李世民见到薛仁贵后，看他身材高大威猛，当即把他提拔为游击将军，并大加赏赐。
关于薛仁贵在李世民东征高句丽期间的所有表现，《资治通鉴》中仅记载了这两件事，再无其他。不久之后，唐军因为安市久攻不下，只好宣布班师回朝。
薛仁贵的第一次征战生涯也就此结束。但正是这次征战，使得薛仁贵深得唐太宗李世民的赏识。
当时在班师回朝的路上，李世民曾对薛仁贵说：“曾经追随朕征战的旧将都老了，他们已经无法再担负起频繁的战地指挥工作。朕每次都想提拔骁勇雄健的将领，但没有比得上你的。
此番征高句丽，朕并没有因为得到辽东而高兴，真正让朕开心的是得到了你这样一员猛将。”说完之后，李世民便将薛仁贵提拔为右领军中郎将，负责镇守皇宫重地玄武门。
此后，薛仁贵就这样在玄武门沉寂了近10年。虽然薛仁贵从大头兵升职到了镇守玄武门，但这个差事其实天花板很低，一眼就能望到头。
说白了，玄武门守将类似于皇宫里的警卫队长，每天巡个逻，查个哨，也没有建功立业的机会。不出意外的话，薛仁贵会在警卫队队长这个位置上就此过完平淡的一生。
但一场突如其来的暴雨让薛仁贵的仕途出现了转机。
654年，农历五月初三这天夜里，突然天降暴雨。谁知大雨倾盆下了一段时间后引发了山洪，洪水迅速朝着地势低洼的皇宫疾驰而去，玄武门首当其冲。
守卫宫门的士兵惊慌失措，当场跑路。而当时唐高宗李治正在寝宫安睡。薛仁贵看到逃跑的士兵十分愤怒，但他并没有去拦住那些逃跑的士兵，因为他要去做一件更紧急的事情——营救皇帝。
于是，薛仁贵当机立断，一根横梁上，气沉丹田，朝着万年宫方向连续呼喊。正在睡梦中的唐高宗李治被惊醒，听到喊声后才赶忙撤离。
李治前脚刚走，洪水就冲进了万年宫。幸亏他跑得快，否则后果不堪设想。事后，李治开始注意到薛仁贵这个人。由于薛仁贵救了李治的命，此后被李治视为忠臣良将，并赏赐了他一匹宝马。
然而，当时的大唐将星如云，薛仁贵并未有更多施展自己才华的机会，依然在玄武门守将职位上尽职尽力。
就这样过了三年，为了给自己争取一个机会，薛仁贵选择主动出击。657年，唐高宗派大唐名将苏定方讨伐反叛的西突厥。
薛仁贵上书唐高宗李治，提出了自己在军事方面的建议。唐高宗李治看完后十分惊讶，他万万没想到，一个玄武门守将在军事方面有这么好的见解。
于是同意了薛仁贵的建议。后来苏定方的胜利，也有薛仁贵的一些功劳。此事之后，唐高宗李治也开始有意重用薛仁贵。
仅仅过了一年，658年，李治派遣程咬金率军讨伐高句丽，薛仁贵作为副将随军出征。而薛仁贵也不负众望，在端城击溃高句丽军队，斩首3000余人。
次年，薛仁贵与高丽大将温沙门战于横山。这一战，薛仁贵又展现出了高超的技术水平。两军对战之时，薛仁贵手持弓箭一马当先，冲入敌阵，所到之处敌人无不倒地。
之后，薛仁贵又在石城与高句丽军队大战。这时敌军中也出现了擅长射箭的将领，接连射杀了十几个唐军。
薛仁贵见状，怒发冲冠，火气一下子就涌上心头，当场提着长戟就突入敌军阵营，一举挑翻了先前的敌将。薛仁贵就此扬名于军中。
没过几个月，契丹人又发动叛乱。薛仁贵又在黑山大破契丹军，俘获契丹首领阿史那贺鲁等将领，唐高宗李治收到捷报后十分欣喜，当即就提拔薛仁贵为左武卫将军，另外封他为河东县男。
经过之前的磨练，薛仁贵也逐渐成长起来。
龙朔元年（661年），九姓铁勒发动叛乱。唐高宗李治任命右屯卫大将军郑仁泰为主帅，薛仁贵为副将，讨伐叛军。事实上，这次出征是薛仁贵军事生涯最具传奇的一战，也是他暴露出性格缺陷的一战。
郑仁泰与薛仁贵抵达天山后，与九姓铁勒部落的10余万大军形成对峙。两军交战时，九姓铁勒部落兵多将广，派出十几个骁勇善战的敌将前来挑战。
只见薛仁贵提起大弓，瞄准为首的敌将，一箭射出，那人应声倒地身亡。还没等对方反应过来，薛仁贵接着又射出第二箭、第三箭，又有两名铁勒勇士中箭坠马身亡。
剩下的敌军见状，顿时吓得面色铁青，当即下马请求投降。
薛仁贵趁机率军掩杀过去，敌军被突如其来的进攻打得溃不成军，不久便大败而逃。紧接着，薛仁贵又率军越过西北追击铁勒败兵，一举擒获铁勒翼虎首领兄弟三人。
事后，薛仁贵的威名不仅震慑了敌军，还在唐军当中广为传颂。军中传说“将军三箭定天山，壮士长歌入汉关”，这件事被后世传唱为“薛仁贵三箭定天山”的故事。
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