随后，洪承畴派遣使者，前往水西周边的土司部落，晓谕利害，许以厚利。不少土司部落，本就对安邦彦心存不满，见明军势大，纷纷倒戈，归顺朝廷。
同时，洪承畴又派遣细作，潜入水西境内，联络不满安邦彦统治的百姓，许以土地粮食，让他们作为内应。
三日后，洪承畴率领大军，向水西进发。水西百姓，纷纷响应，为明军引路，提供叛军情报。明军避开叛军的埋伏，顺利抵达水西城下。
安邦彦站在城头，看着城外的明军，脸色惨白。他深知，大势已去，却仍负隅顽抗，下令死守城池。
洪承畴下令，架设火炮，轰击水西城。火炮轰鸣，城墙很快便出现了缺口。明军士兵架起云梯，发起冲锋。城上的叛军，负隅顽抗，却已是强弩之末。
此时，城内的百姓，纷纷揭竿而起，与明军里应外合。叛军士兵腹背受敌，纷纷溃逃。
安效良、安邦彦见大势已去，率领亲信，从后门突围。洪承畴早已料到，命骑兵营在城外设下埋伏。一场激战过后，安效良、安邦彦被明军斩杀，残余叛军，全部投降。
水西平定后，洪承畴率领大军，继续进军东川。东川土司禄天佑，见安效良、安邦彦已死，吓得魂飞魄散，开城投降。
至此，西南土司叛乱，彻底平定。
捷报传回北京，崇祯龙颜大悦。他下令，晋升洪承畴为太子太师、兵部尚书，晋爵平南侯，赏黄金千两，良田万亩。
同时，崇祯又命洪承畴，在西南推行改土归流政策。废除土司制度，设立府、州、县，由朝廷直接任命官员管辖；推广大明的文化与生产技术，促进西南地区的经济发展与民族融合。
洪承畴接旨后，立刻着手推行改土归流。他在西南各地设立学校，聘请儒学先生，教授百姓读书识字；派遣农技师，向百姓传授先进的耕作技术，推广大明的高产作物；修建驿站与道路，加强西南与内地的联系。
西南地区的百姓，纷纷受益。他们告别了土司的压迫，过上了安居乐业的生活。
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