尽管黄琼已经制定了今后，大齐的朝廷岁入以商税为主，农税为辅助。但农业是根本，无粮不稳。朝廷要救灾、养兵，都需要大量的粮食。若是因为负担过重，弃地农民越来越多。那些不缴纳钱粮的豪门大户与宗室，名下土地越来越多。长期以往下去，朝廷又拿什么养兵，又拿什么救灾？即便是大齐的整体税赋可以说并不重，但都转嫁到了普通民众身上。
那就是沉重的负担了。原本本朝税法，是在前唐两税法基础上，略加改变而来的。也就是说，朝廷征税除了丁税之外，征税不是按照户籍来的，而是按照土地数量来的。但随着政体的逐步稳定，新一代的权贵大量出现，宗室日渐繁衍生息，人口基数日益庞大。从宣宗朝开始，便已经有部分宗室与勋贵开始不肯交税。到了理宗朝开始，便是只要做了官就不用交税。
哪怕这个官员，他们家的田地占据了当地八成，但依旧是一文钱都钱粮都不用缴纳。而这一个县的税赋又不能减免。否则，不单单是吏部考核名落孙山。而且别说朝廷拿什么去养兵，就连当地县衙师爷、差役的开支，都没有地方着落。为了缴纳朝廷的钱粮，也为了养活自己与师爷，还有县衙的官差。一县的税收，自然落到了那只占两成土地的普通百姓身上了。
而谁都知道，这天下文官是一个庞大的群体，他们掌握着天下的话语权。若是在加上那些举人在内，恐怕这群体的规模会更大。若是在将武官、勋贵、宗室都包括在内，这个群体几乎囊获了除了皇帝之外，天下所有有权势的人。所以，即便是知道这样一来，可谓是积弊丛生。但却没有人，敢去捅这个马蜂窝。包括几任帝王，都没有去触碰这个霉头。
几十年下来，做官便不交粮，便已经成了惯例。而那些官员不仅自己不交粮，就连亲戚的土地，都可以光明正大豁免掉。到了老爷子那一代，甚至只要中了举人之后，便可以不在缴纳任何的钱粮，就更近一步减少了税源。导致了国库里面穷的，连一场大灾都只能拿出十万贯钱来救灾。贫者负担越重，富者却可以靠着手中的权利，想方设法的免税。
这样一来，民怨又哪里不会沸腾？这也是黄琼，下定决定强力推行此次变革。而且不仅为那些大土地所有者，制定的免税条件。黄琼也第一次，公开的征收土地交易税。也就是不管你是投献的，还是购买土地的都要交税。不仅买家要交购买土地总钱数的六成，作为土地交易税。卖家也要缴纳五成作为交易税。若是投献的，双方都要缴纳百分之百的税。
为了保证该收的钱粮收上来，让那些总是利用手中权利，想方设法逃税的官员、士绅，勋贵、宗室，逃无可逃。黄琼特地调整了南镇抚司，结构以及权限。将南镇抚司一分为二，其中一部分专门征收所谓的超额税，以及各项土地交易税。而这个衙门，不对任何的上司负责。只对黄琼，也就是皇帝本人负责。贾权由通政司，调任这个新成立的度支司任总提举。
若不是中书省极力反对，黄琼甚至一度想要将各地市舶司，都划给这个度支司管辖。最终在几番争议之下，黄琼最终还是做出了妥协。虽说这个度支司，只负责收取超额税以及土地交易税。但户部却是做了一个大手术。原本专门负责征收商税，以及原本征收农税的诸路清吏司，包括户部本身无论是从权限还是职责上，都从根本上上做了一个大的调整。
原本管辖的各地粮仓，全部转到了司农寺。诸路用来负责收取盐税、茶税、马税的盐茶马道，也从户部划出。负责商税，正常农业税收的诸路清吏司，以及各地市舶司，都划给了太府寺。户部从原来的从税收，到调拨钱粮一体负责，转变为只负责花钱，管理全国土地名册，以及诸路漕运。户部下属的铸钱司与钱法堂，黄琼几经犹豫还是继续由户部管辖。
至于负责税收的太府寺，以及仓储事宜的司农寺，在几番争执之下。最终敲定了由中书省与尚书省共同管理。而这个变革，第一刀便砍向了宗室、勋贵，以及在任和致仕的官员。这一道明诏，直接震惊了天下。那些既得利益者，又哪里肯放弃口中已经吞下的肥肉？更何况，他们很多人名下，包括家族名下的土地，绝大部分都全部超过了，朝廷规定的免税上限。
让他们每年拿出一大笔钱，来缴纳这些年一直逃掉的税钱，那几乎等于在割他们的肉。哪怕他们已经富得流油，可依旧不想交钱。尽管他们都领着朝廷的不菲俸禄，还享受着名下土地部分免税的优惠，但让他们从口袋里面掏钱，那是万万不能的。短短的时间之内，通政司收到的折子，几乎堆满了几间屋子。中书省那里，每天都有致仕的官员上门辱骂。
而各地的宗室，则摆出了一副老子是太祖皇帝后裔，落草就要享受天下供养，让老子交钱没门的架势。对于这些人，黄琼可是一点都不惯着。宗室抗税的，直接派南镇抚司带走圈禁。在职的官员一般不敢，便鼓动那些致仕的官员上门闹事。你们不是倚老卖老，仗着年纪大了，谁也不敢动你们吗？黄琼直接停了他们的退休待遇，什么时候交税了，什么时候再恢复。
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