吴天佑等人来到寺庙前，看到清军他们已经退入庙内，立即命令部队压上，准备抵近射击。并让雷彪的炮兵旅，马上组装2门火炮。
“报告军帅，火炮组装完毕。只是....”
“只是什么？说，吞吞吐吐干嘛呢。”
“军帅。士兵担心，我们这样在寺庙杀人，会不会惹怒菩萨？”
惹怒菩萨？吴天佑心里一惊。
他在后世，生在新中国，长在红旗下，信的是马克思，对佛道儒三教没多少概念，更谈不上尊重了。所以，一时忘了，此时的中国，佛教的强大影响力，在普通民众心里是根深蒂固。
太平天国早期弃儒毁佛就造成了严重后果，让民众离心、士绅仇恨。为了自保，乡绅纷纷出钱出力组织乡勇，与太平军死战。如果自己在佛教圣地大开杀戒、毁坏寺庙，后果不堪设想。
“你们的意见呢？”
看着一众低头不语的部下，心下明了。也就不逼问了。
“贾侍从，让人喊话，叫寺中主持过来见我。”
不多时，三位身着袈裟的老和尚就来到跟前，双手合十：
“阿弥陀佛，老衲是本寺主持，见过施主。”
“晚辈拜见方丈。”吴天佑也是双手合十。
“方丈，我太平天国信奉上帝，并不想干涉佛门的事。奈何贵寺不守清规戒律，竟然插手凡尘俗世。敢问方丈，你还是不是佛门弟子？”
“罪过罪过，施主何出此言。”
“难道我冤枉你了？我问你，佛门乃清净之地，为什么方丈准许清兵持凶器进入寺内？难道方丈想让寺庙变成战场吗？”
对方言辞凌厉，一上来就是一顶‘不守清规戒律’的大帽子，可谓字字珠玑、针针见血，让方丈一时不知怎么回答。
“哑口无言了？这就对了。方丈，我不是来这里和你理论的。清兵入寺规避，我可以接受，但必须交出刀枪，不愿缴械的就出来一战。
你去和里面的清朝官吏说，上天竺寺是他们的康熙、乾隆皇帝看重的寺庙，里面还有不少御赐的墨宝、物件。如果因他们入寺的原因造成损坏，就算是去了下面，我看他们怎样和大清的列祖列宗交代。”
等三个老和尚走后，吴天佑迅速召集将领，调整部署。考虑到攻打寺庙，会对寺庙造成损毁。同时，在寺庙里爆发激战，引发杀戮，会对扬威军造成很大的负面影响。
所以，吴天佑虽然对天竺寺方丈言辞严厉，但并不打算进攻寺庙里的清兵。
吴天佑决定放弃攻打上天竺寺，改为围困。只要他们回不去，杭州就照样是一盘散沙。缺少统一指挥的领军人物，攻打杭州就没多大阻碍了。等收拾完杭州，寺庙就不攻自破。
于是，吴天佑留下特战师前营负责围困，三个卒负责固守下山官道，两个卒则分散在四周监视。一经发现清军突围，立即火力拦截，坚决消灭。其余部队，迅速下山，朝杭州城北的武林门（百官门）挺进。
未时始（13时），除炮兵1旅外，所有部队均到达杭州北面的武林门。吴天佑命令特战师立即动手安营扎寨，郭长芳的第二师则组织士兵，立即进行试探性攻击。
郭长芳接到命令异常高兴，立即着手布置进攻事宜。他的战法相当简单，就是在300米的距离上，一散兵形式放置100名神射手，担任火力掩护。重点打击炮手和弓箭手。
等到城墙上守军都不敢抬头了，前营、中营、后营三个旅轮番上前攻击，半个时辰（一个小时）一换。
由于清朝浙江省的主要官员都困在上天竺寺里，八旗副都统来存成为整个杭州城的实际掌权人。他连忙派人向两江总督何桂清以及周边各路清军求援，同时组织人手上城墙防守。
同样，由于杭州知府等人也被困上天竺寺，整个官府体系群龙无首，来存无法有效组织城内民众协助守城。
扬威军几轮攻击后，作为进攻方的扬威军付出了死伤2百人左右代价，打得武林门守军心惊肉跳，伤亡近千人。副都统来存见势不对，只得放下手中事情，从其他各门调来1千绿营兵，留1千旗兵守满城，自己亲领1千旗兵增援，这才暂时稳住了局面。
此时，雷彪率炮兵1旅赶到武林门，马不停蹄开始布置炮阵、组装大炮。吴天佑见天色渐暗，加之清军增兵城头，继续强攻损失很大。便吩咐郭长芳的第二师暂停进攻，回营修整。全军埋锅造饭，准备晚餐。
来存站在城头，看见扬威军在组装大炮，心中暗暗叫苦。这特么的打的是什么仗，防守方比进攻方还死伤惨重，接近1：5的比例。而且，别人来来回回就是1千来人在进攻，已经让人难以抵抗了，如果他们聚全军猛攻，将如何抗拒。
现在对方大炮也到位，数了数足足有12门，自己的城防炮还有10门，但炮手已经被扬威军全部击毙。临时抽调炮手，因为没控制好装药量，当场炸了两门，没人再敢用了。接下来的仗该如何打？很明显，这仗根本就打不赢，就算今天守住了，明天也肯定会城破。
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