慕容德的故臣慕容钟、段宏等人心怀不满，他们害怕遭到公孙五楼的迫害，于是自请补为外职。慕容超顺水推舟，将慕容钟调任青州牧，段宏调任徐州刺史，又任命公孙五楼为武卫将军、领屯骑校尉，让他参与政事。
太尉封孚看出了其中的危险，他劝谏慕容超说：“慕容钟是国家的宗臣，段宏是有着美好声望的外戚，这两个人正应该参与和协助处理国家政事，不宜到远方去镇管边远地区。现在慕容钟等人外出边远的地方，公孙五楼在朝廷里辅助国政，臣下私下里感到不安。”然而，慕容超根本不听封孚的劝告，他已经完全被公孙五楼所迷惑。
太上二年（公元406年）九月，慕容法因为没有前往京都为慕容德奔丧，遭到慕容超的责备。慕容法心中害怕，再加上他之前与慕容超有过矛盾，担心慕容超会借机报复自己，于是与慕容钟、段宏等人密谋造反。
慕容超得知消息后，立即采取行动。他先征召慕容钟入朝，慕容钟称疾不至。慕容超大怒，下令诛杀慕容钟的党羽慕容统、慕容根、段封等人，又派慕容镇等攻打青州的慕容钟，慕容昱等攻打徐州的段宏，慕容凝、韩范攻打兖州的慕容法。
在这场内乱中，慕容超的军队取得了胜利。慕容昱攻拔莒城，徐州刺史段宏逃奔北魏；慕容镇攻克青州，慕容钟杀了自己的妻子儿女，挖地道逃出青州，投奔后秦；慕容法则逃奔北魏。慕容凝见南燕国势不稳，想趁机自立，结果被韩范打败，他先投奔梁父，后又转奔后秦。
这场内乱虽然被平定，但南燕的国力却受到了严重的削弱。慕容超并没有因此而吸取教训，他依然我行我素，继续宠信公孙五楼，对朝政不闻不问。
臣属后秦，赎回亲人
太上三年（公元407年）正月，慕容超派兵南下，进攻东晋北徐州，直攻至下邳（今江苏睢宁县西北）。与此同时，慕容超对仍被拘留在后秦的妻子、母亲十分挂念，他决定派人前往后秦，请求后秦皇帝姚兴放还自己的母亲和妻子。
姚兴得知慕容超的请求后，提出了苛刻的条件。他要求南燕向其称藩，同时要求南燕将之前夺取的前秦的太乐诸伎送给后秦，或者以送来吴地的千口人作为交换条件。
慕容超召集大臣们商议此事，左仆射段晖认为：“刘太公被项羽囚禁，刘邦也不改变主意。现在陛下继承帝位，不应因自己亲属的缘故降低了皇帝的尊严。再说太乐的歌舞女子都是前代的伶人，不能给他们，使他们移风易俗，最好是抢掠晋人给他们。”然而，尚书张华却认为：“我们这边既然能去侵犯他们，他们那边也能来侵犯我们，战祸不断，不是国家的福祉。何况陛下母亲还在后秦，方寸已乱，应该暂且降低尊号，用以表明至诚的孝心。韩范这个人智谋能够改易情势，机辩足以倾倒对方，从前和姚兴一起为前秦的太子中舍人，可以派他去传话，降低称号谋求和好。正所谓屈身一人之下，伸于万人之上。”
慕容超觉得张华的话很有道理，于是派韩范出使后秦称藩奉表，希望能先接回自己的母亲和妻子。韩范到达后秦后，凭借着自己的智慧和口才，成功说服了姚兴。姚兴答应归还慕容超的母亲和妻子，但要求南燕先送来太乐诸伎。
慕容超无奈之下，只好先送去礼乐诸伎一百二十人。同年十月，慕容超终于迎回了自己的母亲和妻子。一家人团聚，慕容超十分高兴，但他却没有意识到，自己的这一行为已经让南燕在政治上处于劣势，也为日后的战争埋下了隐患。
劫掠东晋，引火烧身
太上五年（公元409年）正月一日，慕容超在东阳殿大聚群臣。他听到歌舞声响起来，却叹息乐舞不齐备，后悔把太乐诸伎送给了姚兴。于是，他决定再次南下抢掠东晋，以补充太乐诸伎之缺。
领军将军韩言卓劝谏说：“先帝因为旧京沦丧，隐匿在三齐，假如时运不许可，上智的人不考虑采取行动。现在陛下恪守成规，应该关起国门休养将士，用以等待天赐机会，不能和南方邻国结怨，广泛树立仇敌。”然而，慕容超根本不听劝谏，他心意已决，立即派遣慕容兴宗、斛谷提、公孙归等南下劫掠宿豫（今江苏泗阳县西北），从中拣选男女二千五百人交付太乐加以教导。不久，慕容超又再次遣公孙归等率兵三千进攻济南（今山东济南市章丘区西）进行劫掠。
慕容超的劫掠行为彻底激怒了东晋。此时的东晋，由权臣刘裕掌握朝政。刘裕是一个野心勃勃的人，他一直想通过北伐来提高自己的威望，巩固自己的地位。慕容超的挑衅行为正好给了他一个机会，于是，刘裕决定兴兵伐南燕。
纵敌入岘，兵败被俘
太上五年（公元409年）三月，刘裕率领水师从淮水入泗水，到下邳后又从陆路进军，步步为营行军至琅邪。南燕收到东晋大军压境的消息后，公孙五楼向慕容超提出了三种退兵之策：第一，据大岘（今山东临朐县东南）固守，绝晋军粮道，前后夹击晋军；第二，割除禾苗、坚壁清野，拖垮晋军；第三，纵晋军入岘，出城迎战。
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