥机构，也进行了进一步的缩减。比如侍卫司，就把正副帅之下的马军、步军都指挥使给撤了。今后的指挥体系，由侍卫统帅——侍卫副帅——侍卫都虞侯——各军都将——厢将——尉将——营将——百将——队长——什长，这十级构成。
殿前司那边，也是照此设置，巡检司那边，因为承担着主要治安的责任，在设置上要稍微复杂些，营将以上，皆设副职。
经过这么一番整改，禁军三司也更加平衡，更具统一性，更显秩序。
边军的整改，则在前面的基础上，进行更合理的安排，主要是在轮戍制度上下功夫，形成以禁军、边军、都司之间的轮换。戍卒之苦，皇帝尤其体谅，当然，他也是怕边军出问题。
至于乡兵，则是大汉军队的后备力量，重点在于农闲时的操训。而蕃兵，也是大汉军事体系的一种补充，在大汉军中，也充斥着诸多汉化极深的各族将士，参与此次北伐的关西蕃骑，有三千人哭着喊着要为大汉效力，也在整编之中。
在君臣同策同力之下，新的军事体系搭建出来了，而接下来要做的，只是往里边填充人手。对于诸多将领而言，也是一场分蛋糕的活动，望眼欲穿。
对于刘承佑而言，也是一场平衡功劳与资历的挑战。不过，虽则繁复，顾虑重重，但还不至于让他犯难，这种事情，他已是驾轻就熟。
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