程昱又派骑兵切断了仓亭津的通道，陈宫到了那里，无法渡河。程昱回到东阿后，发现东阿县令枣祗已经率领官吏和百姓坚守城池。同时，兖州从事薛悌也和程昱一起谋划，最终保全了这三座城池，等待曹操回来。曹操回来后，握着程昱的手说：“如果没有你的力量，我将无处可归。”于是上表推荐程昱担任东平相，驻扎在范县。《魏书》记载：程昱年轻时曾经梦见自己登上泰山，双手捧着太阳。程昱觉得这个梦很奇怪，就告诉了荀彧。等到兖州叛乱时，多亏程昱保全了三座城池。于是荀彧把程昱的梦告诉了曹操。曹操说：“你一定会成为我的心腹。”程昱原本叫程立，曹操在他的名字上加了一个“日”字，改名为程昱。
曹操和吕布在濮阳交战，但曹操屡战屡败。后来蝗虫泛滥，双方都不得不撤退。袁绍趁机派人来劝说曹操联合，还建议他把家迁到邺城。当时曹操刚刚失去了兖州，军粮也耗尽了，正打算答应袁绍。这时，程昱出使回来，曹操接见了他。程昱问：“我听说将军打算把家迁到邺城，和袁绍联合，这是真的吗？”曹操说：“是的。”程昱说：“我觉得将军大概是临阵退缩了，不然怎么会考虑得这么不周全呢？袁绍占据燕、赵一带，有吞并天下的野心，但他没有足够的智慧来实现。将军您自己觉得能屈居于他之下吗？您有龙虎般的威风，难道要去做韩信、彭越那样的臣子吗？现在兖州虽然残破，但还有三座城池，能打仗的士兵也不下万人。凭借将军您的神勇，加上荀彧、程昱等人辅佐，完全可以成就霸王之业。希望将军再好好考虑一下！”曹操于是打消了联合袁绍的念头。
后来，天子迁都到许昌，任命程昱为尚书。当时兖州还没有安定下来，又任命程昱为东中郎将，兼任济阴太守，负责督管兖州事务。刘备失去了徐州，来投奔曹操。程昱劝曹操杀掉刘备，但曹操没有听从。后来，曹操派刘备去徐州截击袁术，程昱和郭嘉一起劝曹操说：“您以前没有除掉刘备，我们确实没料到。现在给他兵马，他肯定会有异心。”曹操后悔了，派人去追回刘备，但已经来不及了。正巧袁术病死，刘备到了徐州，杀掉了曹军将领车胄，起兵反叛曹操。不久，程昱升任振威将军。
袁绍驻扎在黎阳，准备南渡黄河。当时程昱只有七百士兵守卫鄄城。曹操听说后，派人告诉程昱，打算给他增派两千士兵。程昱拒绝了，说：“袁绍有十万大军，自认为所向无敌。他看到我兵少，一定会轻视我们，不会来进攻。如果给我增兵，他觉得我兵力增强了，就可能会来进攻。他要是进攻，我们肯定守不住，那样反而会削弱双方的力量。希望您不要担心！”曹操同意了他的看法。袁绍听说程昱兵少，果然没有去进攻。曹操对贾诩说：“程昱的胆量，比古代勇士孟贲、夏育还要大。”程昱收罗了山林中的亡命之徒，得到几千精兵，然后率军与曹操会合于黎阳，讨伐袁谭、袁尚。袁谭、袁尚被打败逃走后，程昱被封为奋武将军，赐爵安国亭侯。
曹操征讨荆州时，刘备逃到了东吴。当时很多人都认为孙权一定会杀掉刘备，但程昱分析说：“孙权刚刚掌权，还没有让天下人畏惧。曹操天下无敌，刚刚攻下荆州，威震江南。孙权虽然有谋略，但无法单独对抗曹操。刘备有英名，关羽、张飞都是万人敌，孙权一定会借助他们来抵御曹操。局势复杂，刘备会借此机会壮大自己，孙权也不可能杀掉他。”后来孙权果然给了刘备很多兵马，用来抵御曹操。
后来中原地区逐渐平定，曹操拍着程昱的肩膀说：“兖州之战失败时，我没有听从你的建议，不然我怎么能走到今天呢？”程昱的族人送来牛酒，为他举行盛大宴会。程昱说：“知足就不会受辱，我可以退休了。”于是他上表辞去兵权，闭门不出。
还有一次，曹操征讨马超，曹丕留守，让程昱参与军事事务。田银、苏伯等人在河间造反，曹丕派将军贾信去讨伐。叛军有千余人请求投降，大家一致认为应该按照旧例处死他们。程昱说：“处死投降者，是在天下大乱的时候，为了威慑天下，让敌人在被围困之前就投降。现在天下已经基本安定，这些叛军在我们境内，他们已经投降，杀了他们起不到威慑作用，不符合以前处死投降者的初衷。我认为不应该杀他们；即使要杀，也应该先禀告曹操。”其他人说：“军事行动可以自主决断，不用请示。”程昱没有回答。曹丕起身进入内室，单独召见程昱说：“你还有什么没有说的吗？”程昱说：“所谓自主决断，是指有紧急情况，需要立刻处理。现在这些叛军在贾信的控制之下，没有紧急变化。所以我不希望将军这样做。”曹丕说：“你考虑得很周全。”于是向曹操禀告，曹操果然没有处死那些叛军。曹操回来后，听说这件事，非常高兴，对程昱说：“你不仅善于谋划军事，还善于处理父子之间的关系。”
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