四月初九，获悉父汗在库陇勒战死消息的阿古柏长子伯克胡里继位称汗，企图继续延续洪福汗国在新疆的统治。
华军携大胜之势，以伯彦讷谟祜的铁血军为主导，率领南疆军以及附属军一路南下，先后攻占了库车、阿克苏、乌什等地，兵锋直指喀什葛尔。
阿古伯长子伯克胡里一看华军势不可挡，只能纵兵抢劫喀什葛尔，带上金银珠宝和逃回来的白彦虎叛军一起向西撤退，进入俄国控制的浩罕汗国。
华军第七师和南疆军进驻喀什葛尔，而怯薛军正配合南疆军的附属军按照战前分配的辖地，接管叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）等地。
左宗棠到了喀什葛尔的第一件事，就是通知俄国方面，交割喀什葛尔西部的被占领土，并派第七师一个旅进驻古勒沙（今乌兹别克斯坦古里察），与浩罕汗国遥遥相对。
至此，整个新疆全部回到华国怀抱。
左宗棠按照和喀什葛尔汗的约定，带着5万战俘及参与叛乱的青壮逐步撤离南疆，仅仅保留在古勒沙的第七师中营（旅）驻守边防，确保国土安全。
喀什葛尔汗迈哈默特以及跟随他南下的附属部落，正在华军的协同下大批地从北疆往南疆迁移，以巩固自己的领地。
同时，他们也在怯薛军的协助下，清除叛军残余势力、抓捕参与反叛的叛乱分子，当然，其中也包括对不服管教部落的清理，这些工作都是华军不宜出手的地方，他们为了巩固自己的统治、同时换取华国给予每抓捕一个反叛青壮奖5石粮食的奖励，是乐此不疲。
就因为这个奖励政策，迈哈默特及其盟友在华国七年里总共抓捕了近八万参与“叛乱”的南疆青壮，换取了大批的粮食，左宗棠不得不在华国七年底停止了这项政策。
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