从这九条行为准则不难看出，三一教的世俗性是越来越强，普通百姓都要以理解、认可，而且还不影响教内的成员出去打工赚钱，享受老婆孩子热炕头的天伦之乐，还可以修圣成真，真的是天上掉的馅饼，虽然多了些限制，但是相比成仙来说绝对是物超所值。另外，假如道友们是统治阶级，看到有这样明训的团体也不会刻意打击吧？
教祠中的林兆恩的神像设计也是卢文辉重点关注的，为此他专门请了经验丰富的设计师，经过无数次的修改后确定了林兆恩的形象：头上是三纲巾，脚穿的是五常履，身穿三纲五常衣，两手拱出一个太极，这个形象是绝大多数教祠中的标准。此外，还为规模较大的教祠设计了三身合一像，就是给林兆恩的肩膀上安了三个头，中间的代表儒，左侧头戴道冠，右侧头戴僧帽，明显的一身兼三教。
卢文辉的工作其他还包括引入了道教的建醮仪式，吸收了一些道教的神仙，大约有六十多位，总之，经过他改造后的三一教更像道教了。
日本学者小柳司气太就评价三一教说：“其说乃系道教七八分，佛教二三分，而以儒教饰其表而”，不得不说，这里面做的贡献最大的就是卢文辉。
卢文辉的师兄弟中除了上面讲的张洪都以外，林至敬和朱逢时的表现也非常不错，都写了不少书。在三一教的教祠里面，一般都会把这兄弟四人安排在林兆恩的身后陪祀，如果堂祠规模比较大，这四位则在厅前左右两侧相向而立。
卢文辉死后，由他生前指定的陈衷瑜接任第三代教主。据说陈衷瑜的父母都是林兆恩的弟子，一直没孩子，便问师傅能不能发个功，让他们生个孩子。林兆恩丢过来一部《正宗遗书》过来说，回去念，好好念。二人对师傅的话当然深信不疑，便日日诵读，结果还真怀上了。
陈衷瑜对三一教的改造也做了大量工作，经他组织，教内开始重视研究如何把道教仪轨、斋法和佛教戒律吸收进三一教中，也就是说从他这一代开始，三一教才算是具有了完整的宗教信仰的形态，所以他也被称为“明道开教继承中一三教再传大宗师”。
以上就是学术界视为的三一教的二次嬗变期。
三一教的发展应该说非常成功，后人总结了四条经验：一是林兆恩的个人魅力值很高；二是三一教在抗击倭寇、治病以及赈济灾民方面深得民心；三是历经两次嬗变，选择了宗教化的正确方向；最后一点就是世俗化，因为教内是鼓励结婚生育，提倡教众在家修行，可以从事各行各业，显然不会和统治阶级产生冲突，更利于在民间的传播。
即便三一教很重视世俗化了，但是发展到清代，同样面临着统治阶级的打压，所以发展也受到很大影响。特别是康熙、乾隆年间，三一教一度被禁，所以只能转到了地下悄悄传播。
在地下传播必然会受到沟通、联系不通畅的影响，时间长了，就会在各地出现一个一个的独立发展的分支，不但有祖祠派和三一派等区别，甚至在福建还出现了邪派的苗头，总之就是没有了统一的领导，发展出来的小教团形形色色，什么样的都有了。
这种乱象一直持续到民国初期，莆田出现了陈智达、梁普耀师徒二人，希望重整三一教。他们成立了一个称为悟本派的组织，宣称要弘扬三一教。
后来又有一个叫做刘开怀的人，组织了一批信徒开始改组三一教，重新制定了教规，编写经书，设计本派的仪轨，同时通过大力发展慈善事业力图扩大影响。因为他们的主要活动中心是在莆田函三堂内，所以学术界称他们为函三派。
总之，在历代弟子们的努力下，林兆恩的三一教一直在努力发展，信徒数量一直非常庞大。清末民国时期，三一教随着外出的华人远播到了海外，不仅在东南亚，欧美也有传播。
现在，福建还有大量三一教的教堂和教徒，有人统计过，仅莆田市就有1285座教堂，信徒八万多。海外，主要是东南亚一带三一教也非常兴盛，马来西亚、新加坡有数万教徒，教堂都超过一千多，仅吉隆坡就有120座，这些都是海外华人寄托思乡之情的纽带。
每年农历七月十六是林教主的诞辰日，莆田各地村民还会组织一些纪念活动，海外也有大量香客专程赶回来参加朝拜，林兆恩的影响力可以说仅次于湄州妈祖了。
最后，有一本关于林兆恩和三一教的小说和道友们说一下。在林兆恩去世的前后，江湖上就流传了这本小说，名字是《三教开迷归正演义》，不过林兆恩不是书中的主角，只在开头、中间和结尾提到过三次，但是小说总体上是以三一教为背景，以林兆恩为灵魂的，宣扬的也是三一教，把神魔、人性、世故融为一体，抨击和讽刺了社会的现状，对于研究三一教还是有一些参考价值的。
以前，如果想找这部书看还是非常困难的，因为某些原因，这部书曾受到焚毁，所以在国内几乎绝迹了。所幸在日本天理图书馆有一部万历年间的白门万卷楼刊本，直到1991年，上海古籍出版社在整理出版《古本小说集成》的时候，把日本这套书影印过来，唯一缺憾的是第二十回和二十五回各少了半页，有兴趣的道友可以找来翻一翻。
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