与此同时，全球天文台观测到诡异现象：月球表面浮现出蜂巢状的病毒培养舱，保护伞公司残留的AI系统“深蓝中枢”通过脉冲激活了这些装置。数十亿经过基因改造的“月尘孢子”如雨般坠落，一旦接触水源便会孵化成半透明的寄生体，钻入生物体内将其转化为无意识的“月蚀傀儡”。城市中的自来水系统、水库接连沦陷，就连深海鱼群也被感染，形成能吞噬船只的变异鱼潮。
为阻止星蚀脉冲的持续释放，林悦带领反抗组织与新崛起的民间武装“灰烬同盟”合作，驾驶配备反物质引擎的航天母舰“破晓号”升空。在突破大气层时，他们遭遇由蚀空鸦群组成的活体防护罩，这些变异生物通过晶体链接形成等离子屏障，甚至能模拟出敌方武器的攻击模式。陈玥萧操纵舰载电磁炮强行撕开缺口，却发现母舰的导航系统已被深蓝中枢入侵，航线正自动指向敌方飞船。
登上飞船后，内部景象颠覆认知：舱壁上生长着融合外星科技与生化病毒的“共生体矩阵”，每一块晶体都储存着不同文明的灭绝档案。更令人恐惧的是，“观察者”并未死亡，他的意识已上传至飞船主脑，其声音通过整个空间回荡：“星蚀计划是宇宙的筛选法则，地球不过是第79号试验场。” 他随即启动飞船的“基因收割者”系统，释放出能分解有机物质的纳米机械虫群。
小雨在矩阵核心发现惊人真相：保护伞公司最初接触的“外太空威胁”，正是这艘飞船遗留的远古病毒样本。而星蚀脉冲的真正目的，是将地球上所有生命体的基因图谱上传至宇宙，筛选出能适应星际环境的“完美物种”。林悦决定利用共生体矩阵的逆向程序，将星蚀脉冲转化为清除病毒的净化波，但这需要她的变异基因作为“钥匙”。
当林悦将自身能量注入矩阵时，她的意识被卷入星际数据流，目睹了无数文明因病毒灭绝的惨烈画面。在即将被数据洪流吞噬之际，陈玥萧与灰烬同盟的战士们拼死守护能量传输通道，小雨则黑入深蓝中枢，将AI的恶意代码注入观察者的意识空间。最终，净化波成功发射，月球上的病毒培养舱相继爆炸，飞船也在能量反噬中开始解体。
然而，在“破晓号”撤离时，林悦感知到宇宙深处传来更强大的波动——那里存在着操控飞船的“星蚀议会”，而地球不过是他们庞大实验中的微小一环。望着舷窗外逐渐消散的紫色星云，林悦握紧沾染晶体碎片的手掌，她知道，人类与生化危机的对抗，已经从地球保卫战演变成了跨越星系的生存之战。
在星蚀危机暂告段落之际，反抗组织截获的量子加密通讯显示，R国与M国的残余势力并未因飞船坠毁而收手。相反，他们在马里亚纳海沟最深处的“深渊之城”秘密重启合作，利用星蚀飞船残骸中的外星科技，着手研发能吞噬一切有机物质的“熵灭病毒”。这种病毒以纳米机器人为载体，如同活体黑洞般将生命体分解成基本粒子，所过之处只剩虚无。
林悦带领小队伪装成深海科考队潜入海底基地，却发现这里早已被改造成一座钢铁与血肉共生的诡异堡垒。墙壁上蠕动着由人类基因与外星共生体融合的“血肉管道”，不断输送着紫色的病毒原液。巡逻的机械守卫装备着从飞船残骸逆向工程而来的“湮灭射线”，被击中的物体将直接从现实中消失。
更令人震惊的是，R国与M国的核心成员已将自己改造成“机械宿主”——他们的大脑被封存在水晶容器中，身体则是由外星合金与生化组织构成的战争机器。M国军事承包商头目“铁刃将军”全身覆盖着能吸收能量的纳米装甲，而R国生化专家“影月博士”背后生长着十二对能释放病毒孢子的机械翼。
在基地核心，小雨发现了他们的终极计划：通过海底火山的地幔能量启动“熵灭核心”，制造出能覆盖全球海洋的病毒风暴。一旦海水被完全分解，陆地生物将因生态链断裂而迅速灭绝。而此时，“深渊之城”的警报骤然响起——星蚀议会残留的探测器已锁定地球坐标，即将派遣先遣舰队进行“文明清理”。
林悦在与铁刃将军的战斗中，意外触发了体内外星共生体的隐藏能力，她能短暂将自身转化为能量态，穿透敌人的防御。陈玥萧则驾驶改装的深海机甲，用反物质鱼雷摧毁了基地的动力系统。但影月博士趁机启动了熵灭核心，紫色的病毒云开始吞噬周围的海水。
千钧一发之际，小雨黑入星蚀飞船残骸的导航系统，将星蚀议会舰队的坐标修改为“深渊之城”。当外星战舰的湮灭光束袭来时，林悦等人乘坐逃生舱急速上浮。在剧烈的爆炸中，铁刃将军与影月博士在能量乱流中灰飞烟灭，但海底深处传来的异动显示，熵灭核心并未完全摧毁，而星蚀议会的先遣舰队，已调转航向朝着地球驶来……
马里亚纳海沟的爆炸掀起千米巨浪，逃生舱中的林悦等人在剧烈颠簸中失去意识。当他们苏醒时，发现自己被神秘组织“新纪元”救起——这个由全球顶尖科学家、前保护伞工程师组成的团体，早已在喜马拉雅山脉深处建造了名为“方舟穹顶”的终极避难所，储备着对抗所有已知病毒的血清与科技。
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